この一週間弱Thunderbirdの起動や再起動を繰り返してきたところ、
（迷惑メールフォルダへ自動移動されたり、メールフィルタの条件に沿って各フォルダへ移動される事の有無には関係なく）
受信トレイに入ってきたメールを操作（手動移動か削除）し、ツールバーのメニューから「ごみ箱を空にする」「フォルダを最適化」して終了、
次の起動時にカラムが初期状態に戻っている事が多いように感じます。

ただあくまでも、「起動して終了して再起動させた場合」「起動してメール受信したけど受信0で終了させて再起動」
これらより初期状態に戻ることが多いというだけで100％戻るわけでは無く、
単に再起動を繰り返すだけでも初期状態に戻ることもありました。

初期状態に戻っていた場合、ごみ箱や任意作成フォルダを開き、そこのカラムを右クリックして受信フォルダにも適応させる、
この程度の応急処置で対応していますが面倒なのは確かです。
再現条件とその問題箇所が明らかになれば私以外で困っている方にも有意義でしょうから
今後は「どのような使い方をした場合、次の起動時にどうなったか」を記録しながら使っていきます。

　
アドオンの Test Pilot for Thunderbird の削除でも改善がなかった件、了解しました。
　
となると、やはり Bug 710056 に該当するのではないでしょうか。
Test Pilot for Thunderbird の削除で直ったという人も居るようですが、そうではない人も居るよ
うです。
再現条件が不明確で、どこに問題があり、何を修正すればいいのかが不明な状態のようです。

スレッドペインのカラム情報は、インデックス（要約）ファイル（Inbox.msf）に保存されている
のですが、その変更保存が「受信トレイ」だけでうまくいかず、[最適化] や [フォルダの修復] お
よび受信動作による書き換え時などが引き金（トリガ）になり、リセットされてしまう現象のよう
です。

因みに、私もプロファイルは C ドライブ以外に置いていますが、再現しません。
また、ピアサ さんと同じではありませんが、いろいろなアプリケーションをインストールしていま
す。

環境条件により異なるという点と、以前のバージョンでは起きていなかったという点でかなり複雑
な問題のように見受けます。

再現条件とその問題箇所が明らかになると解決の糸口になると思われますので、もし判明しました
ら、このフォーラムと併せて Bug 710056 にも報告されてください。
多くの開発者とユーザに喜ばれると思います。
　

私にとってはかなり難しい話になってきています。
どの段階までの情報を出せばいいのかが判断しにくい状況ですので、思いつく限りを出そうと思います。
その結果として無駄な情報を書き込み、無駄に長文となる事があるかもしれませんがお許し下さい。

最初に書き忘れておりました。
CドライブにWindows7をインストール
Gドライブ（Cドライブを分割して作りました）にテスト用と今まで使用してきた2つのプロファイルがあります

> kikiさん
> Mozilla Thunderbird\extensions\tbtestpilot@labs.mozilla.com.xpi

上記フォルダ内には「{97 半角英数字のみが入っています fd}」というフォルダだけあり、
{97 中略 fd}フォルダ内には「chrome.manifest」「icon.png」「install.rdf」「preview.png」の4ファイル。

探したところ、C:\Program Files\Mozilla Thunderbird\distribution\extensions
このフォルダにtbtestpilot@labs.mozilla.com.xpiが存在し、削除を行いましたがやはり駄目でした。


> 偶然的通行人さん
> 起動中であってもカラムヘッダが初期状態に戻っていることもあるのでしょうか？

これは一度も経験しておりません。
起動中はその状態が保持され、いったん Thunderbird 終了したあとの再起動または
その後の起動時に不定期に初期状態へ戻ります。


