迷惑メールフィルタに意図的に学習させてやる、ということには気付きませんでした。
本日Thunderbirdを入れたばかりなので、どれぐらいで学習されるかわかりませんが試してみます。
ありがとうございました。

　

アカウント設定の方でも迷惑メールフィルタを有効にされていますよね。
（自動的にフォルダ移動するようにも）

件名に [spam] を含むものを迷惑メールフィルタで学習させてやるのはだめなんでしょうか。
件名に [spam] を含まない通常メールを誤判定するようならば非迷惑メールとしてマークして
学習させてやれば精度はかなりよくなると思うんですけど・・・。
これならアカウントに関係なく機能するんですが。　
　

Windows Vista Bussines
Thunderbird 3.0.5（アドオンなし）

メッセージフィルタにて以下のように設定しています。

条件
・件名に次を含む: [spam]
動作
・迷惑メールかどうか設定する: 迷惑メール
・メッセージを既読にする

条件通り、[spam]を含むメールに迷惑メールマークは付きます。
そこから手動で迷惑メールをマークする時と同じように、
自動的に迷惑メールフォルダに移動することは出来ないのでしょうか？

動作
・メッセージを移動する: "アカウント"の迷惑メールフォルダ

上のようにメッセージフィルタを追加すれば同じような動作になりますが、
多数のアカウントを登録するため、msgFilterRules.datのコピーをしてから、
いちいち迷惑メールフォルダを指定し直さなければなりません。

何らかの設定で手動と同じような動作にならないでしょうか？