連投スミマセン。

起こっている事実ですので補足いたします。
第二投稿のGoogleアカウントの分ですが、その後のサーバログインで古いメールを一部吸い上げて来る症状が出ています。
第二投稿に記述の通り、フィルタリング前の最初のダウンロードで欠損無くダウンロードできていたことが確認できていないことより、消えて再ダウンロードしているのか、最初にダウンロードされないメールがあってそれが漏れる様にダウンロードされたのかは不明です。

確証は持てませんが、Googleで無い方のアカウントのダウンロード自体に気付く欠損が無いと思われること、Googleメール自体はWEBやスマホで既読であるという特殊性を考慮すると、Googleメールサーバのヘッダが関係してダウンロードされない結果となっているのではないかという感じはしますが、メーラ側の要因もあるのではないかと思います。

Googleアカウントでの比較経験はありませんが、第一投稿の不整合からしてバージョン2を使用していた時の方がまだ安定している感じです。

一応、ハード条件を追加いたします。
IBM ThinkPad T42p 2373-93J 2GBRAM

前投稿の補足です。
愕然とする事態が発生しました。

環境とバージョンは前投稿と同じです。
それほど多くないもう一つのアカウント（Google）を第二としてダウンロードして、まさか消えるとは思わずダウンロード後に全メールがあることは確認せずにフィルタリングを開始して設定完了したところ、規則性無くかなりのメールが歯抜けになっていることに気付きました。

フィルタリング前に確認していませんので、ダウンロード後から元々欠損していたかもしれませんが、常識的に考えてあまりあり得ないと思います。

最近の物からフィルタリング中に存在することを確認しながらサーバ上のWEBメールを消去し始めたところ、フィルタリングされたフォルダに欠損が見られ、よくよく確認してみるとかなりのメール文がところどころ期間的にまとまって欠損しており、もう一度Thunderbirdを削除してダウンロードし直さねばならない様な状況です。

ルートにフォルダを作成した状態につき、スタックのフォルダとなっておらずファイル状態で、念のためこの中身を読んでみると既にメール分として無い様で、前投稿の様な復旧は不可能な状態です。
前投稿では、フィルタリングとフォルダのリネームや移動が効いている可能性が高いと思いましたが、今回の分は単にフィルタリングを行ってアプリケーション指示の最適化を実行したのみ。
まさかこんなことになるとは思わずサーバ上から削除してしまったメール文もあり、かなり深刻です。

前投稿で事無きを得た思っていたところ、もしかすると認識していないところで多大な欠損があるのではないかという懸念も出て来ました。

バージョン2時代にはここまで悲惨な消失を経験したことはありませんでしたが、結局インストール数日にして頭を抱える状況に陥ってしまいました。

特にOSシステム動作に問題がある訳でも無く、何故にこの様なことになるのかといったところです。

やり直したところで再発しないと言う保証も無いため、かなり不安です。

一応テキストサーチで検索しましたが、同一件は見当たらない様ですので、投稿させていただきます。

Windows XP Pro SP3上。
Thunderbird久々で、最新の17.0.6をクリーンインストールして、メールサーバに残しておいた40,000件ほどのメールをダウンロードし、フォルダとフィルタを交互に作成しながら整理して、さらに仮に作成した親フォルダの中に入れた上にそのまとめた親フォルダ名をリネームして整理したところ、その親フォルダ以下に入っていたフォルダの一部がリネームされたフォルダに移らずに視覚的に消えてしまうこととなりました。
（インストールして1日経つか経たないかのタイミングで、特に異常終了とかがあった訳では無く、過去のバージョンで最適化中に整合を失うことが多々経験していたため、慎重に最適化を実行していました）
気付いたのは、その気づく直前の受信操作で、この一部（8つ中２つの受信があったフィルタ）のフォルダに該当するフィルタが実行できないというエラーが発生したためです。
（移らなかったフォルダは3つ）
前述の通り、慎重に操作していたこともあり、消失は絶対におかしいと思い、Application Dataフォルダ以下の実ファイルフォルダを閲覧すると、リネーム前の親フォルダ.sbdが残留し、その中にリネームして移ったはずのフォルダファイルセットが残留していました。

ゆえに、過去の経験より、ダミーフォルダのスタックを作成した上に、不可視となった旧フォルダ内に残留していた.msfのセットをコピーして可視化した上で、これを新の親フォルダに本来移るはずであったフォルダを再作成して移動を行って事無きを得ました。

この状況からしますと、フィルタを設定したフォルダを整理する際、リネームやフィルタリングの整合動作に異常が生じて、不整合による不可視（上辺の見え的には消失）が発生すると言う脆弱性が存在するものと思われ、既出のメール消えもにも関連があるのではないかと思われますので、参考まで報告させていただきます。