Thunderbird 3.1.3 ではデフォルトで一部の OS のケース（Mac OS X）を除き IPv6 接続は有効に
なっています。
[参照] [url=http://kb.mozillazine.org/Network.dns.disableIPv6]Network.dns.disableIPv6 - MozillaZine Knowledge Base[/url]（英語）

実際に IPv6 接続の経験がないので詳しくはわかりませんがサーバ名アドレスの省略表記でもサ
ーバ側が問題なく接続できる仕様ならばだいじょうぶではないでしょうか。

接続テストをされているのですから試したらわかるのでは？
あるいはサーバ側の仕様を確認されたら具体的に判明すると思いますが・・・。
サーバ側の推奨がアドレスの省略表記指定でないのならばわざわざそうすることもないと思います
が・・・・。　
　

はじめまして。

IPv6接続のテストをしていまして、テスト用のIPv6メールサーバに
ThunderbirdでSMTP/POP3接続を試したいと思います。

Thunderbirdの設定で、「送信（SMTP）サーバ」や「POPメールサーバ」
の"サーバ名"に、IPv6形式のIPアドレス（例:fe80::1）を指定することは
可能でしょうか？

製品名・バージョン : Thunderbird 3.1.3
OSの種類 : Windows XP SP3

宜しくお願いいたします。