自己レスです、すみません。
この質問を投稿してからいろいろと調べてみたところ、「サーバーの問題ではないと思う」と書いてしまいましたが、
どうやら問題のアカウントで使用しているサーバー（xrea）とThunderbirdの相性（？）が合わないのが原因のようです。

数は少ないのですが、同じような症状で悩んでいるらしい人が過去にXreaのフォーラムに相談を寄せていました。
http://sb.xrea.com/archive/index.php/t-9448.html
（SMTP over SSL）
http://sb.xrea.com/showthread.php?t=11441
（SMTP over SSL でパケット長が長い場合の障害）
http://sb.xrea.com/showthread.php?t=12992
（smtp over sslでのメール送信でエラーが起きる ）

最初の人が問題提起をしてから５年も経つのに、どうやらこの問題は何も進展していないようで…。
SMTP over SSLを使用しないことで回避策にはなるようですが
（試してみたところ、問題が再現せず、うまくいきました）、
SMTP over SSLを使用しない際の安全性のリスクが分からず、ちょっと不安です。
とりあえず…ご報告でした。

はじめて投稿させていただきます。

使用しているThunderbird：
　　　　Thunderbird 3.1.2

使用している拡張機能・テーマ：
Lightning 1.0b2
British English Dictionary 1.19
Mailbox Alert 0.13.3
Provider for Google Calender 0.7
（テーマはDefault）　　　　

使用しているOS,環境：
　　　　Windows 7
　　　　メモリ4GB, HDD空き380GB以上

使用しているセキュリティツール（ウィルスチェッカ、ファイアウォールなど）：
Norton Internet Security2010

---- 質問内容 ----
起きている現象：
IMAPでメールアカウントを３つ設定しています。
ある１つのアカウントだけが、受信したメールに「返信」として、元のメール本文を引用したまま
送信すると、「メールを送信しています」のメッセージがずっと出たまま動かなくなり、その後
「サーバーがタイムアウトしたので送信できなかった」という旨のメッセージが出てエラーとなります。
当然、送信済みアイテムにもメールは残りません。
しかし実際は、相手にはちゃんと送信されています。

新規メールの場合や、受信したメールへの返信をする場合でも元のメール本文を引用しない場合は、
この症状は起こりません。

ちなみに、何度かこのフォーラムに登場している、「送信済みトレイにコピーしている」という段階で
止まってしまい、それをキャンセルすると「送信できなかった」というメッセージが出る、というバグの
症状に似ているため、そこで提案されている解決法（送信済みのコピーを残す、をOFFにする）を
してみましたが症状は変わりませんでした。

この症状が出るアカウントが１つだけなので、サーバーの問題かと思われるかもしれませんが、
Outlookではこのような問題はありませんでした。
また、問題のアカウントが「Default」のアカウントなので、他のアカウントをDefaultにしてみましたが、
解決しませんでした。

送られていないと思い、何度も同じメールを相手に送ってしまい、かなり気持ち悪いと思われかねない
ことをしてしまいました（たまたま相手が友達だったからよかったけど…）。
とても困っています。

どなたか解決法をご提案いただければうれしいです。
よろしくお願いいたします。