Reply-To は「返信」時の宛先 (To) を指定するだけですので、"A <個人A>" をすべて "MLアドレスC" に置き換えるものではありません。
そのため Thunderbird での「全員に返信」で付加される Cc には影響しません。
(おそらくこのあたりは実装依存なのでバグではないです。「"A <個人A>" をすべて "MLアドレスC" に置き換える」クライアントも存在するでしょう)

あ～～　わかった。

個人AがReply-toにMLアドレスCを指定したはずなのに
Cc: 個人A となることが不具合と言われるんでしょうか？

それなら「全員に返信」はやめてください。

件名と現象と期待する結果がそれぞれ違うことが書かれているのでよくわかりませんが．．．．

となるのは正しいですよね。「Reply-toが無視される」ということにはなっていませんし、ここに不具合は無いと思います。
個人AはCc:に置かれているので「全員に返信」という意味でも ここに不具合は無いと思います。
それとも 個人AがTo:に置かれていないことが不具合ですか？　これは実装に依存ならThunderbirdの仕様なのかもしれません。

また、MLアドレスCがCc:にも置かれていないということが不具合ですか？
大抵のメールソフトはTo:に置かれたアドレスと同じものをCc:に置かないように処置していると思うんですが．．．．

別のメールソフトとTo:, Cc:への設定場所が違うのは実装がThunderbirdと違うということなんだと思います。（たぶん実装方法は自由になっていると思います）

Windows XP ProでThunderbird3.1.5を使用しています。

　　Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja; rv:1.9.2.11)
　　Gecko/20101013 Thunderbird/3.1.5

ReplyToが指定されているメールに全員返信したところ、
受信したメールの送信者がCCに入ってしましました。
これは 3.1.5 の不具合でしょうか？

＜受信したメール＞　Thunderbird3.1.4より送信
Return-path: <MLアドレスC>
From: A <個人A>
To: 個人B
Cc: ML <MLアドレスC>
Reply-to: MLアドレスC

＜3.1.5が返信したメール＞
From:個人B
To: MLアドレスC
Cc: 個人A

送信者“個人A”はReplyToにMLアドレスCを指定しているので

From:個人B
To: MLアドレスC
Cc: MLアドレスC

となるか、CC:がない形で返信メールが作成されるのが正しいと
思うのですが．．．

個人BのメールはIMAPなので他のメーラで同一メールに返信
したところ、前述の通りになり、個人Aは宛先／CCには
入りませんでした。