初歩的なユーザー側のミスとして結構忘れているのが、「二段階認証」の事なのですが、設定してありませんか？

　
[quote="machi"]ユーザー名、パスワードともに間違っていないようです。[/quote]
了解です。
そうなると、他に原因がありそうですね。


[quote="machi"]webベースのメールインターフェースであるoutlook web app ではログインできました。なのでThunderbird側の問題があるかも、とのことですが、これは具体的にどうなるんでしょうか…？[/quote]
「突然メールの受信ができなくなりましたか？ 以前は動作していましたか？」に該当する
のですか？


[quote="machi"]そして、Outlook　web Appでの「サーバのメッセージを保持あるいは削除していませんか？」の確認方法がわかりませんでした。[/quote]
「一部のメールしか受信できませんか？」に該当するのですか？


Thunderbird のユーザ名、パスワードを含めたアカウント設定内容に間違いがないのであ
れば、同期受信しようとしたときに、何らかのエラーメッセージが表示されるかと思いま
す。
そのエラーメッセージの内容が手がかりになるかも知れません。
それを提示してみましょう。

また、デスクトップ PC のブラウザや他のモバイル端末から、同時にアクセスしていない
か、ログインしたままになっていないか、なども点検してみてはいかがでしょう。

他に、セキュリティ対策ソフトが接続をブロックしている可能性も考えられます。
今一度、それらも点検してみましょう。


[quote="machi"]サーバーにメッセージを保持するか否かの選択肢がどこにも見つかりませんでした。これが原因でしょうか…？[/quote]
Outloook.com の操作内容や仕様については、ここでは直接扱わないので、以下のヘルプ
サイトを参照ください。

[参照]
[url=http://windows.microsoft.com/ja-jp/windows/outlook-help]Outlook.com - Windows ヘルプ[/url]

丁寧な返信有難うございます。
ユーザー名、パスワードともに間違っていないようです。

[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/cannot-receive-messages]メッセージを受信できない | Thunderbird ヘルプ[/url]
参照しました。

[color=#484848][font=Open Sans, Arial, Helvetica, sans-serif][list]
[*]ご利用の ISP が Web ベースのメールインターフェースを提供しているときは、そのメールサービスにブラウザでログインしてメールを確認してください。そこでメッセージを見られる場合は、Thunderbird のアカウント設定に問題があるかもしれません。
[*]ISP 側のスパムフィルタで、サーバのメッセージを保持あるいは削除していませんか？[/list][/font][/color]
このふたつ以外は確認できました。

webベースのメールインターフェースであるoutlook web app ではログインできました。なのでThunderbird側の問題があるかも、とのことですが、これは具体的にどうなるんでしょうか…？
そして、Outlook　web Appでの「サーバのメッセージを保持あるいは削除していませんか？」の確認方法がわかりませんでした。
サーバーにメッセージを保持するか否かの選択肢がどこにも見つかりませんでした。これが原因でしょうか…？

　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　該当項目、同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。
＊ここは、相互ユーザサポートを通じて、各種情報・事例を、ユーザ同士でシェアする
　場でもあります。[/color]　
　
　
[quote="machi"]Thunderbirdだとoutlookのメールアドレスは使えないのでしょうか？[/quote]
Outlook.com のアカウントが利用できるかどうかですよね？
当方では、利用できています。


[quote="machi"]Thunderbird　31.6.0をインストールし、yahoomail,gmai,outlookの設定をしました。
yahooとgmailは送受信ともに上手くいってるのですが、outlookの受信ができません。送信はできます。[/quote]
まずは、一般的なヘルプガイドは以下になります。
今一度、ヘルプガイドの内容に沿って、落ち着いて、冷静になって確かめてみましょう。

[参照：ヘルプガイド]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/cannot-receive-messages]メッセージを受信できない | Thunderbird ヘルプ[/url]


[quote="machi"]IMAPサーバー:imap-mail.outlook.com,ポート993、接続の保護はSSL/TLS、認証は通常のパスワード認証、と
公式に書いてあるように設定しているので腑に落ちません。[/quote]
当方でも、Outlook.com アカウントの設定内容は同じです。
[attachment=0]Outlookサーバ設定.png[/attachment]

他には、初歩的な項目として「ユーザ名」と「パスワード」があります。
「ユーザ名」は、どのようにしていますか？
送信サーバのそれと同じですか？
「パスワード」も同様ですか？

今一度、念のため確かめてみましょう。

windows7
Thunderbird　31.6.0をインストールし、yahoomail,gmai,outlookの設定をしました。
yahooとgmailは送受信ともに上手くいってるのですが、outlookの受信ができません。送信はできます。
outlook宛に送ったメールはoutlook web Appやandroid上でのメールアプリには受信されるのですがThunderbirdでは受信できません。
新しいメールも受信できませんし、いままでの受信歴も読み込みません。
何回か作りなおしましたがダメでした。
IMAPサーバー:imap-mail.outlook.com,ポート993、接続の保護はSSL/TLS、認証は通常のパスワード認証、と

公式に書いてあるように設定しているので腑に落ちません。
一応このフォーラムも検索しましたが該当しませんでした。

Thunderbirdだとoutlookのメールアドレスは使えないのでしょうか？

解決策に心当たりの在る方、ご教示いただければと思います。よろしくお願いします。