迷惑メールに関する設定内容を確認し、教えていただき、ありがとうございました。
・IMAP アカウントの「迷惑メールフォルダ」が、サーバ側で元からあるもの
・それを Thunderbird 側で同期(購読)している
という条件でしたら、サーバ側が非迷惑メールを、「迷惑メールフォルダ」に振り分けしている可能性が高いと思われます。
つまり、先に、サーバ側が受信した非迷惑メールを「迷惑メールフォルダ」に振り分けし、それを単に Thunderbird が同期して、表示しているだけということです。
Thunderbird を終了させた状態で、ブラウザでサーバ上のメールアカウントにアクセスして、非迷惑メールを振り分けしているかどうかを確かめれば、わかるでしょう。
あるいは、サーバ側のメール振り分け機能の設定内容を確認してみれば、わかるでしょう。
[参照]
IMAP による同期 | Thunderbird ヘルプまた、「迷惑メールフォルダ」に振り分けしてほしくないメールは、その差出人のメールアドレスを、サーバ側で迷惑メールから除外するように設定すれば、非迷惑メールとして、正しく扱われると思われます。
それでも、非迷惑メールが「迷惑メールフォルダ」に振り分けされるのであれば、サーバ側の問題(誤動作・誤設定)です。
サポート窓口があれば、問い合わせてみるのがいいでしょう。
【補足】
IMAP アカウントの場合、迷惑メールの振り分け機能(フィルタ機能)は、サーバ側と Thunderbird 側の仕様が衝突するケースがあります。
例えば、サーバ側の迷惑メールフィルタ機能は当然ながら働くが、Thunderbird の迷惑メールフィルタ機能は働かない・有効にならない・反映されないなどです。
Thunderbird の迷惑メールフィルタ機能を働かせることで、サーバ側の機能が異常を起こしてしまうこともあるかも知れません。
このような場合は、サーバ側の迷惑メールの振り分け機能(フィルタ機能)を利用し、Thunderbird 側の迷惑メールフィルタは無効にしておくのが無難でしょう。
その理由は、どちらが迷惑メールをフィルタしているかの見分けが付かない場合に、その対処を誤りやすいからです。