大筋は kiki さんが詳しく説明してくださっていますので、いくかの点だけ補足的に...。

[quote="Morita"]popstate.datの件は、受信記録をリセットさせたい時にはこのファイルを削除すれば良い
という認識で合ってますでしょうか？[/quote]
ごく大雑把にいえばそのとおりです。
もう少し詳しくいえば、単なる "受信記録" というよりは、Thunderbird が POP サーバ上のデータに対してどのような対応をするかの情報を記録してあるファイルです。
[アカウント設定] の [サーバ設定] の設定内容にもよりますが、POP アカウントを運用するなら普通は安易に扱うべきファイルではありません。
より詳しいことは下記が参考になると思います（英語ですが…）。
http://kb.mozillazine.org/Popstate.dat

[quote="Morita"]1．元のプロファイルからデータをコピーしてくる前にThunderbirdを一度でも起動すると、
新しいプロファイルのフォルダ内に初期状態のファイルやフォルダが作られてしまうのでは？
すると復元の際にどのファイルを古い物と置き換えて良いのか分からなくなる気がして
起動できない状態のままです。[/quote]
もともとのご質問が、[quote="Morita"]Thunderbirdのメールデータは残したまま設定だけ初期化したいと考えています。
理由はアカウント設定を完全に消して最初からやり直したいのと、各アカウントのメールを
どこまで受信したかという記録を全てリセットさせたいためです。[/quote]ということですから、基本的に「以前のプロファイル」から移行すべきファイルの種類は少ないはずです。
必要なのは、過去のメールデータ（Mail フォルダ配下）とアドレス帳データ（abook.mab 、history.mab など）、迷惑メールの学習データ（training.dat）ぐらいでしょうか。
逆に、それら以外を旧→新で持ち込んでしまうと「アカウント設定を完全に消して最初からやり直したい」ではなくなってしまうと思います。

[quote="Morita"]Local Foldersだけをコピーしてくる方法では駄目でしょうか？
やはり「pop.～」というフォルダも全部コピーしないと正常に動かないんでしょうか？[/quote]
Thunderbird 上でのアカウントやフォルダの表示と、実データの集合体であるプロファイルの構造は同じではありません。

ローカルフォルダ（Local Folders）は、Thunderbird 固有の特別な存在で、擬似的なアカウントといっていいものです。
Gmail や各種プロバイダから貸与されている個々のアカウントは対象となるサーバを持っていますが、ローカルフォルダはそれを持っておらず、Thunderbird 上でのメッセージの取り扱いにおいて各アカウントの受け皿あるいは代理のようにふるまいます。

実体のある複数のアカウントを、すべてローカルフォルダ（共通受信トレイ）で扱うように設定しても、各アカウントに対するいくつかのデータは各アカウントフォルダ内（例：\Mail\pop.gmail.com 、\Mail\pop.gmail-1.com など）に保管されています。

例えば、受信操作をしたとき POP サーバ上にある個々のメッセージに対して Thunderbird が要求する内容は popstate.dat に記録されていますが、複数のアカウントをローカルフォルダにまとめたとしても、popstate.dat は各アカウントフォルダごとに保管され、更新され続けます。これは Local Folders 内には存在しません。

Morita さんが以前のプロファイルで「ほぼ全てのメールはローカルフォルダ以下に保存」されていたとしても、複数あるアカウントが Thunderbird の導入当初からローカルフォルダに統合して使われていたのか、途中からローカルフォルダに切り替えられたのか、どういう運用経過があるか、そのあたりの詳細がまったく不明なので、ぼくには「Local Foldersだけをコピーしてくる方法」で大丈夫と断言できる自信はありません。

ただ、今回の要求は「どこまで受信したかという記録を全てリセットさせたい」ですから、旧→新の移行時に限っては、以前のプロファイルから個々のアカウントの popstate.dat をコピーして持ち込む必要はないと思いますし、「アカウント別フィルタは自分で作った覚えは無く、初期化されても構いません」とのことなので msgFilterRules.dat や filterlog.html なども無視していいと思います。
したがって、「以前のプロファイル」で、一度も個別アカウントでメッセージを受信したことがなく、完全にローカルフォルダ（Local Folders 配下）だけにしかメッセージが保管されていないことに確信が持て、万一の場合の覚悟もできるのなら、メールデータ（拡張子なしの Inbox ファイルなど）については「Local Foldersだけをコピーしてくる方法」を試してもかまわないと思います。

