ちなみに、現時点では3.0系のままなのですが、以下の形にフィルタを分割して、
なんとか判定できるようになりましたので、参考までに

①宛先またはCCが自分のアドレスの場合「自分宛」のタグ
②本文に自分の名前のあるメールに「自分宛」のタグ



＃恥ずかしながらバージョンアップされていたことに気づいていませんでした
＃急いで3.1.7に上げたところですが、Lightningが進化してるのですね。。。。
＃2.*.*の時代に入れて全く使えなかった記憶があったのですがとりあえず試してみます

返信が遅くなりました、コメントいただきありがとうございます

「次の迷惑メールヘッダを信用する」は利用していないのですが、
やはり自動と手動で挙動が変わってくると言うのはあるのですね

念のため教えていただいたあたりの機能をON/OFFしてみて
挙動を見てみようと思います　ありがとうございました。

　
条件付きで再現します。

私の環境は少し違いますが以下のとおりです。
[Windows XP SP3、Thunderbird 3.1.7]

再現する条件は IMAP アカウント設定内の「迷惑メール」設定で "SpamAssassin" の判定などを有効に
していた場合にメッセージフィルタの上位に迷惑メールの判定が置かれて先に処理がおこなわれるケー
スです。
注：「次の迷惑メールヘッダを信用する」にチェックを入れた場合です。
　　 この機能を有効にするとメッセージフィルタの最上位に迷惑メールの判定フィルタが自動的に設定
　　 されます。


【補足】
アドレス帳にあるメールアドレスは迷惑メール判定から除外する設定にしていても上記処理は受信（同
期）時にはどうやら無視されるようです。
また手動でメッセージフィルタを適用すると正常に機能したりします。
受信（同期）時の自動適用でも迷惑メール判定のフィルタが下位にあると正常に機能したりします。
このあたりは仕様なのかバグなのかは不明です。

私の場合 IMAP は Gmail しか利用していないのですがメッセージフィルタの条件に「本文」は存在しませ
ん。


ということで当面の回避策は、
アカウント設定内の「迷惑メール」設定で「次の迷惑メールヘッダを信用する」にチェックを入れずに無効
にして "SpamAssassin" の判定などを利用しない
になるかと思われます。


＃製品名は thunderbird ではなく Thunderbird です。
＃バージョン 3.0.11 はサポート終了の予定です。特に支障が無いのであれば 3.1 系
　 （現在の最新版は 3.1.7）に移行されるのをお勧めします。
　

以下の様なメッセージフィルタを「メールチェック時と手動実行」で適用しているのですが、
メールチェック時の場合、条件に合致しないものまでタグが付いてしまいます。
一旦タグを外して、手動でフィルタ適用すると正しく判定されます。

[設定している条件]
○いずれかの条件に一致
　・本文　に次を含む　[私の名前]
　・宛先またはcc　に次を含む　[私のメールアドレス]

→メッセージにタグをつける　"自分宛"

[msgFilterRules.datの内容]
　name="自分宛"
　enabled="yes"
　type="17"
　action="AddTag"
　actionValue="[自分宛]"
　condition="OR (body,contains,[私の名前]) OR (to or cc,contains,[私のメールアドレス])"

[環境]
　OSはWindowsXP、thunderbirdは3.0.11、imapサーバ利用です


背景としては、同報宛てのメールが非常に多いため、明示的に私宛のメールを
判断したいために上記のフィルタを適用しています。

誤判定されるメールと誤判定されないメールを比較しましたが、
ccがなければ誤判定されないということしかわかりません（ccがあっても必ずしも誤判定はされません）
そして、最初に書いたように、メールチェック時にだけ誤判定が発生します。
なにかこのあたりで既に分かっている不具合などあるでしょうか？