以前、定期バックアップ時のために同期ソフトを使用していましたが、
操作ミスで新データを旧データで上書きした事があって以来2年ほど使用していません。

また、PCの終了や再起動時に毎回行っている事としては、
「Cドライブのディスクのクリーンアップ」から「システムファイルのクリーンアップ」
ディスククリーンアップタブから
・ダウンロードされたプログラム　ファイル
・インターネット一時ファイル
・ごみ箱
・Service Packのバックアップファイル

詳細オプションタブから
・「システムの復元とシャドウコピー」

これらを削除し、続いて
「窓の手」の「不要ファイル掃除機」でCドライブのみを検索して
C:\Users\ユーザー\AppData\Local\Temp\　　内の*.tmpファイル
C:\Windows\Temp\　　内の*.tmpファイルと*.logファイル

次に
「CCleaner」ですが、Thunderbirdに関しては
インターネット一時ファイル
インターネットの履歴
ダウンロードの履歴
これらが検索と削除のチェック対象になっています。
レジストリの問題点を検索、スタートアップの状態なども毎回確認していますが、
どちらも追加や減少などの変更点は無いようです。

最後に「QRegDefrag」でレジストリのデフラグ。

ただこのトピックを作成してからは特に、上記クリーニングソフトを使うことなく
Thunderbirdの起動と再起動のみでカラムが初期状態に戻るのを何度も確認しています。


セキュリティ対策ソフトですが、常駐しているMicrosoft Security Essentials。
設定からGドライブにある2プロファイル内の各「Inbox.msf」を検索除外にしてみました。
ですがこれでもカラムが初期状態に戻る事を確認しました。

もう一つSpybot - Search & Destroyというソフトをインストールしています。
スパイウェアに対する免疫化の設定を見たのですが、FirefoxとInternet Explorer、
あとはWindowsのGlobal（Hosts）のみでThunderbirdの項目はありません。
SDHelper（Internet Explorerへの悪意のあるダウンロードをブロックする）
TeaTimer（すべてのシステム設定を保護）
この2つの常駐保護は無効にしてあります。


他にはスタートアップへ登録している常駐ソフトとして
LedBiff（メールチェッカ）
stunnel（LedBiffでGoogleメールをチェックするためのSSLトンネルソフト）
SignalNowExpress（PCで緊急地震速報を受信するソフト）
Orchis（ランチャソフト）
めもりーくりーなー（メモリの掃除やCPU使用率などを表示させるソフト）
MseNotify（WindowsUpdateは手動更新設定にしているためMicrosoft Security Essentialsの定義を自動更新させるソフト）

桜時計（時刻合わせソフト、PC起動後に管理者権限から起動・常駐させています）

この各ソフトがありますが、どれも不具合発生前から設定を変えず使用し続けていることと、
OS再インストール後に上記7ソフトをまだインストールしていない状態でも
カラムが初期状態に戻る事は確認済みです。

これら以外で常駐させているソフトやシステムクリーニングソフト、セキュリティ対策ソフトは
Windowsファイアウォールを設定変更しないまま使用しているぐらいだと思います。

横から失礼します。
遅ればせながら一連のやりとりを拝見し、少し気になった点があるのでコメントさせていただきます。

kiki さんから詳しいアドバイスがあり、それに応じていろいろテストされても改善のきざしがないようで、Thunderbird 側からの点検は手詰まり感がありそうですね。

たしか Thunderbird 3.0 あたりから、スレッドペインのカラムヘッダの表示がトレイ / フォルダごとに設定できるようになり、表示項目と並び順の内容はフォルダごとの要約ファイル（*.msf）に保存されるようになっていたと記憶しています。

Thunderbird を起動し、[受信トレイ] のカラムヘッダの表示項目と並び順を任意に変更すると、起動中はその状態が保持され、いったん Thunderbird 終了したあとの再起動またはその後の起動時に不定期に初期状態に戻るのですよね？
それとも起動中であっても別のフォルダにフォーカスを移した後、再び [受信トレイ] に戻ったときカラムヘッダが初期状態に戻っていることもあるのでしょうか？
後者であればちょっと手に負えないのですが、前者であれば次のようなことが考えられないでしょうか。