しかし、「新しいプロファイル」のもとで、複数のアカウントを Local Folders に統合させ、個別のアカウントとして使わないからといって、\Mail\pop.gmail.com 、\Mail\pop.gmail-1.com などの各アカウントフォルダを削除するようなことは絶対にしてはいけません。
せっかくリフレッシュした新しいプロファイルに、不具合を持ち込む元凶になりかねませんから。

で、ぼくも同意見なのですが、テスト用の新規プロファイルにひとつだけテスト用のアカウントを設定し、ご自身で実際の動作を試されるのが、理解を深める一番の近道じゃないかと思います。
その上で本番の移行を実行されたほうが、不安は大幅に減るんじゃないでしょうか。
元のプロファイルのバックアップがきちんと存在し、POP サーバ上のデータを削除しない設定になっているなら、何度でもやり直しはきくと思います。

とりあえず以上です。的外れだったらすみません。

　
質問したのはいいけれど、回答が素っ気ないものだと思われるかも知れません。
が、疑問点はなんでも聞けばいいというものではなく、ご自身である程度は読み解いて理解を
深めることが求められます。

簡単に言えば、各種ドキュメント類に目を通して、まずは読んで参照してみてくださいという
ことです。

それらを踏まえた上で以下の Morita さんの疑問点についてコメントします。
　[color=#006600]＃尚、今後質問が複数の異なる内容にわたる場合は、新規に別投稿にてお願いします。[/color]
　[color=#006600]＃長文になってしまいます。ご容赦ください。[/color]

[quote="Morita"]1．元のプロファイルからデータをコピーしてくる前にThunderbirdを一度でも起動すると、
新しいプロファイルのフォルダ内に初期状態のファイルやフォルダが作られてしまうのでは？
すると復元の際にどのファイルを古い物と置き換えて良いのか分からなくなる気がして
起動できない状態のままです。[/quote]
その通りです。
初回起動時にはデフォルトで作成されるフォルダ類があります。
また、アカウント設定をおこなった段階で初期作成されるフォルダ類もあります。
　[color=#006600]＃テスト的にやってみればわかります。[/color]

復元時には、それらのフォルダ類があった方がどこの場所に置き換えてコピーや移動といった
ファイル操作をすればいいのかが目安ともなり、わかりやすくなると思います。

ヘビーユーザで既に構造やしくみを理解している場合は、手順もわかっていますのであまり気
にすることはないでしょう。
ですから、むしろ知識や経験がない方は初期作成されるフォルダ類があった方が迷うことも少
なくなるのでよろしいかと思います。


[quote="Morita"]2．Mailフォルダを見ると、例えばGmail関連だと
pop.gmail.com、pop.gmail-1.com、pop.gmail-2.com・・・などの連番のフォルダが
多数あります。これら全てを単純に元フォルダに置き換えてしてしまって良いのか分かりません。
数が多すぎることから、削除したのに出てくる幽霊アカウントも含まれていると思います。[/quote]
Mail フォルダ内には POP アカウント別のサブフォルダが作成されるしくみです。
連番になっているのは、同じドメインなどの場合に判別するためのものです。

アカウントを削除してもそれらのアカウント別のサブフォルダはメッセージ類を保管している
場所ということもあって、一緒に削除されないしくみになっています。
つまり、アカウント設定情報の削除とメッセージ類が保管されているフォルダの削除は同一処
理ではないということです。（そういう配慮がなされていると見ていいでしょう）

アカウント設定情報は主に prefs.js というファイルに保管されています。
　[color=#006600]＃他のファイルにも関連した情報が保管されていますので誤解ないように。[/color]

アカウントを削除した後に、Thunderbird を再起動されないと削除情報が反映されないため、
そのまま続けて同じアカウントの追加あるいは新規設定をおこなおうとすると、エラーや受け
付けてもらえないという現象に遭遇することもあるようです。

この点を理解していないと復元した後に「おかしい！」という状態に遭遇します。

ですから、プロファイル内の構造やしくみを理解しないまま、いろいろといじりまわすと危険
なので、復元やバックアップの際はプロファイルなどをまるごと扱うほうがお勧めなのです。

尚、状況がよくわかりませんが、削除したのに出てくる幽霊アカウントは別の問題かと思われ
ます。
おそらく、きちんとアカウント設定情報が削除されていない問題かと思われます。


