ハイパーリンクと添付ファイルを混濁して書き込んで仕舞いました。
私の書き込みは無視して下さい。

　
YAA さんの云われるリンクを少し読み違えていたかも知れません。

過去の類似の投稿情報を検索したら、以下のものがありました。
こういうことですよね。

[url=http://forum.mozilla.gr.jp/cbbs.cgi?mode=al2&namber=52435&KLOG=343]もじら組フォーラム / メール作成時に社内の共有フォルダへのリンクを貼りたいのですが[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=7108]MozillaZine.jp - 『file://』のリンクが開けない問題[/url]

[参照]
[url=http://kb.mozillazine.org/Links_to_local_pages_don%27t_work#UNC_Paths]Links to local pages do not work - UNC Paths / MozillaZine Knowledge Base[/url]
　
社内サーバへのファイルリンクへのアクセスが許可されている条件ならば、上記の事例のように
すれば可能かと思われます。
添付ファイルと同様にどのアプリケーションで開くかを選択・指定すればおそらく利用できるか
と思います。

当方ではプロキシ設定なしの環境下にあるローカルネットワークドライブのファイルリンクをメ
ッセージの文中に埋め込んだところ、任意のアプリケーションで開くことができました。
　[環境] Windows 7 Professional SP1、Thunderbird 7.0.1 日本語版

但し、日本語のパスやファイル名はそのリンクアドレスをエスケープするなどの処理をしないと
開けないかと思われます。
　

話がかみ合っていないような気がするのですが。
質問者の言う「リンク」って、Windowsのショートカットのことではなくて、HTMLのハイパーリンクのことでは？

オフトピですが、此のショートカットへの「.lnk」ファイルの取り扱いですが、メールサービス元の仕様で、強制的にLINK先のファイルに成る場合が在ります。
（Gmailはそうです。）
こう云った問題も在るのでショートカットはは添付しないのが確実でしょう。
（kiki氏とは別の角度からの提示で・・・）

kiki様、　参考になるアドバイスを頂きありがとうございました。

サンダーバードは頻繁にソフトウェアの更新が行われるので、更新チェックを外していました。
早速最新版にアップデートし、Windowsショートカットへのリンクはセキュリティ上の問題があるためあきらめることに致します。

　
詳しいわけではありませんが、Thunderbird では外部リンクへの Windows ショートカット
リンクなどはアクセスできない仕様になっているようです。
理由はセキュリティ上の対策（仕様）からだそうです。

社内 LAN であればプロキシ等の設定をおこなえばアクセス可能かと思いますが、同じくリン
クをメッセージ内に埋め込んでも直接開くことはできないかと思われます。
（例）file:///Z:/abc/書類/　（Z=ドライブ　abc/書類=フォルダ）
　
お勧めはしませんが、以下のアドオン（拡張機能）を利用すれば可能になるかも知れません。
[url=http://www.clear-code.com/software/tb/#openshortcuts]Windowsショートカットの直接実行 / Thunderbird Add-ons - クリアコード[/url]

また、以下のアドオン（拡張機能）を利用すればリンクアドレスを右クリックからタブに開く
ことができるかも知れません。
[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/wat-webapplicationtab/]WAT (WebApplicationTab) :: Add-ons for Thunderbird[/url]
　[color=#006600]＃注：最新版は互換性が Thunderbird 3.3a3 - 10.0a1 となっています。
　　古いバージョンならば対応しているかもです。[/color]


【大きなお世話】
１）社内システム担当部署に相談の上になりますが、Thunderbird バージョン 3.1.10 は古い
　　です。
　　セキュリティ上も最新バージョンにアップデートされるのをお勧めします。
　　[参照]
　　[url=http://mozilla.jp/blog/entry/7285/]Mozilla Japan ブログ - ユーザインタフェースや添付ファイルの処理などを改善した Thunderbird の最新版を公開しました[/url]
　　[url=http://mozillazine.jp/?p=2648]MozillaZine.jp » Thunderbird 3.1.15 がリリースされた[/url]

２）社内リンクアドレスが外部に漏れる可能性も否定できません。
　　メールクライアントで社内サーバへのリンクをメッセージに埋め込むのはセキュリティ上
　　の問題にならない（アクセス不可の対策済み）であっても避けたほうがよろしいかと。
　

利用環境　WindowsXP SP3 32bit
　　　　　　　Thunderbird3.1.10
拡張機能 なし
ブラウザ　 InternetExplorer8.0
----------------------------------------------------------

thunderbirdではWEBページ（「http://～」から始まるアドレス）
のみ自動的にリンクが設定されるようなのですが、社内で
メールをやりとりする際には社内サーバへのリンクを指定することが
圧倒的に多く、リンクをはることができないものかと悩んでいます。

例：「\\server\総務部\管理ファイル」

※　掲示板ではバックスラッシュで表示されてしまってますが、半角の￥マークになります。
　　また、フォルダ名は日本語が入ることがあります。

これまでは社内でOutlookExpressを使用しており、社内サーバへの
リンクも問題なく設定できていたので、とても不便に感じています。

ソフトの設定やアドオン・設定ファイルの書き換えやレジストリ変更
などで対応できる方法があれば、ご教示いただけないでしょうか。

過去ログもかなりチェックしたのですが、リンクについての質問は多いものの
今回の件に関しては的を得た内容がヒットしませんでしたので、投稿させて頂きました。

よろしくお願いいたします。