[受信トレイ] の要約ファイル（Inbox.msf）が何らかのタイミングで初期化されている可能性です。
この場合の「初期化」というのは、Inbox.msf が初期値に書き戻されるというだけでなく、何らかの事情で Inbox.msf が削除されたようなケースを含みます。
Inbox.msf は、削除されても次回起動時には初期値で再生成されます。スレッドペインに表示されるメッセージの要約は、そのときの実体ファイル（拡張子なしの「Inbox」ファイル）をもとに再生成されますから、実体ファイルに問題がないなら削除前の Inbox.msf の表示と変わらず、結果的にカラムヘッダのみ初期化されたように見えることはありうると思います。


とのことですから、Thunderbird に問題があって Inbox.msf への変更保存が必ず失敗するのなら、次回起動時には必ず初期化されていることになります。
一方、不定期に起こるならカラムヘッダの変更保存が正しく反映されているときもあるということになります。
Thunderbird 側で不規則に不具合が発生する可能性もないとはいえませんが、別のトリガーによって初期化が起こると考えた方が順当なのではないでしょうか。
Thunderbird から見たときに「不定期」でも、システムや別アプリの機能から見たときには、それなりの因果関係があるのかもしれませんし......。

少々強引かもしれませんが、例えばシステムクリーニングソフトやセキュリティ対策ソフトの誤設定・誤動作で ～ \<ProfileName>\Mail\Local Folders\Inbox.msf が削除対象になっているとか、同期ソフトなどが稼動するタイミングで、古い（あるいはオリジナルとして保存した）ファイルに書き戻されているとか、ようするに Thunderbird が終了しているときに Thunderbird 以外のアプリケーション（またはシステムの機能）が動作するタイミングで問題が引き起こされているようなケースは考えられないかってことです。

Thunderbird 側の不具合である可能性も否定はしきれませんが、現象的にはレアケースな気がしますので、ピアサさんの環境条件に依存した隠れた要因があるのかもしれません。
そういう意味で、Thunderbird のプロファイルに干渉しそうなシステムや別アプリの機能にも目を向けて原因を探ったほうがいいかもしれませんね。

直接的な解決策ではなく申し訳ありませんが以上です。的外れなことを書いてたらすみません。

　
説明不足でした。

アドオンの Test Pilot for Thunderbird は、インストールフォルダ内にあります。
プロファイル側だけを無効化したり、削除しただけではダメかも知れませんので、念のため
そちらでも同様に試してみてください。

インストールフォルダ内の以下の場所にあります。
Mozilla Thunderbird\extensions\tbtestpilot@labs.mozilla.com.xpi
　


今のところ不明です。
　

私の説明が足りませんでしたね、すみません。

テスト用に作った新規プロファイル、こちらは新たに作成した空フォルダをそのまま使い、
同じくテスト用に作ったメールアカウントのみを登録し送受信しております。
2つのプロファイルで、同じアカウントやファイルが使われることは無いようにしてあります。

Test Pilot for Thunderbirdを
・2つのプロファイルの片方だけ無効化
・両方のプロファイルで無効化
・両方のプロファイルで無効化したまま片方はtbtestpilot@labs.mozilla.com.xpiを削除
・両方のプロファイルからtbtestpilot@labs.mozilla.com.xpiを削除
順番に調べてみましたが、全てで改善が見られませんでした。

ハードウェアではよく耳にする、PCとの相性といったことが少しは関係してるのでしょうか？
PCの詳細なスペックに何か不足や問題があるのかもしれませんので、
dxdiag.exeから取得した情報を以下に載せておきます。