[quote="Morita"]「pop.」が先頭につくフォルダの他には、Local Foldersとsmart mailboxesという
フォルダがありました。
使用状況としては、ほぼ全てのメールはローカルフォルダ以下に保存してあり
アカウント別のフォルダは一つだけ作っていました。
そのアカウントのメールは、受信記録のリセットで再受信が可能です。
アカウント別フィルタは自分で作った覚えは無く、初期化されても構いません。[/quote]
Local Folders と smart mailboxes は初回起動時に自動的に標準で作成されるものです。

Local Folders は複数のアカウントを統合した扱いをするためのものと云えばいいでしょうか。
smart mailboxes はフォルダペインの「統合フォルダ表示」のための記録情報を保管しておく
場所です。

これについては、以下を参照してください。
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002632]共通受信トレイを使わず、アカウントごとにメールボックスを管理するには | Thunderbird サポート[/url]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002651]共通受信トレイ | Thunderbird サポート[/url]


[quote="Morita"]Local Foldersだけをコピーしてくる方法では駄目でしょうか？
やはり「pop.～」というフォルダも全部コピーしないと正常に動かないんでしょうか？[/quote]
アカウント設定の内容により、一部対処が異なります。

アカウントのメッセージ類をローカルフォルダ配下に保管している場合と、ローカルフォルダ
とは別に個別のアカウントを管理するように設定している場合とで事情が異なるからです。
むやみに Mail フォルダ配下のアカウント別のフォルダを削除したり、復元の際に同じ場所にコ
ピーしないと復元できないことになります。


[quote="Morita"]その場合、同じフォルダ名なら単純に上書きしてしまっていいんでしょうか？
けれど元のプロファイルのpop.gmail-1.comフォルダが☆☆☆☆☆@gmail.comに
対応したデータだったとしても、新しいプロファイルのpop.gmail-1.comフォルダは
♪♪♪♪♪@gmail.comに対応しているかもしれないのでは？という疑問があります。[/quote]
同じドメインのアカウントの場合は、一目見ただけでは区別しにくい場合があります。

少し手間ですが、アカウント設定の中の「サーバ設定」の「メッセージの保存先：」という箇
所を見れば一応わかります。

作業上、複数アカウントがある場合はプロファイルの中を見ただけではわかりにくいので工夫
として Thunderbird 上から確認しておいて手元にメモを残しておくなど、ご自分で後からでも
判別しやすいようにすればいいでしょう。

ヘビーユーザなら、後から判別しやすいようにアカウント毎に区別しやすいフォルダ名に変更
する工夫をする場合もあるかと思います。
　[color=#006600]＃例えば独自のユーザ ID 名とかアカウント名にするとか、いろいろです。[/color]


【プロファイルフォルダ内の構成について】
以下のドキュメントなどを参照するとより詳しく理解できるでしょう。
　[color=#006600]＃残念ながら、日本語で同様に説明されているサイトがありませんので英語になります。[/color]
　[url=http://kb.mozillazine.org/Profile_folder_-_Thunderbird]Profile folder - Thunderbird - MozillaZine Knowledge Base[/url]
　[url=http://kb.mozillazine.org/Files_and_folders_in_the_profile_-_Thunderbird]Files and folders in the profile - Thunderbird - MozillaZine Knowledge Base[/url]


[quote="Morita"]アカウントの作成や削除の正しい方法とは、どうすれば良かったんでしょうか？[/quote]
一般的に多くのユーザは、アカウント設定情報の保管仕様やファイルの中身までも気にしなく
てもいいようになっています。
使用するプロファイルも通常はひとつです。

復元はバックアップを取った時点を「再現」するのですから、バックアップした時点で何も問
題ないのであれば、何も気にすることはありません。

ですから、正しい操作でアカウントを作成したり、削除していれば問題はありません。
そこに何かしらの変更を加えようとするならば、自己責任です。
　[color=#006600]＃ここでいう自己責任はサポートを一切受けるなという意味ではありません。[/color]

他のメールソフトから Thunderbird の設定のインポート機能でアカウント情報を移行する場
合、まったく同じメールソフトではありませんので Thunderbird の仕様に沿って後から何か
しらの変更やカスタマイズを必要とすることもあるでしょう。
これは基本的に他のメールソフトからの移行ができるようにしている仕様だと思ってください。
　[color=#006600]＃Thunderbird に限らず、何でも完璧で無欠だと決めつけないほうが無難です。[/color]


【補足】
偶然的通行人 さんが先に書かれていたように Thunderbird は複数のプロファイルを作成して
利用することができます。
テスト的に新規にテスト用のプロファイルを作成して、そこでいろいろ試してみれば体感的に
も理解がすすむと思います。

