[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。
＊環境として OS の種類、Thunderbird の正確なバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]


[quote="onaraya.fukunaga"]POPサーバーで設定したいのですが、自動的にIMAPサーバーに設定されてしまう。[/quote]
最初の自動アカウント設定で ISP（プロバイダ）側が利用できる仕様であれば選択できます。
もし自動的に認識されないようならば [編集] で手動で変更してください。
[参考]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/support/tutorials/account]Thunderbird サポート - 使い方ガイド - メールアカウントの設定[/url]

[quote="onaraya.fukunaga"]また、添付ファイルがあるメールが受信できなくなってしまった。[/quote]
これまでは添付ファイルのあるメッセージを受信できていたのですか？
いつから添付ファイルのあるメッセージが受信できなくなったのですか？
添付ファイルのあるメッセージが受信できなくなった直前に何かありませんでしたか？

Thunderbird には添付ファイルのあるメッセージだけを受信しない機能はありません。
ISP（プロバイダ）側でそのような機能を利用設定しているかどうか確認してみてください。
　
　
＃ここは単に報告をする場でもなければ、つぶやき処でもありません。
＃質問したいことがあるのならばきちんとその旨を書きましょう。
　

POPサーバーで設定したいのですが、自動的にIMAPサーバーに設定されてしまう。
また、添付ファイルがあるメールが受信できなくなってしまった。