Operating System: Windows 7 Home Premium 32-bit (6.1, Build 7601) Service Pack 1 (7601.win7sp1_gdr.120330-1504)
Language: Japanese (Regional Setting: Japanese)
System Manufacturer: Dell Inc.
System Model: Studio 540
BIOS: BIOS Date: 06/04/09 16:31:28 Ver: 0.0.1
Processor: Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q8200 @ 2.33GHz (4 CPUs), ~2.3GHz
Memory: 4096MB RAM
Available OS Memory: 3328MB RAM
Page File: 2912MB used, 3739MB available
Windows Dir: C:\Windows
DirectX Version: DirectX 11
DX Setup Parameters: Not found
User DPI Setting: Using System DPI
System DPI Setting: 96 DPI (100 percent)
DWM DPI Scaling: Disabled
DxDiag Version: 6.01.7601.17514 32bit Unicode

Card name: ATI Radeon HD 3600 Series
Manufacturer: Advanced Micro Devices, Inc.
Chip type: ATI display adapter (0x9598)
DAC type: Internal DAC(400MHz)
Device Key: Enum\PCI\VEN_1002&DEV_9598&SUBSYS_22421028&REV_00
Display Memory: 1658 MB
Dedicated Memory: 250 MB
Shared Memory: 1407 MB

　

了解しました。


これも了解です。

となると、ますます謎ですねぇ。

念のための確認ですが、新規プロファイルでテストされた際の「共通受信トレイ」は
空っぽでしたよね。
8 つの POP アカウントの受信メッセージ群を、従前のプロファイルから新規プロファ
イルの「共通受信トレイ」に移行コピーはされていませんよね。

　
情報として、Bugzilla を検索したら以下がありました。
これかな？
710056 – Earlybird doesn't remember columns change in the message list after restart (only after restart of Tb which is automatically initiated when an update is applied by Help/About/Apply Update)

Test Pilot for Thunderbird がインストールされている環境かつ有効になっていると
再現するという報告もあるようですが、よくわかりません。　
試しに、Test Pilot for Thunderbird を無効化あるいはインストールフォルダから一
時的に移動（あるいは削除）させてみたら、どうなりますか？
　

改善はしていませんが今回アドバイスを頂いたことで複数プロファイルの使用方法も理解でき、
使い方の道が広がったと感じております、こちらこそありがとうございます。

> [可能性：その２]
> 、「受信トレイ」だけで起きている現象で、ローカルフォルダや任意に作成したフォルダのスレッドペインでは起きていない現象

言葉不足で申し訳ありません、おっしゃるとおりの現象です。
最初から用意されているごみ箱や送信済みトレイだけでなく、
任意に作成したフォルダや、その子フォルダは変更が維持されたままです。

> その「受信トレイ」は、IMAP アカウントでしょうか。
> それとも IMAP や POP アカウントに関係なく両方に起きている現象でしょうか。

IMAPで設定したメールアカウントは一つも使っていません。
プロバイダのPOPアカウント4つ＋YahooメールPOP2つ＋GoogleメールPOP2つ
計8つのPOPメールアカウントを、各サーバ設定の詳細から共通受信トレイに保存
このような設定で使っています。

　
対処の結果を教えていただき、ありがとうございます。
結局、改善が見られなかったんですね。
お役に立てずで申し訳ありませんでした。


[可能性：その１]
新規プロファイル、管理者権限での再インストールでも改善がなかったとなると、 Thunderbird 以外
の問題のようにも見受けます。
Thunderbird のスレッドペインのカラム変更が効かない問題ですが、原因は Thunderbird 以外にある
と思われるとということです。

OS のテーマでもないとすると、ちょっと思いつきません。


[可能性：その２]
カラムの並び順と項目の [スレッド・添付・スター・件名・既読・差出人・迷惑マーク・送信日時] は
デフォルト（初期状態）です。
これからの変更が保存（上書き・更新）されないか、どこかのタイミングでデフォルトに復元されるよ
うに見受けます。

