[quote="kiki"]　　
通常は、登録もしていないサーバ設定情報が、現われることはありません。
パスワードの削除ではなく、そのサーバ設定を、左下の [削除] ボタンで削除してください。
[/quote]

説明が足りずすいません。
「パスワードを削除して再起動後に再登録してもyahoo表示になってしまいます。」
この行動は[b]kikiさんが書かれた[/b]、左下の [削除] ボタンで削除して再起動後に再登録してもyahoo表示に、という意味で書きました。

Thunderbirdをアンインストール後に再インストールなどもやってみましたが変わらず。
次に新しいプロファイルを作成し5つのアカウントを登録したところ、12345@gmail.comはmailbox://pop.mail.yahoo.co.jpではなくmailbox://pop.gmail.comと正しく表示されるようになりました。
何が原因だったのかわからないままですが新しいプロファイルへメール保存されているフォルダだけ移動させて使っていこうと思います。
ありがとうございました。

　　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　確認してみましょう。
　また、広くインターネット上で、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。[/color]　
　
　
[quote="そらいろ"]表示されているサーバが違うというだけの話なのですがこれを正しく表示させる方法はありませんか？
パスワードを削除して再起動後に再登録してもyahoo表示になってしまいます。[/quote]
通常は、登録もしていないサーバ設定情報が、現われることはありません。
パスワードの削除ではなく、そのサーバ設定を、左下の [削除] ボタンで削除してください。

もし、削除しても、Thunderbird 再起動後に元に戻るようならば、以下のサポートガイドを
参照して、対処してみましょう。
[参照]
[url=http://www.mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002617]アカウント設定やオプションが保存されない | Thunderbird サポート[/url]

ツール－オプション－セキュリティ－パスワード－保存されているパスワードへとクリックした際に出るウィンドウの内容について教えてください。
メールアドレスは公開するのに抵抗がありましたので仮のアドレスに変更させてもらいました。

Windows7でThunderbird17.0.5を使用し、アドオンなどは何も入れていません。
「プロバイダのメールアドレスを1アカウント」「Gmailを2アカウント」「yahoomailを2アカウント」合計5アカウント分を受信して共通受信トレイにまとめて表示させ、送信はプロバイダのアドレスのみ=送信サーバへの登録アカウントは1つだけです。
この5つのアカウントの中に、12345@gmail.comというメールアドレスがあります。

サーバの種類：POPメールサーバ
サーバ名：pop.gmail.com　ポート：995
ユーザ名：12345@gmail.com
接続の保護：SSL/TLS
認証方式：通常のパスワード認証
このような設定をし、パスワードをパスワードマネージャに記憶させました。
（初回アクセス時に　pop.gmail.comサーバのユーザ12345@gmail.comのパスワードを入力してください：　とメッセージが出ました）
その結果、今までも現在も問題なく受信ができています。

ただ、ツール－オプション－セキュリティ－パスワード－保存されているパスワードへとクリックした際に出るウィンドウから12345@gmail.comの部分を見ると
　　　　　　　　　　　　　　　　サイト　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ユーザ名
mailbox://pop.mail.yahoo.co.jp（mailbox://pop.mail.yahoo.co.jp）　　　12345
とGmailではなく何故かyahoomailのような表記になっています。

受信時のステータスバーにはpop.gmail.comに接続しましたと表示され、確かにGmailからメールが取り込まれます。
（そもそも12345@yahooというアドレスは取得していないのでパスワードも存在せずアクセスは不可能だと思いますが）
もう一つのgmailアカウントはmailbox://pop.gmail.com（mailbox://pop.gmail.com）と正しく表示されていて
プロバイダアカウント、yahoomailの2アカウントも正しく表示されています。

表示されているサーバが違うというだけの話なのですがこれを正しく表示させる方法はありませんか？
パスワードを削除して再起動後に再登録してもyahoo表示になってしまいます。