横から失礼します。
例えば次のようにサブフォルダを作り、A の中に移動・分類した作成途上のメッセージを再編集し、もう一度下書きとして保存すると、A 内ではなく [下書き] の直下に保存される。B 内、C 内にある下書きメッセージでも同様の動作になる ―― ということですよね。
[下書き]
├ サブフォルダ A
└ サブフォルダ B
└ サブフォルダ C
これ自体は Thunderbird の正常な動作です。
[下書き] フォルダに限らず、[アカウント設定] の [送信控えと特別なフォルダ] にあるものは、文字通り Thunderbird にとって特別な位置づけのフォルダで、他のフォルダにはない機能を持っています。
この [下書き] フォルダの機能をどのフォルダに割り当てるかは、[アカウント設定] から既存のサブフォルダに割り当てることも可能です。しかし、これはそのアカウント設定でひとつしか選択できません。
[下書き] フォルダの配下に複数のサブフォルダを作ることは可能ですが、すべてのサブフォルダに等しく [下書き] フォルダの機能を持たせることはできませんので、残念ですがご要望のような動作は現状ではできません。
(僕が持っている複数のメールクライアントで、そのような動作ができるものはひとつもありません。)
Kaysa さんが書きました:
「下書き」フォルダにサブフォルダを作成して、編集中のメールを分類して保存しています。
この「分類」が、宛先(To)など検索条件として絞り込める内容で分類されているものなら、[下書き] フォルダ配下に個々の条件の [検索フォルダ] を設置することで、代替的な運用はできるかもしれません。
仕様上、下書きメッセージの実体は [下書き] フォルダの直下に保管されますが、その中から指定条件に合致するものを、それぞれの [検索フォルダ] に自動的に検索・抽出させることで、フォルダごと(つまり「分類」ごと)にどのような作成途中のメッセージがあるかを視覚的にわかりやすく識別することはできるのではないか、という意味です。
しかし、検索条件での抽出になじまないような、案件ごと場面ごとメッセージごとにユーザーがそのつど判断して仕分けしているような、客観的な規則性に乏しい「分類」ですと、[検索フォルダ] を使った方法ではご希望をかなえるのは難しいと思います。
期待された内容ではないかもしれませんが、とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。