Windowsでは少なくともVistaでは再現しませんでした。
Mac特有のバグの可能性が高いと思いますね。

Mac OS X 上の Firefox 4 以降で起こっているものと同じバグかもしれません。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=11570]濁点・半濁点のファイル名が変になる。[/url]

Mac の環境がないのでテストもバグ報告もできませんが、調べてみた限りでは、
今までは Mac で使われている UTF-8-Mac の文字コードの処理を自前で行っていたのが、
Gecko 2 (Firefox 4) 以降はなくなってしまったのかもしれません。
# Thunderbird 5 は、Firefox 5 と同じ Gecko 5 で、
# Thunderbird 3.1 は、Firefox 3.6 と同じ Gecko 1.9.2 です。

[url=http://labs.unoh.net/2007/09/unicode-on-mac.html]ウノウラボ by Zynga Japan: Mac OS X上のUnicode[/url]

Bugzilla で "UTF-8-mac" とか "NFD" とか検索しても見当たりませんでした。
どなたかバグ報告をお願いします。m(_ _)m

新規profileでも､確かに､ユーザーが作成した新規作成フォルダの名称の濁点が左側に表示されますね｡

環境 ; Thunderbird ; v5.0 ｗ/ Mac OS X( Snow Leopard:10.6.8 )
[img]https://lh5.googleusercontent.com/--T2z0Sw-RHI/Tg1cbfA696I/AAAAAAAAAs8/dXgVZJY_pRc/s800/Thunderbird20110701-1434pm.png[/img]
フォルダ作成時は､表示上 問題が無い様ですが､Thunderbirdを再起動すると表示が おかしくなります｡

これ以上の事は､判りません^_^;

Mac OS X 10.5.8　で　Thunderbird 5.0 を使用しています。

ローカルフォルダで日本語の濁点の位置が左側に表示されてしまいます。