私も同現象が発生しており、調べていてここに辿り着きました。
SmartTemplateが原因という事まで判明できて助かりました。

その後いろいろ試したところ、原因を突き止められたので
お礼の意味も兼ねて書き込みさせて頂きます。

SmartTemplateの設定画面の『新規』タブの
『新規メッセージに以下のテンプレートを適用する』
にチェックが入っていない場合、署名が消えてしまいます。

テンプレートを使わない場合も、テンプレート入力欄に
何も書かずにチェックを入れることで署名が入るようになります。

ちなみに当方のアドオンのバージョンは SmartTemplate4 0.9.2 です。

　　
SmartTemplate4 0.9.2 & 0.9.3pre2 を、当方でテストしてみました。
[環境：Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 17.0 日本語版]
　
プロファイルは、通常利用しているもので、アドオンがわんさか入ってます。
がしかし、問題の署名が挿入されない現象は、再現しませんでした。

以下の条件でテストしても再現するようならば、SmartTemplate4 のバグと
見ていいように思われます。
・新規プロファイルを追加作成
・最初からアカウント設定を、テスト用にひとつだけ作成
・現行のプロファイルから、一切何もコピー・移行しない
・SmartTemplate4 0.9.2 or 0.9.3pre2 だけを入れる
・SmartTemplate4 のグローバル設定で、署名を削除しないように設定


但し、他の環境による原因も排除できないので、なんらかの修正を待つ必要
があるかも知れませんね。

[quote="kiki"]　　
SmartTemplate4 の古いバージョンをご利用ですね。
現在の最新バージョンは、試されていないのでしょうか？

[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/smarttemplate4/]SmartTemplate4 :: Add-ons for Thunderbird[/url] のバージョン情報に、以下の説明があります。
ひょっとしたら、改善されているかも知れませんね。

・Redesigned Settings Window to support signature settings from Thunderbird even better
[Bug 25093]: Signatur missing when replying below quote
[url=https://www.mozdev.org/bugs/show_bug.cgi?id=25093]Bug 25093 – Signatur missing when replying below quote[/url]
　[/quote]

SmartTemplate4 0.9.2
を試してみました。

残念ながら、現象が再現してしまいました。
アドオンを削除すると署名が付加されるようになりますので、おそらくはこのアドオンが原因であり、最新バージョンでも改善されていない模様です。

SmartTemplate4
に対するわたしの設定に問題があるのかもしれませんが・・・。

　　
SmartTemplate4 の古いバージョンをご利用ですね。
現在の最新バージョンは、試されていないのでしょうか？

[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/smarttemplate4/]SmartTemplate4 :: Add-ons for Thunderbird[/url] のバージョン情報に、以下の説明があります。
ひょっとしたら、改善されているかも知れませんね。

・Redesigned Settings Window to support signature settings from Thunderbird even better
[Bug 25093]: Signatur missing when replying below quote
[url=https://www.mozdev.org/bugs/show_bug.cgi?id=25093]Bug 25093 – Signatur missing when replying below quote[/url]
　

どうもありがとうございました。

[quote="kiki"]　　
そのアドオンですが、以下のどちらでしょうか？
正確な名称とバージョンを、追記していただけますか。

SmartTemplate 0.6.0
[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/smarttemplate/]SmartTemplate :: Add-ons for Thunderbird[/url]
SmartTemplate4 0.9.2
[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/smarttemplate4/]SmartTemplate4 :: Add-ons for Thunderbird[/url]
[/quote]

インポートしたファイルが「smarttemplate4-0.9.1-tb.xpi」ですので

SmartTemplate4 0.9.1
になります。

　　
[quote="kitayama"]ここでアドオンのことを思い出して、あやしそうなのが「smarttemplate」で、いったんこれを削除したら、署名がつくようになりました。[/quote]
解決して良かったですね。
アドオンが原因だったということですね。

そのアドオンですが、以下のどちらでしょうか？
正確な名称とバージョンを、追記していただけますか。

SmartTemplate 0.6.0
[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/smarttemplate/]SmartTemplate :: Add-ons for Thunderbird[/url]
SmartTemplate4 0.9.2
[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/smarttemplate4/]SmartTemplate4 :: Add-ons for Thunderbird[/url]


