丁寧なご回答ありがとうございます。初めての質問でしたので失礼があったことお詫びいたします。

[size=100][color=blue]※質問するときは、[url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用に関するご案内[/url] 、とりわけ [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum#2]質問するときは[/url] に目を通し、OS の種類や Firefox / Thunderbird のバージョンといった使用環境についての最低限の情報ぐらいは書き添えましょう。[/color][/size]

ウィンドウというのは、Thunderbird のメインウィンドウですか、メッセージ作成ウィンドウやアドレス帳ウィンドウなどのことですか？　それらすべてですか？

「初期化」とおっしゃているのは、Thunderbird をインストール後に初回起動した際に表示されるウィンドウのサイズに戻したいという意味でしょうか？
OS 環境が明記されていませんが、普通は Thunderbird のウィンドウはサイズ可変ですから、いわゆる初期値にあまり意味はないように思われるのですけど......。

もし、何らかのトラブルでウィンドウサイズが不本意に固定化されてしまい、操作性に問題が起こっているといった文脈での質問なら、背景説明をきっちりしたほうが適切な回答を得やすいと思います。

ご存知かもしれませんが、ウィンドウサイズを記録しているファイルはプロファイル内にある localstore.rdf というファイルです。
ただし、これはウィンドウサイズだけを記録しているわけではなく、ウィンドウの位置、ツールバーの内容などインターフェイスに関する情報全般を保持しています。
通常は、localstore.rdf を削除するなりして Thunderbird を起動すると、すべてのインターフェイスが初期化されます。
localstore.rdf を手書きで編集すれば、ウィンドウサイズだけを選択的に初期化することは可能かもしれませんが、一般的に通用する簡便な方法はなかったはずです。

単にインストール後の初回起動時のウィンドウサイズを知りたいという話ですと、一時的に新規プロファイルを作って起動させればウィンドウサイズの初期値はわかります。（インストールフォルダ内の chrome 関連のファイルを調べてもわかると思いますが。）

とりあえず以上です。違う話だったらすみません。

ウインドウサイズのみ初期化することは出来ませんでしょうか？
ご教示宜しくお願い致します。