Thunderbird にはプロファイルマネージャという機能があります。
profiles.ini ファイルにプロファイルの設定情報があり、これに従って Thunderbird が起動す
るしくみになっています。
以下にガイドがありますので、参照してみてください。
[参照]
[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ[/url]
　
【余談】
偶然的通行人 さん、他の皆さんも良ければ補足をお願いします。
　

ImportExportToolsの日本語サイトの件は了解しました。
使い方で疑問があればこちらのフォーラムで検索させていただくことにします。

[quote="kiki"]どのような操作をされたのかは不明ですが、削除したはずのアカウント設定情報がメッセージ作成
時に表れるのは、プロファイルのどこかのデータが壊れていると思われます。
　[color=#006600]＃Thunderbird のバグが絡んでいる可能性もあります。[/color]
[/quote]
あまりPCに詳しくないのと、最近他のメーラーからThunderbirdに乗り換えたばかりです。
その際にアカウント設定もインポートしたはずだったんですが
正しくインポートされていないようだったので、一度全部削除してから手動で作り直しました。
作業は全て、ツールからアカウント設定を開いて行ったかと思います。

一番最後に作ったアカウントのみ、ファイルメニューの新規作成から作成しました。
確か下記ページに書いてあるような機能で自動的に設定されて、
http://mozilla.jp/thunderbird/support/tutorials/account
アカウント専用受信トレイみたいなものも作成されてました。

そういえば最後のアカウント以外、全てに同じ名前の幽霊アカウントが
表示されていたように思います。
アカウントの操作方法が間違っていたのかもしれません。
アカウントの作成や削除の正しい方法とは、どうすれば良かったんでしょうか？
記憶が曖昧なのと、前述の理由でThunderbirdを起動できない状態のため、
情報が不十分でしたらすみません。

遅くなって申し訳ありません。
偶然的通行人様、kiki様、詳しく教えて下さりどうもありがとうございます。
popstate.datの件は、受信記録をリセットさせたい時にはこのファイルを削除すれば良い
という認識で合ってますでしょうか？

また、ご提示いただいたプロファイルの説明も読んで概ね理解できたので、
新しいプロファイルを作成するところまではできました。
（その後まだThunderbirdは一度も起動していません）

けれどここで疑問が出てきたため、それ以上進めなくなってしまいました。疑問点は、

1．元のプロファイルからデータをコピーしてくる前にThunderbirdを一度でも起動すると、
新しいプロファイルのフォルダ内に初期状態のファイルやフォルダが作られてしまうのでは？
すると復元の際にどのファイルを古い物と置き換えて良いのか分からなくなる気がして
起動できない状態のままです。

2．Mailフォルダを見ると、例えばGmail関連だと
pop.gmail.com、pop.gmail-1.com、pop.gmail-2.com・・・などの連番のフォルダが
多数あります。これら全てを単純に元フォルダに置き換えてしてしまって良いのか分かりません。
数が多すぎることから、削除したのに出てくる幽霊アカウントも含まれていると思います。

「pop.」が先頭につくフォルダの他には、Local Foldersとsmart mailboxesという
フォルダがありました。
使用状況としては、ほぼ全てのメールはローカルフォルダ以下に保存してあり
アカウント別のフォルダは一つだけ作っていました。
そのアカウントのメールは、受信記録のリセットで再受信が可能です。
アカウント別フィルタは自分で作った覚えは無く、初期化されても構いません。

Local Foldersだけをコピーしてくる方法では駄目でしょうか？
やはり「pop.～」というフォルダも全部コピーしないと正常に動かないんでしょうか？

その場合、同じフォルダ名なら単純に上書きしてしまっていいんでしょうか？
けれど元のプロファイルのpop.gmail-1.comフォルダが☆☆☆☆☆@gmail.comに
対応したデータだったとしても、新しいプロファイルのpop.gmail-1.comフォルダは
♪♪♪♪♪@gmail.comに対応しているかもしれないのでは？という疑問があります。

説明が非常に分かりにくくなってしまいましたが宜しくお願いします。

　
偶然的通行人 さんと重複する箇所もあるかと思いますが、気が付いた点だけコメントします。

[quote="Morita"]Thunderbirdのメールデータは残したまま設定だけ初期化したいと考えています。
理由はアカウント設定を完全に消して最初からやり直したいのと、各アカウントのメールを
どこまで受信したかという記録を全てリセットさせたいためです。
（現在は、過去に消したはずのアカウント設定が新規メール作成時の差出人欄に
大量に表示されて困っています。）[/quote]
理由として挙げられた 2 点を目的とするなら、新規プロファイルを追加してそれを適用するだけで
可能になります。

