Stylishの場合はインストールされたと云う情報はprefs.jsに残りますが、情報をabout:configから削除し再起動すれば、入れる前の上体に戻ります。
又、Stylishを一旦削除して、改めて入れてもstylish.sqliteが残ってたら、此の情報を読み込み再現されます。

userchrome.cssとは違う気がしますね。

結果的に自己解決してる様子なので蛇足ですが。

　
[quote="東 郷"]userchrome.cssで指定したスタイル変更はprefs.js（の一部)に保存されているようでした。[/quote]
そんなことはありません。
何かの間違いでしょう。


[quote="東 郷"]このprefs.jsを上書きできる(戻す)ファイルにuserchrome.cssかuser.jsが含まれるようです。[/quote]
それもありません。


[quote="東 郷"]userchrome.cssの指定には「元に戻す」という操作はなく、変更前のデフォルト値の調査も出来ないので(私には)、元に戻す再設定が出来ませんでした。[/quote]
userChrome.css の指定には「元に戻す」という操作や、デフォルト値も、元からありません。
Thunderbird のデフォルト（初期状態）では、userChrome.css は存在しないからです。
userChrome.css は、削除してしまえば、Thunderbird の再起動後には反映されなくなります。

[参照]
[url=http://kb.mozillazine.org/index.php?title=UserChrome.css]UserChrome.css - MozillaZine Knowledge Base[/url]


[補足]
もしかして、アドオンの [url=https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/stylish/]Stylish[/url] を入れていたのでは？

なんか、投稿文字が変になっているようです。スミマセン。

[font=Arial][size=3]自己レスです。[/size][/font]
[font=Arial][/font]
[font=Arial][size=3]以下推定を含みますが、[/size][/font]
[font=Arial][size=3]userchrome.cssで指定したスタイル変更はprefs.js（の一部)に保存されているようでした。[/size][/font]
[font=Arial][size=3]このprefs.jsを上書きできる(戻す)ファイルにuserchrome.cssかuser.jsが含まれるようです。[/size][/font]
[font=Arial][size=3]userchrome.cssの指定には「元に戻す」という操作はなく、変更前のデフォルト値の調査も出来ないので(私には)、元に戻す再設定が出来ませんでした。[/size][/font]
[font=Arial][size=3]prefs.jsはアカウント登録も含んでいると言うので引き継がざるを得ない対象ですが、解除したい設定も含んでいる、と言う厄介モノ。[/size][/font]
[font=Arial][/font]
[font=Arial][size=3]Thunderbirdは個人設定が多枝に亘るので、個別ファイル引継ぎでは目が届きません。[/size][/font]
[font=Arial][size=3]結局は、Mozbackupを使って引き継ぎました。[/size][/font]
[font=Arial][/font]
[font=Arial][size=3]以上、ご報告まで。[/size][/font]
[size=2][font=ＭＳ 明朝][/font][/size]
[size=2][font=ＭＳ 明朝][font=Arial]####[/font][/font][font=ＭＳ 明朝][/font][/size]
[size=2][font=ＭＳ 明朝][font=Arial]しかし、ヘッダーが一寸変です。別途新規で質問させていただきます。[/font][/font][/size]
[size=2][font=ＭＳ 明朝][/font][/size][font=ＭＳ 明朝][font=Arial][size=2]やっぱり、自身の旧バージョンを自身の新バージョンに引き継ぐ機能が無いのは？？です。[/size][/font][/font]
[font=ＭＳ 明朝][/font]
[font=ＭＳ 明朝][/font]

　　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　該当項目、同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。
＊ここは、相互ユーザサポートを通じて、各種情報・事例を、ユーザ同士でシェアする
　場でもあります。[/color]　
　
　
userChrome.css を削除したら、別の場所に展開されていたり、保存されていることはあり
ませんので、効果はなくなります。
きちんと削除したか、その場所や名称も含めて、確認してみましょう。

また、アドオンによるスタイル変更は、別物となる場合がありますので、そちらも確認して
みましょう。

V.31.0/win7です。

従来からuserchrome.cssでスタイル(見た目)を簡素化して使っており、それを引き継いできたため、今でも見た目クラシック（みたい）です。
最近のスタイルは簡素化しているためuserchrome.cssの役目は終わったと思ってこれを削除したのですが、どこかに設定が展開記録されているようで、見た目の変化がありません。
userchrome.cssによる設定はどこに展開保存されているのでしょうか？
それを削除して新規profilesのそれに置き換えればデフォルトに戻るだろう、と思いまして。

####　余談
ブラウザーもメールソフトも乗り換えのための設定情報等読み込み機能は殆どにあるのに、対象には自身が含まれない。
なぜ、自身の「旧バージョンから最新バージョンへの乗り換え」が無いのだろう。