[quote="z31"]セーフモードで起動してみましたが、炎マークが付いていないメールはそのままでした。[/quote]
過去に受信したメッセージに自動的に迷惑メールのマークを付ける機能はありません。
メッセージフィルタを手動で実行させればマークすることは可能です。

迷惑メールフィルタで迷惑メールのマークを付加するのは新着メッセージの受信時です。
それが機能していないとすると迷惑メールフィルタが正しく機能していないか学習データが不
足しているかです。

あるいは「迷惑メール」フォルダに振り分けたが迷惑メールのマークが付かないケースとして
はメッセージフィルタで単純に自動的に振り分けた場合があります。
（迷惑メールとして設定する条件設定をしていない場合）

[quote="z31"]また問題が起こったら新しいプロファイルなどを作ってみたいと思います。[/quote]
ぜひ試して確認してみてください。

但し、迷惑メールフィルタの場合は迷惑メールと非迷惑メールの両方を学習させてやらないと
判定精度は上がりませんので注意してください。　
　

セーフモードで起動してみましたが、炎マークが付いていないメールはそのままでした。

その後受信したメールは問題ないですし、新しいバージョンアップもあったのでこのまましばらく使ってみます。また問題が起こったら新しいプロファイルなどを作ってみたいと思います。

　
[quote="z31"]なんででしょうね・・・。[/quote]
起動した日によって迷惑メールにマークが付いたり、付かなかったりはおかしいですよね。
どこに問題があるのかを切り分けするには先に紹介したトラブルシューティングである程度
は確認できると思うんですが・・・。

（１）Thunderbird のセーフモード
　　　アドオンが問題を起こしているかの切り分けができます。
　　　設定情報もデフォルト（初期状態）になります。
　　　一種の診断機能です。

（２）新規プロファイルの適用
　　　これで正常に機能すればプロファイルのどこかに不具合があった場合にこれで切り分
　　　けできます。

（３）クリーンインストール
　　　これで正常に機能したら主に Thunderbird 本体側に問題があったかどうかの切り分け
　　　ができます。

一度試してみたらいかがでしょうか。
　

何もせずに今日起動したら今まで通り炎マークが付くようになりましたね・・・。ただ昨日受信した分については炎マークは付いていません。

なんででしょうね・・・。

　
以下を参照してセーフモードや新規プロファイルでも再現するか試して確認して
みるのをお勧めします。

[参照]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.5/releasenotes/#troubleshooting]Mozilla Thunderbird 3.0.5 リリースノート - トラブルシューティング[/url]
　

3.0.5を使用しています。Windows7

迷惑メールはちゃんと迷惑メールフォルダに振り分けられているんですが、振り分けられたメールに炎マークが付いていないんです。昨日より前のメールにはちゃんとマークが付いています。

もしかして3.0.5に更新してからかもしれません。こういう症状は他の方は出ていないでしょうか？