この点については、偶然的通行人 さんが紹介されているプロファイルの説明ガイドなどを読めば理
解できるかと思います。

Thunderbird をアンインストールすればすべて初期化できると思い込んでいる方が多いのですが、
正しい構造としくみを知らないままに、そう決めつけないことが大切です。
アプリケーション毎に仕様というものがあり、それぞれが特徴を持っていて同じではないことをぜ
ひこの機会に知ってください。

どのような操作をされたのかは不明ですが、削除したはずのアカウント設定情報がメッセージ作成
時に表れるのは、プロファイルのどこかのデータが壊れていると思われます。
　[color=#006600]＃Thunderbird のバグが絡んでいる可能性もあります。[/color]


[quote="Morita"]また、その初期化の前と、今後も時々手動でデータをバックアップしたいと思っています。
調べてもよく分からなかったため、データのバックアップは
C:\Documents and Settings\[ユーザー名]\Application Data\Thunderbird
以下の全データをそのまま他のドライブにコピーしました。
このやり方で正しいんでしょうか？　これで万一の時に復旧できるんでしょうか？[/quote]
それで正解です。

付け加えるとすれば、利用環境は各自いろいろなのでそれに合った復旧（復元）の手順を正しくお
こなうことに注意することです。
私の場合で云えば、複数の Thunderbird のバージョンとプロファイルを利用している環境なので個
別にプロファイル単位でバックアップしています。
なので復元させるときも同様に個別におこなう手順を必要とします。


[quote="Morita"]バックアップや復旧にはImportExportToolsを使えば良いという情報もありましたが
全ての機能について日本語で詳しく説明しているサイトを見つけられませんでした。
どなたかそのようなサイトをご存知ないでしょうか？[/quote]
私も日本語で紹介しているサイトがあるのは知っていますが、詳しく説明しているサイトは存じませ
ん。
が、公式サイトや作者サイトページの英語説明をウェブ翻訳サービスなどを利用して日本語と並行し
て読めば、おおよそ理解できるでしょう。
　
また ImportExportTools は完璧で万能というものではないと理解しておくのがいいでしょう。
手動でファイル操作等をおこなうことを ImportExportTools がいくらか便利にしてくれるものだと
考えて利用するべきです。
アドオン（拡張機能）はそういうものであると理解しておくのが無難で現実的です。

プロファイルのしくみを知った上で目的に合わせて利用することと、何をするにも自己責任の世界な
のでプロファイルをまるごとバックアップしておくのが一番です。
　

[quote="Morita"]Thunderbirdのメールデータは残したまま設定だけ初期化したいと考えています。
理由はアカウント設定を完全に消して最初からやり直したいのと、各アカウントのメールを
どこまで受信したかという記録を全てリセットさせたいためです。[/quote]
こういう場合は、新しいプロファイルを作り、そこに現行プロファイルから必要最小限のデータだけを移植するという方法が、一番無難だろうと思います。

【概要】
Thunderbird は、複数のプロファイルを管理できます。
個々のプロファイルは完全に独立しており、ユーザーが意図的な（あるいは誤った）操作をおこなわない限り、干渉し合うことはありません。
新しいプロファイルの作成・管理は、Thunderbird のアンインストールを必要としませんから、プログラムに問題がないなら現状の Thunderbird を使って実行可能です。

【注意点】
プロファイルの作成・管理をいたずらに不安がる必要はありませんが、Thunderbird のプロファイルには、アカウント情報、メールデータなど最重要のユーザーデータが集約されていますから、内容を理解して手堅く慎重にすすめる必要はあります。
この点だけは十分に注意してください。

【各論】
[quote="Morita"]アカウント設定を完全に消して最初からやり直したい[/quote]
作業の基礎になる情報は下記の公式サポートにあります。まずは全体を通読し、内容を理解してください。
・[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/profiles]プロファイル[/url]
・[url=http://support.mozillamessaging.com/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する[/url]

新しいプロファイルの作成後にそのプロファイルでの初回起動は、アカウントの作成などの基本設定をするよう問い合わせてきますので、Thunderbird を初めてインストールしたときと同じように、アカウントを設定してください。
以後は、そのプロファイルを指定して Thunderbird を起動すれば普通に使えます。

