まずプロファイルフォルダ内に消えたサブフォルダが残っていないかどうか確かめてください。
もしそれが残っていなかったら復元はほぼできないということになります。

プロファイルフィルダの場所は下記です。
[Windows 2000、XP]
C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\<profile folder>

注１：<profile folder> は標準なら xxxxxxxx.default という 8 桁のランダム英数字名と
　　　 .default の拡張子名を組み合わせた名称になっています。
注２：Windows 2000/XP の "Application Data" フォルダは隠し属性です。
　　　エクスプローラの「フォルダオプション」→「表示」→「詳細設定」の「すべてのファイル
　　　とフォルダを表示する」あるいは「隠しファイル、隠しフォルダー、および隠しドライブ
　　　を表示する」にチェックを入れるとエクスプローラ上で表示可能になります。
注３：エクスプローラの「フォルダオプション」→「表示」→「詳細設定」の「登録されている
　　　拡張子は表示しない」のチェックをはずせばエクスプローラ上ですべての拡張子が
　　　表示可能になります。
　　　[参照]
　　　[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB]Mozilla Messaging / ナレッジベース / プロファイル[/url]

もし消えたサブフォルダがプロファイルフォルダ内に残っていたら復元の手順（方法）を紹介します。
＊但し、必ずしも復元できるというわけではありません。
　

受信トレイや他のフォルダのメールを移動、整理した後、フォルダの最適化を行いました。
その後、あるフォルダのサブフォルダを開こうとしたのですが、読み込めず、Thunderbirdを再起動したらサブフォルダが消えてしまいました。
復元する方法があれば教えてください。

OS　WindowsXP　SP3
Thunderbird　3.1.6