IMAP アカウントの場合、サーバ側の仕様に左右される可能性があります。
次のヘルプガイドを、参照してみてはいかがでしょうか。
　＃Thunderbird の項目があります。

[参照]
IMAP クライアントの推奨設定 - Gmail ヘルプ


【余談】
「報告」と「相談」は異なります。

以下と同様の投稿を数分間、検索しても見つかりませんでしたので、ここに投稿します。

Windows7 Pro 64
Thunderbird 24.4.0
8GB RAM

Thunderbird でGmailアカウントをimap接続して送受信しています。
メールを削除すると、ローカルのごみ箱でなく、Gmail のゴミ箱に保存される設定にしています。
次の操作をすると、想定外の動作をしますので、報告しておきます。

1） Gmail が迷惑メールと判定したメールは、Gmail の迷惑メールボックスに保存されています。
2） 迷惑メールボックスの（全部でなく）一部の迷惑メールの件名を右クリックして、
3） 「メッセージの削除」を選択すると、Gmail のゴミ箱に移されます。
4） Gmail のゴミ箱に写された迷惑メールの件名を右クリックして、
5） 「メッセージの削除」を選択すると、完全削除される事を期待しましたが、
6） 「メッセージの削除」を選択すると、Gmail の迷惑メールボックスに戻ります。

【追記】 相談終了

2014年3月31日 12:00
Windows7 を再起動したら、上記の不具合は出なくなりました。
投稿の削除方法が分かりませんので、このまま本相談を終了させてもらいます。