[quote="Morita"]各アカウントのメールをどこまで受信したかという記録を全てリセットさせたいためです。[/quote]
POP の場合、既受信・未受信の情報は、各アカウントフォルダ配下の popstate.dat というファイルに記録されています。
基本的にはこのファイルを削除すると完全な初期状態で POP3 サーバと通信をおこないますから、その時点で POP3 サーバに存在するメッセージは未受信とみなされ、すべてをダウンロードします。

既存のプロファイルにある Mail\<account>\ 配下のファイル / フォルダを、対応する新しいプロファイルの Mail\<account>\ にコピーすることで、新しいプロファイルに以前に受信したメールデータをすべて移植できます。
このとき、既存のプロファイル配下の popstate.dat ファイルだけをコピーから除外すれば、新しいプロファイルの popstate.dat は初期値のままです。

ただし、サーバ側の諸事情（例：破損したメッセージがサーバに残っている、など）によっては、ユーザーの意図どおりの動作にならないことがあるかもしれません。この場合は、サーバを提供しているプロバイダなどのサポートに相談してください。

[quote="Morita"]また、その初期化の前と、今後も時々手動でデータをバックアップしたいと思っています。
調べてもよく分からなかったため、データのバックアップは
C:\Documents and Settings\[ユーザー名]\Application Data\Thunderbird
以下の全データをそのまま他のドライブにコピーしました。
このやり方で正しいんでしょうか？　これで万一の時に復旧できるんでしょうか？[/quote]
ユーザーデータは、原則としてプロファイル配下に集約されています。
Windows XP なら、ご提示の場所にあるフォルダを丸ごとバックアップしておく方法で正解です。
（参考）
・[url=http://mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002600]メールやアドレス帳をバックアップしておきたい[/url]

いうまでもなく、復旧できるのはバックアップとして確保した時点のデータまでです。
バックアップ後から復旧する必要が生じたときまでの間に変更された情報は、バックアップのデータでは取り戻せません。

[quote="Morita"]バックアップや復旧にはImportExportToolsを使えば良いという情報もありましたが
全ての機能について日本語で詳しく説明しているサイトを見つけられませんでした。
どなたかそのようなサイトをご存知ないでしょうか？[/quote]
ImportExportTools の使い方を日本語で詳しく説明したサイトは、ぼくも知りません。
このフォーラムの過去記事を検索すれば、参考になるトピックはいくつかヒットすると思います。

ただ、今回のようにアカウント設定からやり直したいなら、アドオンである ImportExportTools を使う必要性は薄いと思います。
むしろ、一度プロファイルの操作を実体験され、プロファイルの構造や仕組みへの理解を深めておくことが、今後 ImportExportTools を使う上で役に立つと思います。
　　｜ プロファイルについての理解が不十分なまま
　　｜ ImportExportTools を不適切に使うと、
　　｜ やっぱり痛い目にあうこともありますから......。

正常な稼動を確認したあとの「今後も時々手動でデータをバックアップしたい」には、ImportExportTools を使った自動バックアップもできなくはありません（若干の制約はありますが）。

上記全体について、公式サポートの記事を読んでもわからない点などがあれば、何がどうわからないのか、できるだけ具体的に追加質問してください。他の方からさらに詳しいアドバイスが寄せられるかもしれません。

すべてのご質問に対応できたかはわかりませんが、とりあえず以上です。外してたらすみません。

初歩的な質問ですみません。
Thunderbirdのメールデータは残したまま設定だけ初期化したいと考えています。
理由はアカウント設定を完全に消して最初からやり直したいのと、各アカウントのメールを
どこまで受信したかという記録を全てリセットさせたいためです。
（現在は、過去に消したはずのアカウント設定が新規メール作成時の差出人欄に
大量に表示されて困っています。）
設定初期化について、おすすめの方法をご教授下さい。
できればThunderbirdのアンインストールまでしなくてもいい方法があれば助かります。

また、その初期化の前と、今後も時々手動でデータをバックアップしたいと思っています。
調べてもよく分からなかったため、データのバックアップは
C:\Documents and Settings\[ユーザー名]\Application Data\Thunderbird
以下の全データをそのまま他のドライブにコピーしました。
このやり方で正しいんでしょうか？　これで万一の時に復旧できるんでしょうか？

バックアップや復旧にはImportExportToolsを使えば良いという情報もありましたが
全ての機能について日本語で詳しく説明しているサイトを見つけられませんでした。
どなたかそのようなサイトをご存知ないでしょうか？

環境はWindowsXP、Thunderbird9.0です。
色々質問してしまいましたが宜しくお願いします。