横から失礼します。
Cai さんのご想像が当たっていないことを祈りますが...。

現在、何が起こっているかの概要を理解しておいたほうが、今後の対応もやりやすいのではないでしょうか？

★ 以前に D ドライブで使っていた Thunderbird のメールデータは、そのとき使っていたプロファイルがD ドライブ内に残っている限りは復旧可能です。しかし C ドライブあった場合は絶望的です。

【なぜこんなことになったのかを理解する】
―Thunderbird や Firefox に限らず、アプリケーション・ソフトは OS（この場合 Windows Vista）の制御の下で動作します。
―OS は一般に C ドライブにインストールされており、ユーザーがインストールしたアプリケーション・ソフトの情報や設定の多くは、OS との関連から C ドライブに保存されています（≒ Windows レジストリ、その他）。
―アプリケーションを C ドライブ以外にもインストールできますが、どのドライブにインストールしたかなど OS がアプリケーションを管理する上での情報は、C ドライブにも保存されます（≒ Windows レジストリ、その他）。
―アプリケーションによっては、D ドライブにインストールしたあとも、基本設定を OS がある C ドライブに保存するものがあります（≒ Windows レジストリ、その他）。
―もし、D ドライブにインストールしたアプリケーションの事前・事後の対策を何も考えないまま、C ドライブをプロダクト・リカバリ（出荷時に戻す）すれば、C ドライブ上のデータがすべて初期化されてしまい、D ドライブにインストールしたアプリケ―ションの情報（≒ Windows レジストリ、その他）もすべて消えます。この復元は基本的に不可能です。
―この状態で、D ドライブにあるアプリケーションを動かそうとした場合、OS との連携のための情報やそのアプリ固有の設定が消えているため、正常に動作しない場合があります。
[quote="柴犬モモちゃん"]Dドライブにある、Thunderbirdのアイコンをクリックすると、
最初からのデータも何もないThunderbirdが立ち上がってしまいました。[/quote]
というのは、そのためです。
　　｜ （補）完全にスタンドアローンで動作するアプリケーションもあり、
　　｜ この場合はそのアプリをどこに置こうが、C が初期化されようが影響を受けません。
　　｜ これを特化したのが「ポータブル版」と呼ばれるものだと考えてください。

【復旧するうえで大切なこと】
―D ドライブに保存してあったデータは、それが残っている限りは復旧できます。
―ただし、もともと標準外の使い方をしており、おまけに OS の入った C ドライブが上記のような状態なので、復旧には相応の手間がかかります。その覚悟を持たないでインスタントな解決方法を求めると、多くの場合挫折します。つまり、起こっている状況にそぐわない安直な操作をくり返すことで、かえって墓穴を掘っていくパターンにはまりやすいのです。
―すでにアドバイスされているように、ここはまず落ち着いて、現状に即した堅実な手順を踏んでください。そうすれば、時間はかかっても復旧の見込みはあります。
―しかし、過去のメールデータなどの必要性と、その復旧に要する労力を比較し、そこまでして復旧することはないと判断されるのであれば、諦めてもかまいません。（いまは諦めても、D ドライブにそのプロファイルが存在する限りは、あとから対応できることもありますし。）

具体的な操作手順の話ではなく申し訳ありませんが、いま 柴犬モモちゃん さんが置かれている状況がどういうものであるかを理解して、はらだ さん、kiki さん、Cai さんのアドバイスの意味を汲み取っていただければと思い、書き込ませていただきました。

　
[b]【状況を整理します】[/b]

[quote="柴犬モモちゃん"]成功し、Cドライブが新しくなったのですが、Dドライブは以前のままです。
メールやブラウザなどはDドライブに入れてありました。[/quote]
[quote="柴犬モモちゃん"]確かにDドライブのThunderbirdに今までのメールデータがあるのです。 [/quote]
と最初に書かれていました。

ですので D ドライブに Thunderbird のプロファイルがあることをすでに確認できていると
理解したのですが、違うのでしょうか？

[color=#990000]「あると思う」と「確かにあるのを確認しました。場所は D:\xxxxxx\xxxxxx\xxxxxx ここ
です。」とではまったく状況が異なります。[/color]


[b]【やりたいことを明確にしましょう】[/b]

柴犬モモちゃん さんがやりたいことは、
「D ドライブにあるこれまでのメールデータなどを引き継いで活用したい。」
じゃないのですか？
（上記にはアカウント設定情報、アドレス帳などの大事なデータがあるので）

ところが C ドライブ（ここには OS が入るシステムドライブ）を工場出荷状態（リカバリと同じ）
にしたことにより以前とは同じではなくなった。
どうしたら以前と同じように使えるようになるのかわからなくなったのではないでしょうか。

