どうも話がかみ合ってないようなので、再度繰り返してお尋ねしますね。

（１）iPhone のアカウントを Thunderbird でも同期させるために[b] IMAP アカウントとして設定[/b]
　　　[b]されているのでしょうか？[/b]

（２）もしそうならば、Thunderbird の該当 IMAP アカウントの[b]「サーバ設定」[/b]と「同期」設定
　　　[b]の内容を書いて教えてください。[/b]
　　　そうしないと具体的にはわかりません。
　
（３）メッセージフィルタならば、[b]その条件設定の内容は[/b]？
　
　
【補足】
iPhone の IMAP アカウントはどのような仕様なのかわかりませんが、通常はどちらかでメッセージ
を削除したら、もう一方でアクセスしても同期されていますので削除された状態になります。
念のため iPhone 側の IMAP アカウントの設定内容も併せて確認してみてください。　

また Thunderbird 側でもアドオンを入れていると設定などがカスタマイズされている可能性もあり
ます。
Thunderbird のセーフモード起動でどうなるかも確かめてみてください。
[参照]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/safe-mode]セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]
　

メッセージフィルタです。

　
何をどのように実行されたのでしょうか？

手動操作ですか？
それともメッセージフィルタで条件設定されたのですか？
メッセージフィルタならば、その条件設定の内容は？
　

kikiさんありがとうございます。
挑戦してみましたが、なぜか今すぐ実行を押してもできず、画面がそのままです。
押せていない状態になっています。

　
[quote="かえで"]同期するとどちらか最新のほうのデータが更新されてしまうことはわかっています。
しかし、以前はiPhoneのメールを消してもThunderbirdさんのほうは
消えていなかったのでなぜそうなったのか気になりました。[/quote]
IMAP アカウントで同期させていたのならば、一方で消えないということは通常
ありません。

[quote="かえで"]やはり、大切なメールなどはもしものときのために残しておきたいので
Thunderbirdさんおほうだけ残す方法を知りたいと思いました。[/quote]
手動操作あるいはメッセージフィルタで条件設定してローカルフォルダなどの同
期しない場所に保存しておくようにすればいいでしょう。

[参照]
以下はバックアップしたいという過去トピックです。
どうやって自動的におこなうように実現できたかまでは書いてありませんが・・・。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=12560]Imapメールのバックアップについて[/url]
　

kikiさん、返信をありがとうございます。
製品名につきましても、ご指摘ありがとうございます。

Thunderbirdさんを利用しているのは、iPhoneだけではなくてパソコンからも
メールを確認したかったからです。
同期するとどちらか最新のほうのデータが更新されてしまうことはわかっています。
しかし、以前はiPhoneのメールを消してもThunderbirdさんのほうは
消えていなかったのでなぜそうなったのか気になりました。
やはり、大切なメールなどはもしものときのために残しておきたいので
Thunderbirdさんおほうだけ残す方法を知りたいと思いました。

サーバ設定につきましては、起動時に確認すると消去時はすぐに消去するになっています。
同期設定は、すべての項目のところにチェックがされています。

ご返答お願いします。

kikiさん、返信をありがとうございます。
製品名につきましても、ご指摘ありがとうございます。

Thunderbirdさんを利用しているのは、iPhoneだけではなくてパソコンからも
メールを確認したかったからです。
同期するとどちらか最新のほうのデータが更新されてしまうことはわかっています。
しかし、以前はiPhoneのメールを消してもThunderbirdさんのほうは
消えていなかったのでなぜそうなったのか気になりました。
やはり、大切なメールなどはもしものときのために残しておきたいので
Thunderbirdさんおほうだけ残す方法を知りたいと思いました。

サーバ設定につきましては、起動時に確認すると消去時はすぐに消去するになっています。
同期設定は、すべての項目のところにチェックがされています。

ご返答お願いします。

　
iPhone のアカウントを Thunderbird でも同期させるために IMAP アカウントとして設定
されているのでしょうか？

もしそうならば、Thunderbird の該当 IMAP アカウントの「サーバ設定」と「同期」設定
の内容を書いて教えてください。
そうしないと具体的にはわかりません。　
　
[quote="かえで"]どうすればthunderbird上のメールは残してiphone上のメールは
消すことができるのでしょうか。[/quote]
IMAP アカウントとして設定しているのならば、同期だけじゃなくて Thunderbird
（ローカル）のローカルフォルダに別フォルダを作って、メッセージを保存するよう
にすればいいだけです。
　[color=#006600]＃手動操作でもいいですし、メッセージフィルタを利用してもいいです。[/color]

[参照]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/imap-synchronization]IMAP による同期 | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]

　
【大きなお世話】
製品名は thunderbird ではなくて Thunderbird です。
　

こんにちわ。
私のパソコンはwindows vistaを使用しています。
thunderbirdのバージョンは10.0.2です。

iphoneを使用しているのですが、先月くらいまでiphoneのメールを消去しても
thunderbirdのメールは消えなかったのですが、最近消えていることに
気がつきました。

最新バージョンにしてからなのか設定を変えてからなのか
自分でもわからず困っています。

設定は、サーバ設定のメッセージを消去するを終了時からにすると
変更しただけです。
もとに設定は戻したのですがメールは消えてしまいます。
どうすればthunderbird上のメールは残してiphone上のメールは
消すことができるのでしょうか。

ネットなどで探しましたが、旧バージョンのしかのっていませんでした。

お答えお待ちしています。申し訳ありません。