[その１]
mm87 さんは、POP アカウントでの問題のようです。
通りすがりの猫 さんの IMAP アカウントの状況では、同じとは云えません。

[その２]
通りすがりの猫 さんの「別のメールクライアントでも確認」とは、Thunderbird 以外
ということでしょうか。
もしそうならば、Thunderbird のみで起きている問題ではないと思われます。

[その３]
Thunderbird 側のバグの可能性も、排除できません。
念のため、Thunderbird のセーフモード起動や、新規プロファイルの「追加」作成と
その適用でも確認されてみてください。

[その４]
通りすがりの猫 さんは、法人・企業内での運用・利用環境ですね。
サーバ側の仕様や問題の可能性も、排除できません。
独自に導入している、各種アプリケーションや、システムの問題の可能性も、排除でき
ません。
サーバやシステムのログを追跡するなど、見えている現象だけでなく、その記録データ
などからも、検証・解析・確認してみるのをお勧めします。

[その５]
何かしらの手がかりとなる情報や、対処や解決事例情報が得られましたら、ぜひ追記報
告をお願いします。
この類似事例の問題（特定期間のメッセージが消えた・削除された）では、その後の報
告がなく、同様の問題が繰り返されているのか、解決したのかが不明のままだからです。
よろしくお願いします。


【お勧め】
Thunderbird を法人・企業・団体内で導入されている場合は、その規模など様々です。
運用管理では、サーバシステムなどを利用した一元管理を必要とするケースも多いかと
思われます。
システム管理担当部署・担当者にとっては、過度の負担だったり、悩みの種の課題も各
種あろうかと推察します。

Mozilla は、その製品や、アドオンの一括導入とその管理、日常のメンテナンス管理な
ども独自におこなえる仕様・技術を持ち合わせています。

すでにご存じかと思いますが、法人サポートの検討を、お勧めします。
問題解決のサポートとしても、心強い存在になろうかと思われます。

[参照]
[url=http://www.mozilla.jp/business/support/]Firefox と Thunderbird の法人向けサポート | 法人向け情報 | Mozilla Japan[/url]
[url=http://www.mozilla.jp/business/faq/]Firefox と Thunderbird のよくある質問 | 法人向け情報 | Mozilla Japan[/url]

mm87さん
通りすがりの者です。私の会社でも同じ症状が2例あり困っています。
環境は
Windows7　Pro　32bit
Thunderbird　17.0.4
で同じです。
当然各フォルダともに自動削除はしない設定（デフォルト設定）を変更しておらず。通常では消えるはずがないメールが勝手に削除されるように消えてゆきます。
IMAPサーバなのでフォルダを修復したり、購読をはずして再設定したりしてみましたが、結論としてはIMAPサーバ上からきれいに消えていました。（別のメールクライアントでも確認）

上記環境に合致するPC5台のうち2台で発生しました。高確率ですが必ず起こる症状ではないようです。
残り数十台がありWindowsXPでウィルス対策ソフトやThunderbirdやPC設定も共通にしていますが症例はありません。
Thunderbird　17.0.3では発生が確認されていませんでしたが、Thunderbird　17.0.4になった後からトラブルが2件発生しています。うち1件は新しいPCにThudnerbird17.0.4のシンプルな環境で発生しています。

今日（2013-4-3）にThunderbird 17.0.5が出たようです。
このバージョンで様子を見ようと考えています。

kikiさん
早々のコメント誠にありがとうございます。

profileを調べてみましたが　inbox／132KB　最大でも　sent／2617KB　でした。
更新日時は全て　2012.3.30　となっています。
どうもデータは残っていないような感じです。。。

セキュリティソフトですが
Mcafee　virus　scan　enterprise　8.8
かと思われます、すいません。

継続し幅広く調査を進めたいと思います。

　
[quote="mm87"]各種設定を確認しましたが自動削除等設定されておりませんでした。[/quote]
了解です。

[quote="mm87"]又、各フォルダの最適化、修復をしましたが特に変化はありませんでした。[/quote]
了解です。

となると、検索でヒットするのが、不思議ですね。
念のため、メッセージデータ本体が、実際にあるのかどうかを確かめてみてください。
Windows 7 ならば、以下の場所にあります。（標準の場合）

[プロファイル内の POP アカウントのメッセージ保管場所]
[color=#000080]C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\<profile folder>\Mail\アカウント名フォルダ
[/color]
　[color=#ff6600]＃「受信トレイ」ならば、Inbox が、メッセージデータのファイルになります。[/color]
　[color=#ff6600]＃その他のフォルダも、拡張子のないファイルが、そのメッセージデータのファイルです。
[/color]

[quote="mm87"]セキュリティは　McAfee Security Scan Plus　になります。[/quote]
老婆心ながら、McAfee Security Scan Plus は、使用 PC 内のセキュリティの状態をチェックするもので、
ウイルスそのものの検知・駆除・隔離・削除といった機能を、提供するものではありません。

もし、セキュリティ対策ソフトの類が問題を起こしていたとしたら、何かしらの作業ログがあるかと思い
ますので、それらを確認してみるのも方法です。
また、それらの販売元サポートに、問い合わせてみるのもいいでしょう。

他には、HDD 暗号化機能が、問題となることもあったりします。
落ち着いて、冷静に、幅広く、点検してみることです。

kikiさん
早速アドバイス頂き誠にありがとうございます。

各種設定を確認しましたが自動削除等設定されておりませんでした。
又、各フォルダの最適化、修復をしましたが特に変化はありませんでした。

セキュリティソフトとのマッチングについてはこれから調べてみたいと思います。
セキュリティは　McAfee Security Scan Plus　になります。

　　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　確認してみましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。[/color]　
　
　
[quote="mm87"]検索するとヒットする（一覧では表示される）のですが、その結果をクリック（一覧で表示されたものをクリックする）しても表示されません。[/quote]
推測ですが、メッセージデータ本体は削除されているが、インデックス（要約ファイル）には
メッセージ情報が残っていることになっているために、検索でヒットするのかも知れません。


まず最初に、念のため、以下の設定箇所を確認してみてください。
（１）アカウント設定
　　　・サーバ設定の [ダウンロードからの日数による削除]
　　　・ディスク領域の削除期間の設定
（２）フォルダのプロパティ
　　　・保管ポリシーによる削除期間の設定

　
上記の設定箇所で、特に削除を設定していない場合は、以下の問題が考えられます。
１．インデックス（要約ファイル）に不整合があるか、壊れている
２．Thunderbird 以外の何者かが、メッセージデータのみを別の場所に隔離、または削除した
　
１．の場合は、「最適化」あるいは「フォルダを修復」の実行で、インデックスは修復され、不
整合は、解消されますが、実際に削除されていたメッセージは復元できないでしょう。

２．の場合は、今一度ご自分の環境条件を、点検・見直しされることをお勧めします。
Thunderbird に対応していないセキュリティ対策ソフト（ウイルススキャン機能など）が関与
していて、問題を起こしていることもあります。

過去三ヵ月分のメールが消えました。
送信済みも含めた全てのフォルダで発生しています。
検索するとヒットする（一覧では表示される）のですが、その結果をクリック（一覧で表示されたものをクリックする）しても表示されません。（解り難い表現ですいません）
アカウント種別はPOPで色々と手を尽くしましたが手詰まりです。
どなたかアドバイスをお願い致します。

使用環境は以下の通りです。
Windows7　Pro　32bit
Thunderbird　17.0.4