ご丁寧な説明ありがとうございました。

PCのセキュリティソフト（McAfee)を再インストールしてみます。

貴重なお時間をいただき感謝します。

横から失礼します。

[quote="nonohana"]Subject: =?ISO-2022-JP?B?RndkOiBbU1BBTV0/aXNvLTIwMjItanA/Qj9HeVJDSVZvNlJ6?=
=?ISO-2022-JP?B?MHFRU281VFRkck1rd2tUaVEwUkV3YktFST0/PSAbJEJDTiFbISEhWBsoQg==?=
=?ISO-2022-JP?B?GyRCM1pFNyUwJUMlSSUiJSQlRiVgPl4bKEIgLTIwMTQbJEJHLz1VGyhC?=
=?ISO-2022-JP?B?GyRCMkYbKEItGyRCIVkkSyREJC0kXiQ3JEYbKEI=?=[/quote]
ご提示のあったこのメールヘッダを、ソースに忠実に、しかし普通ではデコードできないのでひと手間かけてデコードすると、次のような結果になりました。
[code]Fwd: [SPAM]【最終選考結果のご通知】　『楽天グッドアイテム賞 -2014年春夏-』につきまして[/code]

１行めだけを普通にデコードすると、
Subject: =?ISO-2022-JP?B?RndkOiBbU1BBTV0/aXNvLTIwMjItanA/Qj9HeVJDSVZvNlJ6?=
　　↓
Subject: Fwd: [SPAM]?iso-2022-jp?B?GyRCIVo6Rz　……（A）

となります。これに欠落している制御文字を補ってデコードすると、

Subject: Fwd: [SPAM]【最

となりました。

２行めだけを普通にデコードすると、
=?ISO-2022-JP?B?MHFRU281VFRkck1rd2tUaVEwUkV3YktFST0/PSAbJEJDTiFbISEhWBsoQg==?=
　　↓
0qQSo5TTdrMkwkTiQ0REwbKEI=?= 知】　『　……（B）

となります。
ここで、１行めのエンコードされたままの文字列（A）と、２行めの同様の文字列（B）を合体させ、欠落している制御文字を補ってデコードすると、次のようになります。

=?iso-2022-jp?B?GyRCIVo6Rz0qQSo5TTdrMkwkTiQ0REwbKEI=?=
　　↓
【最終選考結果のご通

これらの結果をまとめると、

Subject: Fwd: [SPAM]【最終選考結果のご通知】　『

となります。

３行めと４行めはごく普通に B エンコードされているようです。そのまま普通にデコードすると、

=?ISO-2022-JP?B?GyRCM1pFNyUwJUMlSSUiJSQlRiVgPl4bKEIgLTIwMTQbJEJHLz1VGyhC?=
　　↓
楽天グッドアイテム賞 -2014年春

=?ISO-2022-JP?B?GyRCMkYbKEItGyRCIVkkSyREJC0kXiQ3JEYbKEI=?=
　　↓
夏-』につきまして

以上、Subject の４行をまとめると、上述のとおりになるわけです。

[quote="nonohana"] またWEBメール（kagoya.net）で確認したところ件名の最初の文字列は 【最終選考結果のご通知】でした。[/quote]
だとすると、そこから Thunderbird に取り込むまでの間で、何者かが "Fwd: [SPAM]" の文字列を Subject の先頭に挿入させたとき、どういうわけか１行めと２行めを入れ子にしてエンコードしたのではないでしょうか。
もしかして、プロバイダ・レベルで、またはお使いの PC のセキィリティ対策ソフトの機能で、さらに Thunderbird の機能もしくはアドオンを使い、何らかのスパムメール対策を働かせていて、その動作に問題が起こっているといったことは考えられないでしょうか。

[quote="nonohana"]先ほど受信したメールで確認してみたところ。
スレッドペインとメッセージペインの両方に同じものが表示されてどちらも文字化けしていました。[/quote]
ご提示のような Subject のエンコードと分割は、どうも正当とはいいがたい形になっているようで、正常にデコードできない（件名が文字化けする）ほうが、電子メールの規格からみると正しい動作のように思えます。
ご提示の Subject をそのままコピーしたダミーメッセージを作って、Thunderbird をはじめ複数のメールソフトに読み込ませてみましたが、件名（Subject）を正常に表示（デコード）できたものは皆無でした。

このフォーラムの画面では、Subject の２行め以降の行頭に半角スペースが入っていませんが、実際のメッセージソースでもそうなっていますか？
メールヘッダで長い文字列を折り返すとき（フォールディング）、"WSP の前に CRLF を置くことができる" といった規定になっていて、１行めの末尾に改行コード（CRFL）があるということは、次の行の先頭が WSP（ここでは大雑把に半角スペースと言っておきます）でないといけなかったと思います。（参考：RFC5322）

