前述されている、以下の2つを試してもダメなら、その旨書くといいかと。

・ウインドウ右上の「×」では無く、「ファイル」メニューの「閉じる」でウインドウを閉じる
・タイトルを表示する旧仕様に戻す
（1）メニューバーの [ツール] -> [オプション] または アプリメニューの [オプション] -> [オプション] から開くオプション設定ウィンドウの、[詳細] -> [一般] -> [高度な設定] にある [設定エディタ] ボタンを押す。
（2）注意書き表示されるので、よく読んでから [細心の注意を払って使用する] を押す。
（3）詳細設定画面（about:config）ウィンドウが表示されるので、[検索] 欄に
mail.tabs.drawInTitlebar
と入力する。
（4）下の項目ウィンドウに設定名 mail.tabs.drawInTitlebar が表示される。初期値は true 。
（5）この項目名をダブルクリックするか、右クリックから [切り替え] で false に変更する。

私も同様の異常が発生しており、非常に使用し難いです。 ふとした操作をした際に２つのウインドウが表示され、皆さんの言うように一つ閉じると二つ閉じます。 そして起動すると二つが起動し、ウインドウを動かそうとするとすぐに動きません。
OSはWIN7でThunderbird17.0です。

新しいwindowで開くたびに画像が増えていきます。同時起動の複数画面を何とかできませんか

　　
偶然的通行人 さんと重複しますが、ご容赦ください。

[quote="ozwing"]「ローカルフォルダ」を選択して右クリックでポップアップメニューを表示
↓
「新しいウインドウで開く」を選択
↓
２つ目のウインドウが表示される
↓
2つ目以降のウインドウを閉じるために、そのウインドウの画面右上の「x」をクリックすると全ウインドウが閉じる[/quote]
当方では再現しません。
ウィンドウ右上の [×] (閉じる) で、そのウィンドウだけが閉じます。

[quote="ozwing"]現状のThunderbird17で、「新しいウインドウで開く」で複数のウインドウを表示した場合、個々のウインドウを閉じるためには、そのウインドウの「ファイル」メニューの「閉じる」で閉じていくしか無い様です。[/quote]
「ファイル」メニューの「閉じる」も、その開いているウィンドウを閉じる操作ですが、
当方では、同じく再現しません。


ということで、この問題は、すべての環境で起きているのではなさそうです。
おそらく、新しい仕様に不具合を起こす問題が、含まれていると思われます。
タイトルバーにタブバーを表示させる有無で、それが発現するようです。


Bugzilla で検索したところ、以下がありました。
おそらくこれでしょう。
[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=814630]Bug 814630 – Thunderbird 17.0 closes all windows if multiple are opened[/url]
[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=805185]Bug 805185 – updated 17 = WIN 7 problems--opens double windows. Redundant Message[/url]

上記のバグは、英語なので自信ありませんが、どうやらセッション情報の制御・保存に
何かしらの問題があるように見受けます。
それが、ウィンドウのセッションで問題を起こしているようです。

Bug 814630 で、修正パッチが提出されて、レビューを経て RESOLVED FIXED にな
りましたので、次期バージョンで解決するものと思われます。

それまでの回避策は、偶然的通行人 さんが紹介されているように、プロファイル内にあ
る session.json というファイルを削除して、初期化する方法があります。

また、CCleaner というレジストリお掃除ツールを利用して、修正・回復させる効果もあ
ることが、下記にレポートされています。
[url=https://getsatisfaction.com/mozilla_messaging/topics/two_message_windows_are_displayed_when_thunderbird_launches]Multiple messages windows are displayed when Thunderbird 17 launches.[/url]

他に、アドオン MinimizeToTray を利用している場合にも、同様の問題が起きているレ
ポートがあります。
このケースでは、Alt+F4 ショートカットを利用することで、回避できるようです。
　[color=#008000]＃ウィンドウ操作・カスタマイズ系のアドオンでは、同様の問題が起きるかも知れま
　　せん。[/color]
[url=https://getsatisfaction.com/mozilla_messaging/topics/thunderbird_inbox_opens_twice]Thunderbird Inbox opens twice - has multiple windows. A: see steps[/url]

　
【余談】
ozwing さんへ
一連の、返信投稿が新規投稿になるフォーラム仕様の問題は、その発現手順も含めて、
以下にレポートしていただけませんか。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=8&t=8892]フォーラムシステムのアップグレードまたは移行について[/url]

