ご返答ありがとうございます。
この件について当方で検証してみたところ次のようなことが分かりました。
検証したバージョンはThunderbird 21.0betaです

前提条件として
「サーバ設定」
・サーバの種類：POPサーバ
・ダウンロード後もサーバにメッセージを残す
・ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除する

「迷惑メール設定」
迷惑メールと判断された受信メッセージを次のフォルダに移動する
→該当アカウントの「ごみ箱フォルダ」

このように設定した場合に、Thunderbirdが迷惑メールと判断してメールがごみ箱に入れられると、そのメールがサーバから自動的に削除されることが分かりました。
（実際の挙動としては、ごみ箱に振り分けられた後、次回のPOPアクセスで削除されるようです）
手動で迷惑メールに設定した場合も同様でした。

ただし、迷惑メールではなく、メッセージフィルタでごみ箱に振り分けた場合はサーバから削除されませんでした。

以上、ご参考までに。

　　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　確認してみましょう。
　また、広くインターネット上で、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として、正確な OS の種類ぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。[/color]　
　
　
おそらく POP アカウントの場合かと思われますので、そのケースとして、コメントします。
　[color=#ff6600]＃IMAP アカウントの場合は、仕様（挙動）が異なります。[/color]

[quote="arita"]ここで質問なのですが、「メッセージを削除」とはＴｈｕｎｄｅｒｂｉｒｄではどの動作を言うのでしょうか？[/quote]
メッセージの受信時（ダウンロード時）に、サーバに残す設定にしている場合は、通常ならば
メッセージの削除は、Thunderbird 内のみの削除になります。

但し、[サーバ設定]で、ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除するよう
にしていた場合は、サーバにアクセスした時点で、サーバからも削除されます。

つまり、メッセージは、サーバにあるものをダウンロードしますから、削除は設定によって、
別々におこなわれるということになります。
ですから、どのような設定をしているかで、削除の動作が異なってきます。

[quote="arita"]ごみ箱に入れることではなくでごみ箱から削除した時点を言うのでしょうか？[/quote]
これも設定によります。

単純に、ごみ箱にメッセージを入れるのは、メッセージの移動になります。
移動ですから、誤ってごみ箱に入れたメッセージは、削除する前ならば、元の場所に戻せます。

削除は、ごみ箱を空にするように手動操作するか、設定で自動的に削除するようにすれば、削
除された時点で、削除となります。

[quote="arita"]そうすると、前述のように、迷惑メールだけをサーバから自動で削除するには、「迷惑メールフォルダに移動→○日後に削除」という方法しかないのでしょうか？[/quote]
POP アカウントならば、通常はそうなります。

迷惑メールを、問答無用で即刻削除したい場合は、ごみ箱に入れるようにして、アカウント設
定で [終了時にごみ箱を空にする] にしておくという方法もあります。

[quote="arita"]この場合最低でも２４時間以上タイムラグがありリアルタイムに迷惑メールを削除できません[/quote]
IMAP アカウントならば、その場での削除が、可能になるかと思われます。
　[color=#ff6600]＃但し、サーバ側が、IMAP 接続サービスを提供していることが、必要です。[/color]

メールがサーバから削除されるタイミングについて質問です。

[サーバ設定]で、ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除するのチェックをＯＮに、
[迷惑メール]で、迷惑メールと判断された受信メールをごみ箱フォルダに移動する
ように設定しています。

このように設定すると、ごみ箱に入った迷惑メールがサーバから自動的に削除されていた
（ごみ箱にメールを移動したあと、次のサーバアクセス時に削除された）
ように記憶していたのですが、
実際の挙動をあらためてチェックしたところ、そのように動作していないことがわかりました。

ここで質問なのですが、「メッセージを削除」とはＴｈｕｎｄｅｒｂｉｒｄではどの動作を言うのでしょうか？
ごみ箱に入れることではなくでごみ箱から削除した時点を言うのでしょうか？

そうすると、前述のように、迷惑メールだけをサーバから自動で削除するには、「迷惑メールフォルダに移動→○日後に削除」という方法しかないのでしょうか？
この場合最低でも２４時間以上タイムラグがありリアルタイムに迷惑メールを削除できません

どなたかおわかりでしたら教えてください。
Ｔｈｕｎｄｅｒｂｉｒｄのbeta21.0、release17.0.5どちらでも試してみました。