kiki様、早速ありがとうございます。
確認してみました。

>１．popstate.dat を削除した後に Thunderbird の再起動をしているかどうか。
>　　また、サーバ上にアカウント 2 の全件のメッセージが保管されているかどうか。

再起動は実施しました。
サーバ上には全件保管されてます。

>２．アカウント 2 のアカウント設定やメッセージフィルタで保管期限の設定やサーバから
>　　の削除（保管期限）指定などがあるかどうか。

保管期間は設定してません。

>３．Thunderbird のセーフモード起動でも再現するかどうか。
>　　　＃アドオンが悪さしているかどうか。

セーフモード起動でも同様です。受信できません。

>４．Thunderbird のプロファイルの追加適用でも再現するかどうか。
>　　　＃プロファイルが壊れていないかどうか。

実施してみます。

>５．アカウント 1 と 2 では受信メッセージを保管しているサーバ上の受信ボックスも別に
>　　なっているかどうか。

受信BOXも別ものです。

>６．アカウント 2 のサーバ内の設定で一度受信したメッセージのダウンロード抑止（禁止）
>　　や既読扱いになったメッセージのダウンロード抑止（禁止）になっていないか。
>　　　＃サーバ上の保管メッセージのステータスの違いによる挙動の違いの影響はないか。


speeverの設定を再度確認してみます。

>【大きなお世話】
>製品名は thunderbird ではなくて Thunderbird です。

　指摘ありがとうございます。気を付けます。

　
POP アカウントの場合ですね。

確認してみる箇所はざっと以下になるでしょうか。
１．popstate.dat を削除した後に Thunderbird の再起動をしているかどうか。
　　また、サーバ上にアカウント 2 の全件のメッセージが保管されているかどうか。
２．アカウント 2 のアカウント設定やメッセージフィルタで保管期限の設定やサーバから
　　の削除（保管期限）指定などがあるかどうか。
３．Thunderbird のセーフモード起動でも再現するかどうか。
　　　＃アドオンが悪さしているかどうか。
４．Thunderbird のプロファイルの追加適用でも再現するかどうか。
　　　＃プロファイルが壊れていないかどうか。
５．アカウント 1 と 2 では受信メッセージを保管しているサーバ上の受信ボックスも別に
　　なっているかどうか。
６．アカウント 2 のサーバ内の設定で一度受信したメッセージのダウンロード抑止（禁止）
　　や既読扱いになったメッセージのダウンロード抑止（禁止）になっていないか。
　　　＃サーバ上の保管メッセージのステータスの違いによる挙動の違いの影響はないか。


【大きなお世話】
製品名は thunderbird ではなくて Thunderbird です。
　

複数メールアカウントの登録につてご教授ください。
アカウント１→aaa@maill.domain1
アカウント２→aaa@maill.domain2
の複数アカウントを登録してます。

アカウント１に関しては正常に受信してます。
アカウント２に関しても登録後からの受信は正常ですが、
アカウント２のみ一度サーバから全件再受信を行いたいのですが、
どうしてもうまくいきません。
アカウントが「aaa」で同一なのがまずいのでしょうか？

popstate.datは何度もクリアし実施してみたのですが。。。

環境
　os：vista
　thunderbird：9.0.1

　ちなみに
　Mailサーバは、大塚商会とspeeverを利用してます。

以上、よろしくお願いします