[color=#990000]わからない状態であれこれといじると余計に混乱して収拾がつかなくなる恐れがあります。
一度にあれもこれも一挙に解決しようと欲張らずに落ち着きましょう。
まず順番にひとつひとつ問題を解決していきましょう。
慌てずにゆっくりと取り組みましょう。[/color]
[color=#006600]＊ファイルは削除しない限りどこへも逃げたりしませんから安心してください。[/color]


[b]【最初にやるべきこと】[/b]

ここでやるべき作業をすべて挙げて順番を付けても自分なりの誤った解釈でいじる可能性
があると思われますのであえて紹介しません。
なぜならこれまでのやりとりで失礼ながら Thunderbird だけではなく OS についてもかなり
の理解不足（操作も含めて）があることが伝わってきたからです。
[color=#990000]まずは D ドライブにある以前から使用していたプロファイルを探し出すことです。[/color][color=red][b]【重要】[/b][/color]

Cai さんが書かれているように Thunderbird でしか使われていないファイル名を以下に紹
介しますのでこれを手掛かりにして検索して探してみましょう。
そして[color=#990000][u]発見できたらそのフォルダの場所をきちんと書いて教えてください。[/u][/color]

[ Thunderbird 固有のファイル類一覧 ]
abook.mab
folderTree.json
global-messages-db.sqlite
history.mab
mailViews.dat
panacea.dat
training.dat
virtualFolders.dat
[color=#006600]＊もしエクスプローラーでファイル検索の方法がわからなければ尋ねてください。[/color]


[b][color=#CC0000]【注意】
上記の作業が終わっても次のアドバイスがあるまで一切何もせずにそのままにして
おいてください。[/color][/b]
　
　

横からです。
柴犬モモちゃんさんの書き込みを追っていて、
「プログラム本体は D ドライブにカスタムインストールしたけど、初回起動時に特に指定しなかったのでプロファイルは C ドライブに作成」
という最悪のシナリオを思い浮かべてしまったのですが、大丈夫でしょうか？
プログラムではなくプロファイルは D ドライブに残っていますか？
コンピュータ全体を対象として、panacea.dat や abook.mab といった、Thunderbird のプロファイルに特有のファイルを検索してみてください。

[quote="柴犬モモちゃん"]最初C:ドライブにThunderbirdを入れていました。
今は、D:ドライブにThunderbirdがあるので、-pをつけたところ[現在使用中であるため・・・使用できません]とでてしまいます。

Firefoxを閉じてThunderbirdをクリックすると、つい最近登録したメールだけ表示され以前のメールは表示されません。

私のThunderbirdのプロファイルの移動が必要でしょうか？
テキストエディタでprofiles.iniを書き換えることに自信がありません。

そしてプロファイルマネージャーの登録を変更する必要がありますか？[/quote]落ち着いて下さい。
kiki さんも言われてるし、私も言った。

今、柴犬モモちゃん さんは、もっと大事な事を書かれてるのです。
Thunderbirdを既に利用している事を・・・

Dドライブのメールは、確かに残っていると思います。
今までの、回答はDドライブの設定ごとメールを取り込む手順なのです。

もう利用している、所に見られるようにする手順では無いのです。
最悪、今あるメールが消えるのです。

でも、柴犬モモちゃん さんが落ち着いて、状況を書いてくれれば、解決します。
過去にも、たくさん有る事の応用ですから

最初C:ドライブにThunderbirdを入れていました。
今は、D:ドライブにThunderbirdがあるので、-pをつけたところ[現在使用中であるため・・・使用できません]とでてしまいます。

Firefoxを閉じてThunderbirdをクリックすると、つい最近登録したメールだけ表示され以前のメールは表示されません。

私のThunderbirdのプロファイルの移動が必要でしょうか？
テキストエディタでprofiles.iniを書き換えることに自信がありません。

そしてプロファイルマネージャーの登録を変更する必要がありますか？

少し、寄り道しましょうか？
Thunderbirdを普通にインストールして下さい。
「次へ」で進むだけです。
ディスクトップにThunderbirdのアイコン(ショートカット)が出来ると思います。
アイコンを選んで、マウスの右クリックでプロパティーを選びます。
ショートカットのタブの所で、リンク先：を変更しましょう。
"C:\Program Files\Mozilla Thunderbird\thunderbird.exe"
から
"C:\Program Files\Mozilla Thunderbird\thunderbird.exe" -p