[quote="kitayama"]ところで、返信のつもりで、別のスレッドをたててしまいましたが、削除方法がわかりません。
申請の方法があるのでしょうか？[/quote]
おそらく、返信時に「名前」（投稿者名）を記入せずにゲスト投稿しようとしたために、
このフォーラムシステムのエラーに遭遇した結果かと思われます。

ゲスト投稿では、ご自分のコメントを削除・編集できません。
後日、モデレータか管理人の方が処理されますので、そのままでよろしいかと思います。
　

１．Thunderbird のセーフモード起動
２．Thunderbird の新規プロファイルの追加作成とその適用
３．Thunderbird の再インストール

1. で署名がつきました。
2. で新規アカウントでは署名が付きましたが、対象のアカウントでは署名が付きませんでした。
3. で署名はつきませんでした。

ここでアドオンのことを思い出して、あやしそうなのが「smarttemplate」で、いったんこれを削除したら、署名がつくようになりました。

大変、お騒がせしまして申し訳ありません。

ところで、返信のつもりで、別のスレッドをたててしまいましたが、削除方法がわかりません。
申請の方法があるのでしょうか？

１．Thunderbird のセーフモード起動
２．Thunderbird の新規プロファイルの追加作成とその適用
３．Thunderbird の再インストール

土日は対象のマシンを使用できませんでしたので、返信もできませんでした。
アドバイスありがとうございます。
上記のとおりにやってみます。

　　
すべての Thunderbird ユーザで、署名が挿入されない事態になっていたら、ちょ
っとした大騒ぎです。

以下の順番でトラブルシューティングをおこなって対処してみてください。
これでも問題が再現する場合は、Thunderbird 以外に原因がある可能性が高いと
思われます。

[b][基本的・定石的なトラブルシューティング対処方法][/b]
以下の順番でおこない、その都度改善されたか確認してみましょう。

１．Thunderbird のセーフモード起動
２．Thunderbird の新規プロファイルの追加作成とその適用
３．Thunderbird の再インストール

[参照]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/safe-mode]セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/profiles]プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]

　OS等について表記しておりませんでした。

　Windows 7 Professional (32bit) Service Pack 1 です。

　　
[アカウント設定] > [差出人情報を管理] > [差出人情報の設定] で、署名編集欄が
空欄ならば、署名は挿入されない仕様です。
複数の差出人情報を設定している場合は、それぞれ署名を編集してください。

[img]http://img443.imageshack.us/img443/2692/93608713.png[/img][/quote]
はい、もちろん上記については、存じていますし、設定している上で、申しあげています。

上記設定を行って、いささか記憶が曖昧ですが、16.0.1 より前までは、署名が挿入されていたのに 16.0.1 以降、挿入されなくなったのです。

バージョンアップの際は、特に何の設定も変更しておりません。

このような現象が出ているのがわたしだけであるとすれば、わたしの環境によるものでしょうか。

　　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　確認してみましょう。
＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として、正確な OS の種類ぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。[/color]　
　
　　
[アカウント設定] > [差出人情報を管理] > [差出人情報の設定] で、署名編集欄が
空欄ならば、署名は挿入されない仕様です。
複数の差出人情報を設定している場合は、それぞれ署名を編集してください。

[img]http://img443.imageshack.us/img443/2692/93608713.png[/img]

解決していませんが、自己レスです。

「アカウント設定」→「差出人情報管理」でなぜか、同じ差出人情報が２つあります。

メール作成時に差出人をデフォルトからもう一つの方に切り替えると署名が挿入されます。

ちなみに２つある差出人情報の中身はまったく同一です。

Thunderbird 16.0.1 と 17.0 に関する現象です。

15 までは、送信メールの新規作成時にアカウントで設定した署名情報が自動的に挿入されていましたが、16.0.1 以降、挿入されなくなりました。

同じ現象に陥った方はいらっしゃいませんでしょうか？