mailto:での文字化けは、昔から事情は変わっていないのではないですかね。
http://q.hatena.ne.jp/1182531773

Windowsのmailto:とInternet Explorerの関係がよくわかりませんが、もしかしたらIEの｢mailto リンクでUTF-8を使う」をチェックすると、Thunderbird（Mozilla系のメーラー）でも文字化けしないかもしれません。
http://ekiworld.net/contact/faq/1049.html

　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読んでその内容を理解した上で、
　それに沿って投稿しましょう。
＊質問・投稿する前に、製品のヘルプやサポートサイトで検索・閲覧・確認してみま
　しょう。
＊ご自分の利用環境として OS の種類ぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]
　
　
「駅すぱあと」って何ですか？
Web サービスですか？Mobile アプリケーションですか？
それともスタンドアローンのアプリケーションですか？

mailto リンクで文字化けするのは、件名ですか？本文ですか？
それともその両方ですか？
そのリンクのソースの文字コードは何ですか？

おそらくmailto リンクで UTF-8 を使用していないか、Thunderbird へ受け渡す側が UTF-8 に対応
していないために文字化けするのではと推察します。
[参照]　
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9424][解決済み] html文に書かれた、メールの件名について[/url]
　

駅すぱあとにてメール送信という機能があるのですが、いざ使用すると文字化けが発生してしまいます。
駅すぱあとはmailto機能を使用し、Thunderbirdへ変換しているようです。
文字コードの設定等変更致しましたが、現象が変わることはありませんでした。

対処方法等ご存知でしたらご教示のほど、よろしくお願い致します。

Tunderbird11.0.1使用
駅すぱあと最新版(12/04/18現在)