[quote="かばん"]それをここで書くのはマズイかなぁと思って控えてたんですが･･･

メーラーを違うのにしました。[/quote]
まずいことじゃないですよ。

直接問題を解決する方法ではありませんが選択を変えることは自由ですのでそれも
結果として書いていただくのはよろしいかと思います。
　

>できればどのように解決したのかその手順や内容を書いていただけるとよろしいかと
>思います。

それをここで書くのはマズイかなぁと思って控えてたんですが･･･


メーラーを違うのにしました。

　
[quote="かばん"]経緯としては
メールの問題は解決しました。[/quote]
できればどのように解決したのかその手順や内容を書いていただけるとよろしいかと
思います。
　

色々とすいませんでした。

OSはXPhe
バージョン3.0.4でした。

経緯としては
メールの問題は解決しました。

Operaの問題に関してはOperaの機能が働いて
ブックマークが上書きになってしまい
修復できなかったので１から作り直しました。

色々とアドバイスありがとうございました！

　
改めて Gmail のアカウントを作り直したら同じメッセージをダウンロード（表示）したり
検索が重たくなったとしたらおそらく IMAP アカウントで同期（ダウンロードもする）設定
にしているのではないでしょうか。

アカウント設定の内容をよく確認してみてください。

またバージョン 2.0 系から 3.0 系にアップグレードする際にはいくつかの既知の問題
がありますので以下を参照してみてください。

[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.4/releasenotes/#issues]Mozilla Thunderbird 3.0.4 リリースノート - 既知の問題[/url]
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/Thunderbird+2+%E3%81%8B%E3%82%89+3+%E3%81%B8%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E3%82%B0%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%91%E3%82%8B%E3%82%88%E3%81%8F%E3%81%82%E3%82%8B%E8%B3%AA%E5%95%8F+%EF%BC%88FAQ%EF%BC%89]Thunderbird 2 から 3 へのアップグレードにおけるよくある質問 （FAQ）[/url]
　

[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。
＊環境として Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]
　

あの後
消えたメールのアカウントを削除して
改めて同じアドレスでアカウントを作りました。

それでメール内容が復活したのは良いんですが
受信トレイの他に
なぜか「Gmail」という名のフォルダが勝手にできて
同じメールを2度読み込んでしまうようになってしまいました。

また立ち上げのたびに
索引がどうたらとやたらと動作が重いのも困ってますし
前は受信トレイの下にフォルダを作っても
Gmail側には反映されなかったのに
作ったフォルダがGmail側にも反映されてしまって困ってます。

なんか３に変えてから
色々と問題が起きてしまい
どうしたらいいのか困り果ててます･･･


ちなみにOSはWindows XP heで
profileは一応継続だと思います。

アカウントも3つ中の2つは問題ないし
その中の１つはGmailなので
なぜ１つだけがおかしくなったんだろう？

ver2からver3へのアップデートでprofileに不具合が生じたか、profileの内容が書き換えられた可能性が考えられますが如何でしょうか？
ツール～アカウント設定～サーバー設定の下部「ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す」のチェックが外れてるとか。
（サーバーサイドでの話は上記。）
ローカルの事なら、インストールしたディレクトリ以外のドライヴにサルベージアプリケーションをインストールして、削除されたと思わしきprofile内のinboxを探す以外に手は無いと思われる。
但し一回でもデフラグやディスククリーンアップを実行すると成功確立は極めて低下。
因みにweb上のgmailで、消えたとされるアカウントにログインしてメールは存在するのかの確認はしましたか？
最初に書いたチェックが外れた状態でThunderbirdでアクセスした場合、メールは消えてる可能性は極めて高いと思われますが、消えて無かったら再度ダウンロードすれば良いでしょう。

尚、ThunderbirdのアップデートとOperaのprofileの消失の関連性は詳細不明です。
あんまり関係無いとは思いますけど。
OS自体に何か不具合を抱えてた可能性が考えられるのでは？

OSが記載されて無いのでOSは特定せずに書き込みました。
又、アップデートも新規profile適応なのか、旧profile継続なのかも不明ですが、質問内容から察するに、継続と思われますが如何でしょうか？

Thunderbirdを2から3にアップデートしたら
2つあるGmailのうち
１つのデータが全て消えてしまったのと
フォルダもほとんど消えてしまったのと
なぜか使ってる最中のOperaのデータが全てリセットされてしまいました。

どうしたら復旧できるでしょうか？