原因は不明ですが、明らかにおかしい状態かと思われます。
まずは以下のトラブルシューティングをお試しください。
Mozilla Thunderbird 5.0 リリースノート - トラブルシューティング
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
その他、チェックしてみるポイントとしては、
1.メッセージを大量に溜め込んでいる。
2.「最適化」をこれまでに適時実行していなかった。
3.ウィルスバスター等のセキュリティ対策ソフトが対応していない、誤設定がある。
などがあります。