そうなっていることで、連続したものを複数行に分けていることを判断できます。仮に２行め以降の行頭に半角スペースがなく =?ISO-2022-JP～ から始まっていると、前の行の末尾にある改行コードは規格から外れた位置に存在することになり、あとの行は１行めとの連続性がないことになります。
もし、そういうヘッダの付け方をしているメールであるなら、２行め以降が認識されない原因はそのメール自体にあることになります。

雑駁ながら以上です。大筋では間違ったことは言っていないつもりですが、細部には不正確なところがあると思います。大筋、細部、両方を含めて他の方からの補足・修正のご意見をお待ちします。

ご返信ありがとうございました。
あまりパソコンに詳しくないので説明不足で申し訳ありません。

表示→文字エンコーディング→日本語（ISOｰ2022-jp）です。

先ほど受信したメールで確認してみたところ。
スレッドペインとメッセージペインの両方に同じものが表示されてどちらも文字化けしていました。

件名の最初の文字列はこちらで、これ以降の件名は正しく日本語で表示され文字化けしていません。
?iso-2022-jp?B?GyRCIVo6Rz0qQSo5TTdrMkwkTiQ0REwbKEI=?== 知】

メッセージのソースを見たところ
Subject: =?ISO-2022-JP?B?RndkOiBbU1BBTV0/aXNvLTIwMjItanA/Qj9HeVJDSVZvNlJ6?=
=?ISO-2022-JP?B?MHFRU281VFRkck1rd2tUaVEwUkV3YktFST0/PSAbJEJDTiFbISEhWBsoQg==?=
=?ISO-2022-JP?B?GyRCM1pFNyUwJUMlSSUiJSQlRiVgPl4bKEIgLTIwMTQbJEJHLz1VGyhC?=
=?ISO-2022-JP?B?GyRCMkYbKEItGyRCIVkkSyREJC0kXiQ3JEYbKEI=?=

またWEBメール（kagoya.net）で確認したところ件名の最初の文字列は 【最終選考結果のご通知】でした。

以上よろしくお願いします。

[quote="nonohana"]文字化けメール件名の最初が「?iso-2022-jp?」なので、現在はiso-2022-jpに設定しています。[/quote]
どこの、どの設定のことを指すのでしょうか？
元々、どうなっていたのを、iso-2022-jpに設定したのですか？
[quote="nonohana"]特定のメールだけ件名が文字化けします。
mailは最初にWEBメールで確認してからパソコンのメーラーに落とし込んでいます。
WEBメールで確認すると件名の文字化けはありません。
文字のエンコーディングはShift、EUC,ISO,UTFなどためしましたが、件名文字化けは解消しませんでした。文字化けメール件名の最初が「?iso-2022-jp?」なので、現在はiso-2022-jpに設定しています。[/quote]
「件名」は、スレッドペインとメッセージヘッダーペインの両方に表示されるはずですが、同じものが表示され、どちらも化けているのですか？
「?iso-2022-jp?」ですが、スレッドペインやヘッダーペインに表示されるのですか？
それとも、メッセージのソースを見たら、そういった文字列があった、ということですか？
「文字化け」ですが、件名(Subject:ヘッダー)は、7bit-ascii以外を使うときは、[url=http://tools.ietf.org/html/rfc2047]RC2047[/url] エンコーディングをしないといけないのですが、メッセージのソース上のSubject:ヘッダーで、正しくエンコーディングされているのですか？
本来、
> =?iso-8859-1?q?this=20is=20some=20text?=
でないといけないのに、
> ?iso-8859-1?q?this=20is=20some=20text?=
となっていれば、これは、「?iso-8859-1?q?this=20is=20some=20text?=」という、7bit-asciiの文字列なんですから、「Subject: ?iso-8859-1?q?this=20is=20some=20text?=」なら、その通りに表示するのが正しく、これを「文字化け」とは呼びません。
[quote="nonohana"]いつからこの現象がおきたのかよく覚えていませんが、昨年からだったような気がします[/quote]
NiftyでIMAPですか？
トラブルがあって(単に、ソフトウェアの変更でチョンボしただけのはずですけど)、Subject:ヘッダーを上記のように壊してしまう問題なんですが、トラブルから一ヶ月くらいたってようやく、お知らせがでていたみたいです。

Thuderbird.24.4.0
Win vista使用
特定のメールだけ件名が文字化けします。
mailは最初にWEBメールで確認してからパソコンのメーラーに落とし込んでいます。
WEBメールで確認すると件名の文字化けはありません。
文字のエンコーディングはShift、EUC,ISO,UTFなどためしましたが、件名文字化けは解消しませんでした。
文字化けメール件名の最初が「?iso-2022-jp?」なので、現在はiso-2022-jpに設定しています。

メール配信元からは他の利用者から同じ質問が無いので、こちらに聞くようにいわれました。
Thuderbirdを利用して5年以上経過、今まではとくに問題ありませんでした。
いつからこの現象がおきたのかよく覚えていませんが、昨年からだったような気がします。

解決方法がありましたらご教示ください。