偶然的通行人さん、コメント有り難うございます。

旧来のWindowsのタイトルバーが表示されない新仕様は、他のウインドウと比べて非常に違和感があり、今ひとつだと感じていました。
復旧方法を教えていただいて助かりました。

これはFirefoxにも言えるのですが。
主表示画面に新仕様を取り入れて最新式にするのは、格好良い事なのでしょう。
しかし、NCSA Mosaic経由でNetsacape　Mailから長年使い続けてきた私には、急に画面構成等が変ると、それはもう別ソフトに成ったのと大差無く、違和感しか感じません。

アップデートインストール時は、古くてダサい画面を使い続けるか、ナウい最新流行画面を使うか、選べるようにして欲しいです……
最新流行のKOOLな画面の良さが判らない、変化に付いていけない爺のたわごとなのでしょうが……

途中から失礼します。

【前提】
リリースノートに書かれていますが、Thunderbird 17.0 でインターフェイスの仕様変更があります。
とくに Windows 環境では、標準でタイトルバーがタブバーと統合され、従来のタイトルバーが表示されなくなったように見えます。
「[新機能] Windows ではタブをタイトルバー内に描画するようになりました。」とあるのがそれです。
（エンドユーザー視点でいうと、このリリースノートの表現は分かりにくいのですが......。）

【検証】
[quote="ozwing"]「ローカルフォルダ」を選択して右クリックでポップアップメニューを表示
↓
「新しいウインドウで開く」を選択
↓
２つ目のウインドウが表示される
↓
2つ目以降のウインドウを閉じるために、そのウインドウの画面右上の「x」をクリックすると全ウインドウが閉じる[/quote]および[quote="ozwing"]現状のThunderbird17で、「新しいウインドウで開く」で複数のウインドウを表示した場合、個々のウインドウを閉じるためには、そのウインドウの「ファイル」メニューの「閉じる」で閉じていくしか無い様です。[/quote]
デフォルトの "タイトルバーが非表示" の状態ですと、ozwing さんが提示なさった手順でご提起の問題が再現します。
複数のウィンドウを開いている場合、[閉じる] ボタンで全ウィンドウが閉じますし、次に Thunderbird を起動すると前回終了時に開いていた複数のウィンドウを開いて起動します。

おそらく、インターフェイスの変更にともなうバグだと思います。
すでに Bugzilla に登録されているのかもしれませんが、そこまでは調べていないので何ともいえません。

【回避策】
従来どおりタイトルバーを表示すると、"そのウインドウの画面右上の「x」をクリックすると全ウインドウが閉じる" は起こりません。
タイトルバーの表示方法は次の通りです。

（1）メニューバーの [ツール] -> [オプション] または アプリメニューの [オプション] -> [オプション] から開くオプション設定ウィンドウの、[詳細] -> [一般] -> [高度な設定] にある [設定エディタ] ボタンを押す。
（2）注意書き表示されるので、よく読んでから [細心の注意を払って使用する] を押す。
（3）詳細設定画面（about:config）ウィンドウが表示されるので、[検索] 欄に
mail.tabs.drawInTitlebar
と入力する。
（4）下の項目ウィンドウに設定名 mail.tabs.drawInTitlebar が表示される。初期値は true 。
（5）この項目名をダブルクリックするか、右クリックから [切り替え] で false に変更する。

これで、従来と同じくタイトルバーが表示されたインターフェイスになり、タイトルバーの右端には、[最小化] [最大化] [閉じる] のボタンが表示されます。
この状態であれば、[閉じる] ボタン（[X]）でウィンドウごとに閉じることが可能です。

以上は、経験的に把握したことですから、そのつもりでお読みください。

【補足】
[quote="ozwing"]一度アンインストールして再インストールしても、やはりウインドウが2つ表示され、片方ではフォルダを処理中のダイアログが表示されました。[/quote]
もし同じプロファイルを使っているのであれば、プログラムのアンインストール → 再インストールは、ほとんど意味がありません。
前回終了時のセッション情報がプロファイル内に保存されているので、それを読み込んで起動するからです。

逆にいえば、プロファイル内のセッション情報をクリアしてやることで、起動時に複数ウィンドウを開くようになった Thunderbird を初期状態に戻すことは可能だと思います。
プロファイル内にある session.json というファイルを削除してから、Thunderbird を起動してみてください。

