[quote="Singha1173"]調査の結果、あるアドオンを無効にする事で現象解決されましたので、そのアドオンが原因と思われます。[/quote]
アドオンに起因する問題や話題ならば、投稿先のフォーラムが異なります。
「拡張機能・テーマ」フォーラムがふさわしいかと思われます。

[quote="Singha1173"]Thunderbird 14にアップしてから、メールへの返信を行うと、引用文が勝手に消える現象が発生しました。[/quote]
当方でも再現します。
[環境：Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 14.0 日本語版 + Signature Switch 1.6.10]

但し、以下の条件があります。
・署名用のテキストファイルを用意していない場合
・Signature Switch で、その署名用テキストファイルを選択・指定していない場合

Signature Switch で、その署名用テキストファイルを選択・指定しておけば再現しま
せん。
しかし、一方で署名挿入位置を正しく選べない問題（引用部の上か下）があるようです。

詳細にテスト検証したわけではありませんが、勝手に消えるのではなく、Thunderbird
本体バージョンに限定した Signature Switch の仕様のように思われます。

AMO(addons.mozilla.org)のレビューにも、おそらく同様と思われる報告があります。
[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/signature-switch/reviews/]Signature Switch :: レビュー :: Add-ons for Thunderbird[/url]

また、作者サイトにある以下の FAQ にも説明がありますので、事前に参照したほうが
いいでしょう。
[url=http://mozext.achimonline.de/signatureswitch_faq.php#beforequotedtext]My signature doesn't get removed when it is placed before quoted text. Is that a bug? / Achim's Mozilla-Extensions[/url]
　

Windows XP SP3
Thunderbird　11⇒14へのアップグレードで使用しています。
導入アドオンは、「Check and Send」「Import Export Tools」「Lightning」「Mail Tweak」「Minimize To Tray Revived」「Quick Locale Switcher」「Signature Switch」「Test Pilot for Thunderbird（デフォルト）」

Thunderbird 14にアップしてから、メールへの返信を行うと、引用文が勝手に消える現象が発生しました。
一時的に表示されるのですが、プログラムで勝手に削除したという感じで消えます。
調査の結果、あるアドオンを無効にする事で現象解決されましたので、そのアドオンが原因と思われます。
該当アドオンは　Signature Switch ですが、対応バージョンが7-12となっているため、バージョンアップに期待したいと思います。

【追記】
[ツール]－[アカウント設定]･･･「編集とアドレス入力」が以下の場合に発生するらしいです。
返信時には元のメッセージを自動的に引用する ： チェックON
キャレットの初期状態 ： 引用部の上
署名を挿入する位置 ： 返信部の下（引用部の上）　　←　この設定が重要みたい

尚、消えた引用文は「元に戻す（Ctrl + z）」で復元出来ます。

かなりニッチな情報だと思いますが、何かのお役に立てれれば。