[quote="さんこん"]なぜ戻したいかというのはおっしゃるとおり「開封確認のメッセージを目立たせたい」これに尽きます。[/quote]
個人ではなく社内全体での対処ならベストな方法とはいいにくいかもしれませんが、userChrome.css を使って [開封確認バー] を今より目立たせること自体はできると思います。

これがいいかどうかは別にして、一例として次のようなものとか......。
[code]/* 開封確認バーの背景色 */
#mdnBar{
background-color : orangered !important;}
/* 開封確認バーの文字の装飾 */
#mdnBarMessage {
font-size : large !important;
color : white !important;
text-decoration : blink;}[/code]

[quote="さんこん"]バージョンアップについてのご指摘ありがとうございます。
ただ、拡張機能の関係上すぐにアップデートというわけにも行かないので、今後対応していきたいと思います。[/quote]
法人利用では、社用の拡張機能など組織全体での様々な制約から、短サイクルでのアップグレードに追従しにくい場合もあろうかと思います。
ご存知かと思いますが、Mozilla ではそのため ESR 版を提供しています。これを利用するかどうかは御社の方針次第ですが、いちおう紹介しておきます。詳しくは下記をご覧ください。
http://mozilla.jp/business/downloads/

とりあえず以上です。役に立たない話だったらすみません。

返事が遅くなりすみません。
偶然的通行人さんご回答ありがとうございます。

なぜ戻したいかというのはおっしゃるとおり「開封確認のメッセージを目立たせたい」これに尽きます。
開封確認は社内でのみ運用しているのですが、現バージョンの仕様に変更になってから開封確認の返信があまりなくなってしまったのです。
ただ、仕様ではどうしようもないかと思いますので、社内に周知徹底を図ろうと思います。

追記
バージョンアップについてのご指摘ありがとうございます。
ただ、拡張機能の関係上すぐにアップデートというわけにも行かないので、今後対応していきたいと思います。

[size=100][color=blue]※質問するときは、[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?p=19321]フォーラムの利用について [投稿する前にお読みください][/url] に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えるか、[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?p=19321#17986]投稿用テンプレート[/url] の利用をお勧めします。[/color][/size]

開封確認を要求する受信メッセージに対し、Thunderbird 側でそのつど取り扱い方法を確認する動作に設定していた場合、Thunderbird 3.0 まではダイアログ形式で表示されていました。
この仕様が 3.1 から変更され、メッセージペイン（もしくはメッセージを開いたタブやウィンドウ）の上部に Notification Bar として表示されるようになりました。

これは当該動作の根本的な変更なので、現時点の最新バージョンである 11.0 / 10.0.3esr / 3.1.20 のいずれも、この動作をダイアログ形式に戻すオプション設定は、残念ながらなかったと思います。

できる・できない、の二者択一でいえばそういうことになりますが、開封確認をダイアログ形式に戻したい理由や背景事情（例：開封確認のメッセージを目立たせたい、など）を具体的に説明していただくと、代替案や次善の策についてのアイデアが他のユーザーさんから寄せられるかもしれません。

ご期待にそえないリプライですが以上です。的外れだったらすみません。

（余談）
[size=100]リスクを承知の上で Thunderbird 9.0 をお使いなら余計なお世話になってしまいますが、現在の Thunderbird の最新推奨バージョンは 11.0 です。（法人向けには ESR 版の 10.0.3 があります。）
メッセージフィルタの不具合など 11.0 固有の問題もありますので強く勧めるのはためらわれる部分もありますが、安全性の観点からは 9.0 をアップグレードすることが望ましいことに注意を促しておきます。[/size]

Thunderbird9を利用しています。
Thunderbird3.1あたりから開封確認がダイアログ表示ではなく画面上部のツールバーに一体になったようなのですが、以前のようにダイアログ表示に出来る方法は無いでしょうか？