[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境と正確な OS の種類と Thunderbird のバージョンぐらいは書き添
　えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。
＊ここは、相互ユーザサポートを通じて、各種情報・事例を、ユーザ同士でシェアする
　場でもあります。[/color]　
　
　
拝見したソースを参考にして、擬似的に同様のメッセージを作成し、テストしてみました。
作成したテストメールのソースは、以下です。

[code]X-Mozilla-Status: 0001
X-Mozilla-Status2: 00000000
X-Mozilla-Keys:
X-Identity-Key: id2
X-Account-Key: account5
Message-ID: <54320815.7040600@xxxx.com>
Date: Mon, 06 Oct 2014 12:10:13 +0900
From: "aaaa" <aaaa@xxxx.com>
User-Agent: Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; rv:31.0) Gecko/20100101 Thunderbird/31.1.2
To: yyyyy@yahoo.co.jp
Subject: test mail 1/1

テストメール
test mail[/code]

結果、受信時のデスクトップの新着メッセージの通知では、以下のように、本文プレビューの文字
化けが再現しました。（日本語のみ）
[attachment=0]新着通知メッセージ.png[/attachment]

原因は、文字コード（エンコード方式）を、ヘッダで指定していないためと思われます。
以下のヘッダ情報を、メッセージ作成、または送信スクリプトで、ちゃんと記述するように追加
修正されるといいでしょう。
Thunderbird で作成した通常のメッセージを、自分宛に、テストメッセージを送受信して、その
ヘッダを参考にするのもいいでしょう。

（例）
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset="ISO-2022-JP"
Content-Transfer-Encoding: 7bit

できれば、User-Agent: ヘッダも明記できるようならば、追加しておくといいでしょう。


【補足】
メッセージには、標準規定（RFC）で、ヘッダが定められています。
それらに従って、標準準拠で作成しましょう。

[参考]
[url=https://ja.wikipedia.org/wiki/Request_for_Comments]Request for Comments - Wikipedia[/url]
[url=http://www5d.biglobe.ne.jp/%7Estssk/rfcjlist.html]ＲＦＣ日本語版リスト[/url]
[url=http://www.liufeng.info/pc/mail/mailheader.html]liufeng.info | コンピュータ関連 - メールヘッダについて[/url]
[url=http://memorva.jp/internet/security/mail_header.php]メールヘッダの情報、意味、調べ方[/url]

[quote="ebayashi"]以下メッセージのソースです
===========================[/quote]まずは...
ポストする前に、プレビューして、他人が苦労しないで読めるかどうかくらいは確認しましょう。
IDをとってログインしてポストすれば、後で編集して訂正も可能です。

改行が空白になる地のテキストではなく、HTMLの<PRE>と同等の表示になるように、
<DIV>に入れて改行を<BR>にしてくれる［ＣＯＤＥ］に入れた、
メッセージのソースです。
[code] X-Account-Key: account1
X-UIDL: Hbhjv7q00S3H8ZkoUtw1Dp7lI3Jgpv0m
X-Mozilla-Status: 0001
X-Mozilla-Status2: 00000000
X-Mozilla-Keys:
Return-Path: <test@voc.local>
Received: from localhost (＃＃＃＃＃＃＃ [＃＃＃＃＃＃＃])
by voc.local (1.91F) with ESMTP id XXXXXXX
for <postmaster@voc.local>; Mon, 6 Oct 2014 10:41:49 +0900
To: postmaster@voc.local
From: test@voc.local
Subject: =?ISO-2022-JP?B?GyRCJUYlOSVIQXc/LhsoQg==?=
Sender: <test@voc.local>
Message-ID: <7bc81e67b8eeb99a2e586ed45ebdde2235e262f0@voc.local>

テストメール! TestMail!
[/code]
本文に日本語の文字があるにもかかわらず、本文のcharsetを指定するContent-Type: ヘッダーがないですね。
RFCの規定では、Content-Type: ヘッダーがない時のcharsetのデフォールトは、us-asciiです。
Thunderbirdは、Winだとwindows--1252とかiso-8859-1あたりにフォールバックするようですが。

charsetの指定がなくても、メールの表示では、文字コードの自動検出が働いて、だいたいは日本語を表示しますが、
Biffの新着メールのアラートで、本文の先頭部分の一部を表示する機能は、「メールの表示」ではありません。
こちらでは、Content-Type: ヘッダーがない場合は、us-ascii/windows-1252/iso-8859-1とかが使われるのでしょう。

Content-Type: text/plain; charset=iso-2022-jp を正しく入れた場合にも問題が起こりますか？

なお、Content-Type:なし、あるいは、Content-Type:だけでtext/plainとかtext/htmlのMime-Typeが無い場合、
RFCの規定では、text/plain;charset=us-ascii がデフォールトなんですが、
Thunderbirdだと、この場合、インラインフォーワードをした時に、内容がヌルのtext/plainの添付ファイルが添付される、というバグが起こったように記憶しています。
ご注意を。

>Thunderbird のセーフモード起動や、新規プロファイルでも再現するのでしょうか？
→セーフモード、新規プロファイル、再インストールでも事象再現しますね。

>文字化けするメッセージの特徴は？
→日本語文が文字化けしているように見えます。

>文字化けしないメッセージとの相違点は？
→半角英字は文字化けされません。

今回メールを送信するスクリプトを書いていて、そこの文字コードの処理が悪い気がするのですが…
ただOutlookといった他のメーラですと特に問題がないのが気になって…


以下メッセージのソースです
===========================================================================
From - Mon Oct 06 10:42:01 2014

X-Account-Key: account1 X-UIDL: Hbhjv7q00S3H8ZkoUtw1Dp7lI3Jgpv0m X-Mozilla-Status: 0001 X-Mozilla-Status2: 00000000 X-Mozilla-Keys: Return-Path: <test@voc.local> Received: from localhost (＃＃＃＃＃＃＃ [＃＃＃＃＃＃＃]) by voc.local (1.91F) with ESMTP id XXXXXXX for <postmaster@voc.local>; Mon, 6 Oct 2014 10:41:49 +0900 To: postmaster@voc.local From: test@voc.local Subject: =?ISO-2022-JP?B?GyRCJUYlOSVIQXc/LhsoQg==?= Sender: <test@voc.local> Message-ID: <7bc81e67b8eeb99a2e586ed45ebdde2235e262f0@voc.local> テストメール! TestMail!

===========================================================================

　
当方では、デスクトップ通知の本文プレビューが文字化けを起こしたことはありません。
[環境：OS:Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 31.1.2 日本語版]

Thunderbird のセーフモード起動や、新規プロファイルでも再現するのでしょうか？
文字化けするメッセージの特徴は？
文字化けしないメッセージとの相違点は？

もし、良ければ、その文字化けするメッセージのソースをまるごとコピーして、ここに
貼り付けていただければ、再現テストをしてみます。（code タグで囲んでね）
　注：プライバシーに関する箇所など、必要なマスク処理をした上でお願いします。

Thunderbird 31.1.2を使っています。

デスクトップ通知時に表示される本文で、文字化けを起こしています。

ただ、メール本文を見るときちんと表示されているのですが…

どなたか同じ現象に合われたことがある方いらっしゃいますか？

OS:Windows7 pro 32bit

メーラ:Thunderbird 31.1.2