なるほど、フォルダの最適化絡みの現象なんですね。
そう言われてみれば、タイミング的にもそれっぽいタイミングで起きてるような気もします。

そうするととりあえずはそういうもんだということで気にしないでスルーするしか無さそうですね。
一応理由は分かってモヤモヤだけは解消されたので良かったです。

　　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　確認してみましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。[/color]　
　
　
統合フォルダの表示形式で、「送信済みトレイ」に限らず、当方でも再現します。　
[Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 16.0.2 日本語版]

統合フォルダの表示形式は、独自のインデックスを持っています。
　[color=#ff6600]＃プロファイル内の Mail\smart mailboxes にある *.msf ファイル群です。[/color]

それが「最適化」されておらず、最新の状態と整合が取れていない場合に、起き
やすいようです。
そのままでも、特に問題はないと思われますが、気になるようでしたら以下の対
処を、順番におこなってみてください。

１．該当フォルダを選択して、メニューの [ファイル] > [フォルダを最適化] を
　　実行。
２．プロファイル内の Mail\smart mailboxes にある *.msf ファイルを削除。
　　　[color=#ff6600]注：Thunderbird を終了させた状態でおこなうこと。[/color]
　　次回 Thunderbird 起動時に初期化（最新の状態に整合化）します。
　
[参照：過去トピック]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=10443][解決済み] ゴミ箱の未読表示が増えていく現象が発生[/url]

　
【補足】
「特に問題はない」と書いたのは、統合フォルダ形式の場合は、実際のアカウント
毎にあるインデックスと連携しているわけではないので、「真の未読」ではないか
らです。
まあ、近い将来に、きちんと改善（修正）されたら、スッキリしていいですね。
　

現在Linux(Mint13)でThunderbird 16.0.2 を使用しています。

どのバージョンから発生している現象か分かりませんが、少し前のバージョン（13の頃？）から使用していて、しばしば以下のような現象に遭遇しています。

・フォルダを統合フォルダのモードで表示している際、受信メールの未読数の表示が送信済みトレイにも表示される。
（統合フォルダモードだけの現象か、それ以外でも同じなのかは確認できていません）

（例）
- □受信トレイ (5)
　　□xxxx@yyyy.com
　　□foo@bar...co.jp (5)
+ □下書き
+ □送信済みトレイ (5)
+ □アーカイブ
　:
　:

常にこうなるという訳ではなく、頻度としては低いけど「滅多に無い」とは言えない程度には目にするという微妙な感じで、条件等分からないのですが、このような現象は一般的には見られないものでしょうか？（私の環境の問題？）
今のところ特に使用上の問題は無いものの、何か気持ち悪いので解消方法等ありましたらご教授願います。