結果報告ありがとうございます。

IMAP アカウントで大量のメッセージを扱ったことがないので何の解決策にもならない推
測になってしまいますがコメントだけ。

プロファイルを Thunderbird 2.0 系の時から継続使用であれば 3.0 & 3.1 系ではファイ
ル構成が変更されていることもありますので新規プロファイルに置き換えてみるのも方
法かと思われます。
もちろん prefs.js は移行せず、必要最低限のデータ（メッセージ、アドレス帳）のみ移行
するのがよろしいかと思います。

次に CentOS のファイルサイズ制限や構造上の仕様はわかりませんがヘッダのみの同
期であっても要約（インデックス）ファイル .msf はかなりのサイズになり、同期により書き
換えも負荷（メモリやテンポラリの置き換え・削除など）がかかると思われます。

また接続環境条件によっては影響を受けることも考えられますので削除などの同期処理
をする場合は量的な考慮をされたほうがいいかも知れません。
IMAP サーバ側の仕様も関係してくるし、どの程度の処理ならばストレスなく同期できるの
かを体験的に知っておくのもいいかも知れませんね。
　
他には IMAP サーバ上である程度サブフォルダなどにメッセージを分散化させておくなど
の対策も同期処理をスムースにする上で有効かも知れません。
せめて万単位から千単位のメッセージ数にしておくぐらいがいいんじゃないでしょうか。　
　
要するにサーバ側にもクライアント側にも接続条件的にもやさしい（負荷の少ない）使い方
をしてやればと思います。
　

インラインにて失礼します。

・プロファイルは Thunderbird 2.0 系の時から継続使用ですか？
→継続使用しています。

・IMAP アカウントでは同期だけですか？それともローカルにメッセージをダウンロードして保存もしていますか？
→未読、既読に関わらず、ヘッダーのみダウンロードしています。

・もしローカルにもメッセージを保管している場合、そのサイズ（容量）はどのくらいありますか？
→（参考までにディレクトリ${HOME}/.thunderbird/????????.default/について）Cacheの使用量は116.9KB、ImapMailの使用量は167.1MB、Mailの使用量は3.4GB、OfflineCacheの使用量は10.0KBです。

・これまでに「最適化」あるいは「フォルダを修復」を実行されていましたか？
→5000通を超えるメールが入っているディレクトリについては、最低でも週1回は最適化を実行していました。

頂戴したアドバイスを参考に、実施した結果を報告します。

（１）IMAP アカウントの場合はメッセージの削除も同期されるかと思いますのでオフラインでやってみる。但し、次にオンラインで同期状態になった時点でアクセス処理に時間がかかる可能性があります。
（２）「最適化」あるいは「フォルダを修復」を実行後に 500 通とか 1,000 通とかの単位で削除を繰り返して「応答なし」の警告表示が出ないか試してみる。
→オフラインにして、500通、1,000通、5,000通、10,000通、20,000通と対象のメールを増やしながら削除してみました。
結論から申しますと、10,000通までは、時間は徐々にかかってはいましたが削除できました。20,000通の削除では、「応答がない」→「応答を待つ」→「クラッシュ」になりました。
主記憶は4.0GBあります。10,000通の削除では、Userが402MBから1.2GBまで増加していきました。20,000通の削除では、1.8GBを超えたあたりでクラッシュしました。（その後、Userは402MBに戻る）
合計約47,000通削除した後、Thunderbirdを再起動して、IMAPサーバーと無事同期できました。（同期には50分ほどかかりました）

（３）ブラウザでサーバにアクセスできるのならばそこからまとめて削除してみる。
→ブラウザアクセスはできないので未実施。

（４）念のため Thunderbird のセーフモード起動でもどうなるか試してみてください。
→現象変わらず。

一度に削除するのは、10,000通程度に抑えておくのがポイント、でしょうか？

　
かなり多量のメッセージ数ですね。

もう少し詳しい状況を教えてください。
・プロファイルは Thunderbird 2.0 系の時から継続使用ですか？
・IMAP アカウントでは同期だけですか？それともローカルにメッセージをダウンロードして保存
　もしていますか？
・もしローカルにもメッセージを保管している場合、そのサイズ（容量）はどのくらいありますか？
・これまでに「最適化」あるいは「フォルダを修復」を実行されていましたか？


（１）IMAP アカウントの場合はメッセージの削除も同期されるかと思いますのでオフラインで
　　 やってみる。但し、次にオンラインで同期状態になった時点でアクセス処理に時間がかか
　　 る可能性があります。
（２）「最適化」あるいは「フォルダを修復」を実行後に 500 通とか 1,000 通とかの単位で削除
　　 を繰り返して「応答なし」の警告表示が出ないか試してみる。
（３）ブラウザでサーバにアクセスできるのならばそこからまとめて削除してみる。
　
念のため Thunderbird のセーフモード起動でもどうなるか試してみてください。

[参照]
Mozilla Thunderbird 3.1.2 リリースノート - トラブルシューティング
Mozilla Messaging / ナレッジベース / セーフモード
Mozilla Messaging / ナレッジベース / IMAP による同期
　

Thunderbird 3.1.2
OS CentOS5.5

お世話になっております。

私の環境をご説明します。
・CentOS付属のThunderbird 2.0.0 は削除済み
・Thunderbird 3.1.2 はユーザーディレクトリ下に置いてある
・受信メールサーバーとの接続はIMAPS(ポート995)
・メールのサブディレクトリごと削除はできない

首記の件、メールボックスに削除したいメールが７０、０００通程あります。
メール一覧で、複数のメールを選択したとき、１０件程度であればメッセージペインにすぐサマリーが表示されて、そのまま削除できるので問題ありません。
ところが、１０、０００件程度を一斉に選択したとき、しばらくして「応答がない」旨のメッセージボックスが出ます。
F8キーを押してメッセージペインを表示しないようにしてはみましたが、現象が変わらずです。

個別に選択した大量のメールを削除する、いい方法をご教授頂けませんでしょうか。
どうぞ、よろしくお願いいたします。