[quote="takebokki"]ご指摘のようにソフトのインストール時の問題かと思いディスインストール→再インストールもして見ましたが相変わらずです。[/quote]
プロファイルに問題がある場合は再インストールは無意味です。
また多くのトラブルはプロファイル側で起きています。

先に紹介したトラブルシューティングに沿って Thunderbird のセーフモード起動や新規プロファイルの
作成とその適用で改善されるか試して確認してみてください。

これで改善が見られないとしたら問題は Thunderbird 以外にある可能性が高いと思われます。
　

kiki様ご回答ありがとうございます、
現在起きている問題は同一送信者からでも来たりこなかったりで、ファイルサイズに左右されるわけでもありません、もちろんThunderbird内の振り分けに起因する物でもありません（検索をかけてもどこにも隠れていません、もちろんゴミ箱にも）。
ご指摘のようにソフトのインストール時の問題かと思いディスインストール→再インストールもして見ましたが相変わらずです。
セキュリティーアプリケーションの問題は現在私のシステムでは考えられません。八方ふさがりですがもうしばらくメーラーを並列させて様子を見ようと思います、「フォルダ」の「プロパティー」の「保管ポリシー」というのは気づきませんでしたので少し触ってみました。このたびはご指導誠にありがとうございました。今後ともよろしくお願いします。Takebokki

　
他のメールソフトが受信してもサーバに残す設定をしているにもかかわらず Thunderbird で
受信するメールに取りこぼしが起きているんですね。
他のメールソフトでは受信の取りこぼしは起きていないのですね。

それは POP アカウントでしょうか。それとも IMAP アカウントでしょうか。
その受信できていないメールを特定できますか。
また受信できていないメールに共通の特徴・特性はありませんか。


可能性として考えられる問題を以下に列挙してみます。
（問題を切り分けてみて対処方法を探るというものです）

・本当は受信しているが迷惑メールフィルタで自動的にごみ箱などに移動あるいは削除され
　ているために受信したことに気が付いていない。
・上記と同様にメッセージフィルタで迷惑メールにする条件に該当しているため自動的にごみ
　箱などに移動あるいは削除されているために受信したことに気が付いていない。
・上記と同様にメッセージフィルタで振り分け処理をしているために気が付かない。
・Thunderbird 側で受信メールのサイズ制限を設定しているためにそれに該当して受信でき
　ていない。
・「受信トレイ」のフォルダのプロパティ内にある「保管ポリシー」に該当するため削除されてい
　る。
・サーバ側の保存容量あるいは保存期限を越えたための処理仕様として削除されている。
・サーバ側からの新着メッセージのリスト取得の際に何らかの原因で漏れが生じている。
・セキュリティ対策ソフト（アンチウイルス系又はファイアーウォール系など）が受信メールをス
　キャンしていて一部の受信メールを隔離あるいは削除している。

上記に該当するものがないか確認してみてください。
つまり Thunderbird 側、サーバ側、セキュリティアプリケーションなどの関係するものそれぞれ
の設定や仕様上の確認による問題の切り分けです。

上記で該当するものがないと思われる場合、あるいは問題ないと確認できた場合は
・Thunderbird 側の受信済み記録ファイルが壊れているために受信漏れが生じている。
・Thunderbird のどこかに不具合が起きていて正常に受信できない。
という可能性がありますので以下のトラブルシューティングを実行して改善されるか試して確
認してみてください。
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.1/releasenotes/#troubleshooting]Mozilla Thunderbird 3.1 リリースノート - トラブルシューティング[/url]

[参照]
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/%E3%82%BB%E3%83%BC%E3%83%95%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%89]Mozilla Messaging / ナレッジベース / セーフモード[/url]
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/%E3%83%A1%E3%83%83%E3%82%BB%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%82%92%E9%80%81%E5%8F%97%E4%BF%A1%E3%81%99%E3%82%8B%E6%99%82%E3%81%AE%E5%95%8F%E9%A1%8C]Mozilla Messaging / ナレッジベース / メッセージを送受信する時の問題[/url]
　

Thunderbird3,1を使っていますがメールの受信時に勝手に受信しないメールがあります、もちろん他のメーラーを同時に立ち上げてチェックしているんですがThunderbird3,1以外からはサーバーからの削除をしない設定にしています、前のMacでMacOS１０，４の時には問題なかったんですが同様の問題は確認されていますでしょうか、また対処法もご教授願います。大変困っています。

[color=olive][size=117]# 件名を「Thunderbird3,1 with Mac OS10.6.4」から「Thunderbird3.1 with Mac OS10.6.4」へ変更しました。by Moderator Hide[/size][/color]