説明不足の点や、ぼく自身の理解不足があるかもしれませんが、取り急ぎのコメントとして...。
的外れなことを書いていたらすみません。

そもそもの問題の、アップデート後にウインドウが2つ表示される原因も概ね想定できました。

私は、Thunderbird17にアップデート中および再起動前に、検索ウインドウを開いてメール読みをしていました。
検索してメール読み中にアップデートメッセージが表示された際に、ちょうど一区切り付いたので、検索ウインドウを閉じずに、そのままThunderbirdを再起動しました。
おそらく、コレが原因で、Thunderbird17アップデート後、再起動前は元のウインドウ以外のウインドウも開いていたからと、２つ目のウインドウを表示しているのだと推測します。

現象が確定できました。
おそらく誰の環境でも再現できると思います。

「ローカルフォルダ」を選択して右クリックでポップアップメニューを表示
↓
「新しいウインドウで開く」を選択
↓
２つ目のウインドウが表示される
↓
2つ目以降のウインドウを閉じるために、そのウインドウの画面右上の「x」をクリックすると全ウインドウが閉じる

Thunderbird16までとFirefox17だと、画面右上の「x」をクリックしても、閉じるのはそのウインドウだけです。
仕様の違いと言うより、Thunderbird17のコーディングのミスでしょう、これは。

現状のThunderbird17で、「新しいウインドウで開く」で複数のウインドウを表示した場合、個々のウインドウを閉じるためには、そのウインドウの「ファイル」メニューの「閉じる」で閉じていくしか無い様です。

一度アンインストールして再インストールしても、やはりウインドウが2つ表示され、片方ではフォルダを処理中のダイアログが表示されました。

今回もう1つ現象が確認できました。
２つのウインドウのうち、片方は「受信トレイ」のウインドウで、もう一方は「ローカルフォルダ」のウインドウでした。
個人的に、「ローカルフォルダ」はまったく使わず、「受信トレイ」のみの使用なので、可能なら削除したいくらいなのですが。

このゴミフォルダが原因でウインドウが2つ表示されるのなら、「ローカルフォルダ」なんかメイワクダーー。

別スレッドに分かれる原因が概ね分かりました。

フォーラムの投稿システムのバグです。

入力漏れが有ってエラーに成った後、入力漏れを直して再投稿すると、その時点で別スレッドに分けてしまう様です。
私が確認できた手順は以下です。

ユーザー名を入力漏れ
↓
認証コード欄の無い再入力画面が表示される
その画面にユーザー名を入力して送信
↓
「確認コードが間違っています。」と言う再入力画面が表示される
その画面に認証コードを入力して送信
↓
別スレッドに


ココは投稿ミスを削除できない様なので、初心者に不親切ですね。 :cry:

同じ「返信」クリックしての投稿なのに、1回目の投稿は別に分かれてしまいました。


Firefox17.0からの投稿なので、ブラウザが悪いわけでは無いと思うのですが、はて。

後、このフォーラムの投稿システムの不具合をひとつ特定しました。
認証コードは正しく入力したけどユーザ名を入力し忘れると、「ユーザ名が入力されて居ません」と言うメッセージとともに、認証コード欄の無い再入力画面が表示されます。
しかし、その画面にユーザ名を入力して送信すると、「確認コードが間違っています。」とエラーに成ります。 :cry:
結局、再度、認証コードを入れなおすと、やっと投稿できます。

再度、「返信」ボタンをおしての投稿テスト。

　初めまして。

　私のXPSP3環境でも、同様の現象が発生しています。
　プラグインは入れていません。

　他の方の書かれていない特長としては、私の環境ではタイトルバーが表示されていません。
　Thunderbird16までは表示されていたのですが、Windows8辺りに合わせた仕様の変更でしょうか？
　この新しい KOOL(lol なウインド表示処理が、旧来のWindowsXPの表示ライブラリに合っていない可能性は？

　また、Thunderbird17を再起動すると必ず、片方のウインドウで「このフォルダは処理中です。処理が終了するまでしばらくお待ちください。」と言うメッセージダイアログが表示されます。
　試しに半日放置してから再起動も行いましたが、依然表示されるため、なにか、内部的にレジストリかデータが破損しているのかも知れません。

　

Cai です。再度トピックを統合しました。
「返信」ボタンから投稿すればトピックはつながるはずですが、新規で投稿されているのでしょうか？
件名が「Re: 元のタイトル」となっていることから新規投稿ではなく返信操作をされているとは思うのですが。

また新しいトピ立ててしまいました・・。

管理者様，お手数ですがよろしくお願いいたします。

なお，「再起動を試してみるべきですね」ではなくて，
「再インストールを試してみるべきですね」の誤りでした。

グタグタになってしまい申し訳ありませんでした。