ひょっとして、「受信トレイ」だけで起きている現象で、ローカルフォルダや任意に作成したフォルダ
のスレッドペインでは起きていない現象でしょうか。

その「受信トレイ」は、IMAP アカウントでしょうか。
それとも IMAP や POP アカウントに関係なく両方に起きている現象でしょうか。

もし IMAP アカウントの「受信トレイ」のみで起きている問題ならば、Regression Bug の以下が似て
いるように思えます。

550286 – Columns to display is lost if rebuild index is used on an IMAP folder
　

アドバイスありがとうございます、やっと全ての結果が出ました。

>　1.アカウント設定やオプションが保存されない

改めて管理者権限から再インストールを行いましたが駄目でした。

> 2.Thunderbird のセーフモード起動で、「ツールバーとコントロールをリセットする」

こちらも駄目でした。

> 3.Thunderbirdの終了状態でプロファイルフォルダ内にあるlocalstore.rdf削除

こちらも駄目でした。

> 4.新規プロファイルの追加作成とその適用

しばらく変更が適応されたままの状態が続きましたが、先ほど戻されてしまいました。

デスクトップテーマについては昨日ＯＳの再インストールが終わったばかりでしたので
Aeroテーマ（Windows7）になっています。
なお先日までは、スライドショーすら使わず、一枚のjpeg画像だけを壁紙にしている状態でした。

狙って変更を戻す、という行為ができないため対処一つ毎に何度も起動と終了をしながら使用しました。
4の新規プロファイルは変更がなかなか戻らなかったと書きましたが、よく思い出してみると
1から3は常に受信トレイのメールは2通、4は最初0通、変更が戻った時には3通ありました。
今までも受信トレイに数通の既読や未読のメールが残ったまま起動や終了をする事がありました。
そんな使い方をしてきて、受信トレイの状態に関係なく変更が戻るというイメージを持っていたのですが
今回の対処法を試す中で、受信トレイにメールが残っている時ほど戻りやすいという印象を持ちました。

　
以下の対処を順番におこなってみてください。
もし改善されたら、どの対処の結果か教えてください。
もちろん、改善されなかったら、その結果もお願いします。
　
１．まずは、以下のサポートガイドを参照して、該当しないか確かめてみてください。
　　[参照] アカウント設定やオプションが保存されない | Thunderbird サポート

２．次に、Thunderbird のセーフモード起動で、「ツールバーとコントロールをリセットする」
　　をおこなってみてください。（初期化する方法です。）
　　[参照] セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ

　　


３．Thunderbird を終了させた状態でプロファイルフォルダ内にある localstore.rdf ファイル
　　をリネーム、別の場所に移動、あるいは削除してから Thunderbird を再起動してみてくだ
　　さい。（これも初期化する方法です）
　　[参照] プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
　　[過去トピック事例] [解決済み] 立ち上げ初期レイアウトが突然かわった。戻す方法？

４．新規プロファイルの追加作成とその適用
　　[参照] 複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
　

他には、OS のデスクトップテーマによる影響で、変更が効かない事例もあったりしましたので
念のため、そのあたりも確認してみてください。
　　[過去トピック事例] [解決済み]スレッドペインの列幅変更（？）が出来ない
　

スレッド・スター・添付・既読・差出人・迷惑マーク・送信日時

と設定されている状態から、

添付・既読・差出人・迷惑マーク・送信日時・サイズ

に変更をしても、受信トレイだけは変更前の状態戻ってしまいます。
戻るタイミングは次回起動時から数回後の起動時と不定期のようです。

全フォルダの受信メールだけをバックアップしてOSのクリーンインストールなども行いましたが
この設定だけは元の状態に戻ってしまいます。
何か解決策はありませんでしょうか？

Thunderbird 13.0.1
OS:Windows7
設定エディタから、GPU支援を無効にしています。
拡張機能：CompactHeader 2.0.5
　　　　　　　sqlite manager 0.7.7
　　　　　　　Test Pilot for Thunderbird 1.3.9
テーマ：Nuvola 1.15