偶然的通行人 さんと重複しますがご容赦ください。
　
[quote="uco"]本当にサーバーから削除されました。ショートカットが削除されたわけでも、アクセスできないわけでも、リンク先が開けないわけでもありません。
本当にサーバーから消えてなくなりました。[/quote]
了解しました。

サーバとのリンクの仕様やネットワークに関する環境条件が不明なのでよくわかりませんが、
メッセージに添付されているショートカットリンクがファイルを削除する動作をおこなうとは
考えにくいと思われます。

なぜなら通常はアクセスもできないからです。
Outlook も Thunderbird も .lnk は無効だったと思います。
[参考]
[url=http://support.microsoft.com/kb/284414/ja]Outlook でのファイルへのショートカットを含む電子メール メッセージを送信すると、「安全でない可能性がある次のファイルにブロックされた Outlook アクセス」エラー メッセージを受信者が表示します。[/url]　

IMAP だったら有効なのかも知れませんがテストをしてみたらわかるかも知れません。
サーバにテスト用のファイルを置いて Thunderbird でメッセージ内にサーバ上のそのファイ
ルへのショートカットリンクを添付してみてどのような挙動になるかを見てみればいいでしょ
う。（そのメッセージを自分宛に送受信してみるのもいいでしょう。）

企業・団体内のネットワーク上での利用かと思われますが、もしそうならばシステム担当部門
あるいはネットワーク管理部門（担当者）に問い合わせてみるのをお勧めします。
　

[quote="uco"]本当にサーバーから削除されました。ショートカットが削除されたわけでも、アクセスできないわけでも、リンク先が開けないわけでもありません。
本当にサーバーから消えてなくなりました。[/quote]
そうなると、ぼくは聞いたことも見たこともありません。
Windows の一般的な動作でも、仮にショートカットを削除したとしても元ファイルが削除されることはありませんし...。
まして Thunderbird は UNC パスを扱えませんから、ショートカットに記された UNC パスが示すサーバ上のファイルにアクセスすらできないはずで、インポート後に Thunderbird によってサーバ上のファイルが消されたとは考え難いと思います。

可能性があるとしたら、インポート時またはその後の Outlook その他の操作が影響しているケースなのですが、具体的なことは思い浮かびません...。

例えばまったく強引な想像ですが、ローカルネットワークで IMAP 的に運用していた Outlook のメールボックスと、消えたという「ファイル1.xls」の保存ディレクトリが同じで、Thunderbird への移行後に Outlook のアカウントを削除したら「ファイル1.xls」もいっしょに消えた......などということは起こりうるのかもしれません。
でもそうなると個々のメールクライアントというよりは、どのようなネットワーク環境かが問題になってくるでしょうから、ぼくにはますます問題点が見えません。

役に立てなくて申し訳ありませんが、これ以上はぼくの手には負えそうにありません。

kikiさま、偶然的通行人さま、ご教示ありがとうございます。

[quote]消えたのではなくてアクセスできないのではないでしょうか？
本当にサーバ上から削除されたのですか？
[/quote]

本当にサーバーから削除されました。ショートカットが削除されたわけでも、アクセスできないわけでも、リンク先が開けないわけでもありません。
本当にサーバーから消えてなくなりました。

横から失礼します。
当方、Outlook ユーザーではないので詳細は知らないですが...。

[quote="uco"]Outlookインポートで、ショートカットリンク先ファイルが消える[/quote]この「消える」というのは、Thunderbird のメッセージペイン下部に表示される添付ファイル欄に、あるはずの添付ファイル（ショートカットファイル）が表示されないということですか？
もしそうなら、ソースがどうなっているかは確認なさいましたか？
まだなら、Thunderbird にインポートされた当該メッセージを選択し、メニューから [表示] -> [メッセージのソース] でソースウィンドウを開き、添付ファイル部分がどうなっているか確認してはいかがでしょう。何かわかるかもしれません。

一方、「ショートカットリンク先ファイルが消える」というのが、"アクセスできない" "リンク先を開けない" といった意味なら、次のようなことが影響しているのかもしれません。
[quote="uco"]\\サーバー1\フォルダ1\ファイル1.xls[/quote]これ、たしか UNC パスとかいう Microsoft の独自規格で、RFC 的には定義されていない記述法だったのでは？
具体的な操作方法やその結果どうなるかは知らないのですが、Outlook でも普通にショートカットを添付すれば、それが示している参照先のファイル本体が添付されるはずですけど、これを避けて参照先情報（リンク）自体を送る目的で UNC パスが使われると聞いたことがあります。主に Windows で構築されたローカルネットワーク向けという限定された用途だとかなんとか......。

Thunderbird は RFC を含めた国際的な標準規格を尊重して作られていますから、Outlook で添付された UNC パスを解釈・処理できない（あるいはセキュリティ上わざと無効化している？）といったことがあるのかもしれません。
ご質問の件の他にも、Outlook から Thunderbird へのデータ移行ではしばしばトラブルがあり、そのうち両者が土台とする規格の違いに起因するケースがいくつかあるようです。
（このフォーラムにおける参考例）
・[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=7508]OutlookからThunderbirdにメッセージを移行したところ、添付ファイル名がAttachmentになってしまう[/url]

ちょっと記憶に自信がありません。間違っていたらすみません。

　
[quote="uco"]OutlookからThunderbirdへ移行しようと、Thunderbirdインストールし、その後Outlookメールのインポートを行なったところ、Outlookに添付されたショートカットファイルの、リンク先ファイルが全て消えてしまいました。[/quote]
サーバ上にあるファイルへのショートカットの扱いについてはよく知らないのですが消えたの
ではなくてアクセスできないのではないでしょうか？
本当にサーバ上から削除されたのですか？

以下に書いてあるように Thunderbird のセキュリティ上の仕様ではないでしょうか。
[url=http://www.clear-code.com/software/tb/#openshortcuts]Thunderbird Add-ons - クリアコード - Windowsショートカットの直接実行[/url]

[参考]
[url=http://www.mozilla-japan.org/security/known-vulnerabilities/]Mozilla Foundation セキュリティアドバイザリ[/url]

[quote="uco"]そのような事例報告はありますでしょうか？[/quote]　
過去トピックに類似例があります。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9608]添付されたショートカットファイルから開くと「読み取り専用」となる[/url]
　　
　
【余談】
企業・団体組織内や限定されたネットワーク内でのサーバリンクのショートカットは便利かと
思いますが、もしそれが外部に表出した際はセキュリティ上の問題になるのではと思います。
もし私が企業・団体組織のネットワーク管理者だったら対策を施してあってもそのようなショ
ートカットの利用は禁止処置にします。
　

OutlookからThunderbirdへ移行しようと、Thunderbirdインストールし、その後Outlookメールのインポートを行なったところ、Outlookに添付されたショートカットファイルの、リンク先ファイルが全て消えてしまいました。

例）添付されたショートカットファイルのリンク先 ：\\サーバー1\フォルダ1\ファイル1.xls
Outlookインポート後　⇒　\\サーバー1\フォルダ1\ファイル1.xlsが消えていました。


（環境）
Microsoft Outlook2000　から　Thunderbird 3.1.10　へ
OS:XP Professional

そのような事例報告はありますでしょうか？
ご教示お願いいたします。