途中から失礼します。
同様の現象が起きており、解決しておりません。

・2010年12月から使用
・Windows7（SP等は自動更新ONにしており常に最新）
・Thunderbird3.0から使用開始して、こちらも自動更新ON。当時から現在まで常に最新バージョンです）
・OSやThunderbirdのバージョンが変わっても、現象は同様に起きています。
・現在のアドオンは、
　Test Pilot for Thunderbird 1.3.8
　テーマ Default 11.0.1
　Adobe Acrobat 10.1.2.45
　Adobe Acrobat 9.5.0.270
　Java Deployment Toolkit 6.0.290.11 6.0.290.11
　Silverlight Plug-In 4.1.10111.0
　Windows Live Photo Gallery 15.4.3508.1109
　いずれも、アップデートのメッセージが出てくると、ほぼすぐに更新したものです。
・フォルダは500個以上あり、最大4-5階層まで階層化しています。
・メールアカウントは現在19個使用しています。使用開始時は10個強でした。
・全てのアカウントのメールをローカルフォルダの下で管理しています。
・振り分け条件は200以上設定しており、その中には「既読にする」「削除する」という条件も含みます。
・普段あまりアクセスしないフォルダや、階層の深いフォルダほど頻繁に起きているように感じます。
・Thuderbirdを最小化→再表示しても、当該のフォルダはBoldで表示されませんでした。

途中から失礼します。
同様の現象が起きており、解決しておりません。

・2010年12月から使用
・Windows7（SP等は自動更新ONにしており常に最新）
・Thunderbird3.0から使用開始して、こちらも自動更新ON。当時から現在まで常に最新バージョンです）
・OSやThunderbirdのバージョンが変わっても、現象は同様に起きています。
・現在のアドオンは、
　Test Pilot for Thunderbird 1.3.8
　テーマ Default 11.0.1
　Adobe Acrobat 10.1.2.45
　Adobe Acrobat 9.5.0.270
　Java Deployment Toolkit 6.0.290.11 6.0.290.11
　Silverlight Plug-In 4.1.10111.0
　Windows Live Photo Gallery 15.4.3508.1109
　いずれも、アップデートのメッセージが出てくると、ほぼすぐに更新したものです。
・フォルダは500個以上あり、最大4-5階層まで階層化しています。
・メールアカウントは現在19個使用しています。使用開始時は10個強でした。
・全てのアカウントのメールをローカルフォルダの下で管理しています。
・振り分け条件は200以上設定しており、その中には「既読にする」「削除する」という条件も含みます。
・普段あまりアクセスしないフォルダや、階層の深いフォルダほど頻繁に起きているように感じます。
・Thuderbirdを最小化→再表示しても、当該のフォルダはBoldで表示されませんでした。

最大化やresizeしても、フォルダ名が太字(Bold)表示に変わるので、
redraw処理が実行される操作をしないとダメなようです。

対処療法が見つかりました。

一度「最小化」して「元のサイズに戻す」をすると、
フォルダ名が太字(Bold)表示に変わることがわかりました。

とりあえずこの方法で対応します。

> ＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読むのをお勧めします。
> ＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
> ＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。

失礼しました。
上記、承知しました。
アドバイス、ありがとうございます。

OS: Windows XP SP3　　※ Windows Updateは最新です。
Thunderbird のバージョン: Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja; rv:1.9.1.9) Gecko/20100317 Thunderbird/3.0.4


> ・最初からそうだったのでしょうか？
> ・それともある時から突然そうなったのでしょうか？

Netscape7.1をインポートして使い始めましたが最初からそうです。

> ・そのアカウントは POP ですか？ IMAP ですか？

pop です。

> ・特定のアカウントだけで起きますか？

アカウントは１つだけのため不明です。

> ・左側のアカウント別のフォルダツリー表示（フォルダペインといいます）はどの表示種類にして
> 　いますか？（「スマートフォルダ」とか「お気に入りフォルダ」とか）

スマートフォルダになってます。

> もしメッセージフィルタで「メッセージを既読にする」も設定していたら太字にならないかも知れ
> ません。

「メッセージを既読にする」には設定してません。

> （１）「受信トレイ」や振り分け先フォルダの「最適化」あるいは「牽引を再構築」を実行する。
> 　　　あるいは対象フォルダ名の .msf ファイルを削除して再起動する。
> 　　　（自動的に再生成させる）
> 　　　注：ファイル削除は Thunderbird を終了させた状態でおこなうこと。

最適化でも同様でした。
全てのサブフォルダの .msf ファイルを削除して再起動しましたが、
どこかのフォルダにフォーカスを当てると、
受信したメールが入ったフォルダのうち、
太字表示になったものとならないものが出てくるようになりました。


とりあえず現時点ではここまでしか実施できておりません。
残りの方法は後日実施してみたいと思います。

以上

　
　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。
＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]
　

　
[quote="rh40kino"]「メッセージフィルタ」を使って、受信時にフォルダに自動振分するよう設定しているのですが、メッセージがフォルダに入っても、フォルダ名が太字(Bold)表示に変わりません。[/quote]
以下の具体的な情報を追加していただけますか。

・最初からそうだったのでしょうか？
・それともある時から突然そうなったのでしょうか？
・そのアカウントは POP ですか？ IMAP ですか？
・特定のアカウントだけで起きますか？
・左側のアカウント別のフォルダツリー表示（フォルダペインといいます）はどの表示種類にして
　いますか？（「スマートフォルダ」とか「お気に入りフォルダ」とか）

[quote="rh40kino"]自動振分のタイミングですぐにフォルダ名が太字表示されないものでしょうか？[/quote]
新着メッセージをメッセージフィルタで「受信トレイ」以外のフォルダに振り分けした場合はその
振り分け先のフォルダ名が太字になります。
もしメッセージフィルタで「メッセージを既読にする」も設定していたら太字にならないかも知れ
ません。

原因としては以下が考えられます。（問題の切り分け）
１．要約（インデックス）ファイルの不整合が起きている。
２．アドオンが悪さをしている。
３．プロファイルに不具合がある。
４．Thunderbird 本体側に問題がある。

上記の対処は以下になります。（問題の絞り込みと対処）
（１）「受信トレイ」や振り分け先フォルダの「最適化」あるいは「牽引を再構築」を実行する。
　　　あるいは対象フォルダ名の .msf ファイルを削除して再起動する。
　　　（自動的に再生成させる）
　　　注：ファイル削除は Thunderbird を終了させた状態でおこなうこと。
（２）Thunderbird のセーフモード起動をしてみる。
　　　これで再現しなければアドオンの問題である可能性が高い。
（３）新規プロファイルを作成してそれを適用してみる。
　　　注：旧プロファイルからはメッセージデータ以外は移行コピーしないこと。
（４）Thunderbird の再インストール。
　　　注：アンインストール後にインストールフォルダを削除して PC を再起動してから再イ
　　　　　ンストールすること。
　
【参照】
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.4/releasenotes/#troubleshooting]Mozilla Thunderbird 3.0.4 リリースノート - トラブルシューティング[/url]
　

「メッセージフィルタ」を使って、受信時にフォルダに自動振分するよう設定しているのですが、メッセージがフォルダに入っても、フォルダ名が太字(Bold)表示に変わりません。
どこかのフォルダにフォーカスを当てると、未読メールのある全てのフォルダかは不明ですが、太字に変わることもあります。
このため、メールが届いているのに、気付かないケースがままあります。
自動振分のタイミングですぐにフォルダ名が太字表示されないものでしょうか？
自動振分のタイミングですぐに、そのフォルダに未読メールがあることがわかるのであれば、太字表示にこだわりません。