これで、起動すると見えません？
そして、フォルダがおかしくないですか？今まで見てた所と？

ＨＰにあったように、%APPDATA%\Thunderbird\Profiles\ と入力しました。

すると私のThunderbirdのプロファイルは以下のようになっているようです。

C:\Users\[color=green][ユーザー名][/color]\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\909ntof6.default

まったくなぜFirefoxのフォルダに入っているのかわかりません。
現在ブラウザもメールソフトも調子が悪いです。大好きなソフトなので早く以前のように使いたいです。

[color=green]---修正させて頂きました はらだ ---[/color]

[quote="柴犬モモちゃん"]Cドライブにもインストールしてみましたがファイルは見つかりませんでした。
今はアンインストールしました。

thunderbird.exe -pを入力すると[検索条件に一致する項目はありません]となってしまうようになりました。

諦めます。ご迷惑をおかけして申し訳ありません。[/quote]べつに、あきらめる必要はないですよ。
メールが残っているのは、確実なんですから

「thunderbird.exe -pを入力すると[検索条件に一致する項目はありません]となってしまうようになりました。」に成るのは
左下のウインドウズマークを押して、すぐ上に有る入力に入れてるのでしょ？
昔、質問された時はXPで今は、Vistaに成って戸惑いが有るのでしょう
ファイル名を指定して実行は、Vistaではアクセサリーの中に移動してるのです。

メール自体はDドライブに有りますから、ゆっくりPCを育ててからでも問題ないですから

---編集---
前もOSはVistaでしたね・・・
ハズレでした。
---編集終了---

Cドライブにもインストールしてみましたがファイルは見つかりませんでした。
今はアンインストールしました。

thunderbird.exe -pを入力すると[検索条件に一致する項目はありません]となってしまうようになりました。

諦めます。ご迷惑をおかけして申し訳ありません。

　
[quote="柴犬モモちゃん"]Thunderbird3.0.4のメールログは以下に入っています。

D:\Program Files\Mozilla Thunderbird\defaults\profile[/quote]
場所が違います。
それはインストールされた Thunderbird 本体側のプロファイルフォルダです。

まずはご自分で D ドライブ内にプロファイル又はメッセージデータを移動又はコピーされた
場所をよく確認してみましょう。
何度も探すのに苦労されるようでしたらメモに書いておくなどして工夫しましょう。

[quote="柴犬モモちゃん"]thunderbird.exe -pもやりましたがうまくいきません。

何もデータの入ってないThunderbirdが起動されてしまいます。[/quote]
おそらく上記のように正しいプロファイルフォルダを選択・指定していないためと思われます。
または選択・指定したプロファイルで起動するように設定していないためと思われます。

プロファイルマネージャを起動させたらメニューをよく見て落ち着いて操作してください。　
　　

Thunderbird3.0.4のメールログは以下に入っています。

D:\Program Files\Mozilla Thunderbird\defaults\profile

D:へカスタムインストールしました。

thunderbird.exe -pもやりましたがうまくいきません。

何もデータの入ってないThunderbirdが起動されてしまいます。

こんな状態ですみません。

　
　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。
＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]



Thunderbird はどこにインストールされているのでしょうか？
Thunderbird のプロファイルはどこにあるのでしょうか？

工場出荷時の状態に戻したのは OS をリカバリーしたのとほぼ同じことになるでしょう。
ですからインストール情報がすべて初期化されているものと思われます。

もしカスタムインストールで D ドライブにインストールされているのでしたら再度インストールを
やり直してください。
そして thunderbird.exe -p としてプロファイルマネージャを起動させてプロファイルフォルダを
指定し直してください。
（プロファイルフォルダが D ドライブにあるのでしたらそれを選択してください）
　
【参照】
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB]Mozilla Messaging / ナレッジベース / プロファイル[/url]
[url=http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile]Thunderbird Help: プロファイルの管理[/url]
　

私には難しいのであきらめます。

丁寧に教えてくださってありがとうございます。

柴犬モモちゃん さんおしさしぶりです。

こちらに質問された時に、どのように解決しましたか？
[url]http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=8741[/url]

同じ事をすれば良いのですよ
メールはバックアップを取ってから行って下さいね。

Vistaを工場出荷時の状態へ戻しました。DELL inspiron・530sです。

成功し、Cドライブが新しくなったのですが、Dドライブは以前のままです。
メールやブラウザなどはDドライブに入れてありました。
しかし、Dドライブにある、Thunderbirdのアイコンをクリックすると、
最初からのデータも何もないThunderbirdが立ち上がってしまいました。
確かにDドライブのThunderbirdに今までのメールデータがあるのです。

どうしたらよいでしょうか？