開発版の Lanikai （Thunderbird 3.1 beta 2 pre）で試してみました。
新規プロファイルでアドオン無しでアカウント設定のみの状態です。
念のためセーフモードでも実行してみました。
Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja; rv:1.9.2.4pre) Gecko/20100408 Lanikai/3.1b2pre

「未送信メッセージを送信」を実行後、スマートフォルダ表示状態でローカルフォルダ配下の
[b]送信トレイ（1）[/b] の太字と未読数が一瞬で解除されました。

注：スマートフォルダの名称は開発版では「Unified folders」（日本語パックではとりあえず
　　"統合フォルダ"）に変更となっています。
　
環境条件の違いによるものなのか再現条件は不明ですがどちらにせよ障害がないものの
スッキリしない部分は残りますね。
　

皆様、追試ありがとうございます。

全く別のPCで再現テストを行ってみました。
Windows7 Professional
Thunderbird 3.0.4

結論から言うと「再現」します。
ローカルフォルダ下の化け方は若干の差異がありますが、基本的現象は同じです。

実害はないのですが、見た目が・・・という感じです＾＾；

横から失礼します。単なる追試報告ですが...。

Rikyu さんがご提示の現象について、うちでは再現したり、しなかったりです。（歯切れの悪い言い方で恐縮ですけど。）
環境＝ Windows XP SP3 + Thunderbird 3.0.4（ja）／アドオンは「CompactHeader」「DOM Inspector」のみ。

下図のようなスマートフォルダ表示の状態で、

＋受信トレイ
＋下書き
＋送信済みトレイ
＋迷惑メール
＋ごみ箱
　送信トレイ …………（ア）
＋アカウント A
＋アカウント B
　　：
－ローカルフォルダ
　└ 送信トレイ ……（イ）

作成メッセージを「後で送信」にすると、（ア）と（イ）にそのメッセージが保管されたようになり、未読扱い的に太字で

　[b]送信トレイ（1）[/b]

と表示が変化します。
その際、（ア）と（イ）の表示変化に時間差があり、必ず（ア）のほうが早く、そのあとで（イ）にも反映されます。
このあと、「未送信メッセージを送信」を実行した場合、（ア）はただちに太字と未読数が解除され

　送信トレイ

のような平常の表示になりますが、（イ）はそれよりかなり遅れて変化するか、Rikyu さんがおっしゃるように（イ）をポイントするとかの動作を行った段階で変化します。
　　｜ うちでは、タイムラグがありながらも自動的に変化するときと、
　　｜ 十数分待っても変化せず、（イ）の上にマウスポインタを通過させたときなどに
　　｜ やっと変化するときがあります。
　　｜ ただし、この違いがどこからくるのか探りきれていません。

挙動から判断するかぎり、スマートフォルダ表示における「送信トレイ」は、ルート表示されている（ア）のほうが実体で、「ローカルフォルダ」配下の（イ）は一種のエイリアスのようなものに思えます。
例えば、（イ）を選択してスレッドペインに未送信メッセージの情報を表示させた状態で、「未送信メッセージを送信」を実行すると、（ア）が平常表示に戻るのと同じタイミングでスレッドペインの表示が消え、送信が行われたことを確認できるのですが、フォルダペイン側の（イ）の表示は、[b]送信トレイ（1）[/b] のままだったりします。

Thunderbird 上の表示状態の変化について、詳細は分からないのですが、情報リンクされたエイリアス側への反映がどこかで滞っているか、再描画の指示が適切に出ていないか、そんな印象です。

メッセージの送信自体はまったく問題なく行われていますし、ぼく自身は通常「すべてのフォルダ」表示で使っているのでとくに影響はないのですが、たしかに見ていて釈然としない現象ではありますね。

　
「最適化」や「牽引を再構築」などを実行しても変化がない件、了解です。
また Thunderbird のセーフモード起動や新規プロファイルでも再現する件も了解です。
＃新規プロファイルってアドオンも入れていなければアカウント設定も最初からおこなう
　 真っ新な初期状態ですよね。

Thunderbird のクリーンインストールでも再現するとなると残るは環境条件の違いから
来るものかバグが潜んでいるかも知れませんね。
他の多くのユーザの皆さんのところでも再現するものかどうかがわかるといいですね。
　

ご返信ありがとうございます。

以下につきましては配慮が足らず申し訳ございませんでした。
当方の環境ですが、以下です。

XP Professional SP3
Thunderbird 3.0.4 日本語版

[quote="kiki"]　
　　[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をきちんと読みましょう。
　　＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
　　＊質問した後は結果や経過を必ず書くようにしましょう。[/color]
　

ちなみに [スマートフォルダ] 表示で [送信トレイ] が２つ表示されるのは仕様です。
注：ローカルフォルダが展開されている場合です。
→これはフォーラムで読みましたので了解済みです。

「最適化」や「牽引を再構築」などを実行して綺麗にお掃除してみたら変化がありますか。
→やってみましたが、変化ありません。
また Thunderbird のセーフモード起動や新規プロファイルでも再現するか試してみてくだ
さい。
→この場合、ローカルフォルダの送信トレイが以下の様な表示
送信トレイ ） ←")"だけの表示
その後、実際の送信を実行すると
送信トレイ （１） ←前回と同じ現象


[スマートフォルダ] 表示でローカルフォルダをたためば当然 [送信トレイ] は表示されなく
なりますから見えないでしょう。
→これはその後展開してどうなっているか、確認をしたという意味です。

その他、テーマをデフォルトに戻してやってみましたが、再現しました。
　
その後同じ操作を何10回と繰り返していますが、100%再現します。
以上、よろしくお願いいたします。

　
　　[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をきちんと読みましょう。
　　＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
　　＊質問した後は結果や経過を必ず書くようにしましょう。[/color]
　
[quote="Rikyu"]この後、実際に”送信/受信”でメールを送ると

スマートフォルダ
・・・・
送信トレイ
ローカルフォルダ
送信トレイ（１） ← （１）が残る[/quote]
再現しません。
環境：Windows XP SP3、Thunderbird 3.0.4 日本語版

ちなみに [スマートフォルダ] 表示で [送信トレイ] が２つ表示されるのは仕様です。
注：ローカルフォルダが展開されている場合です。

"送信トレイ（１）" のように新着メッセージがあるかのようにメッセージ数字が表示される
のは要約（インデックス）ファイルの不整合が起きているように推察します。
「最適化」や「牽引を再構築」などを実行して綺麗にお掃除してみたら変化がありますか。

また Thunderbird のセーフモード起動や新規プロファイルでも再現するか試してみてくだ
さい。

[quote="Rikyu"]ちなみにローカルフォルダを展開していない状態でやったら（１）は残っていません。[/quote]
[スマートフォルダ] 表示でローカルフォルダをたためば当然 [送信トレイ] は表示されなく
なりますから見えないでしょう。
　
　
　　　[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をきちんと読みましょう。
　　　＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
　　　＊質問した後は結果や経過を必ず書くようにしましょう。[/color]
　

前にも話題になっていました送信トレイが2つ表示されるの件ですが、

スマートフォルダ
・・・・
送信トレイ
ローカルフォルダ
送信トレイ

この状態で”後で送信”を実行しますと

スマートフォルダ
・・・・
送信トレイ（１）
ローカルフォルダ
送信トレイ（１）
となります。

この後、実際に”送信/受信”でメールを送ると

スマートフォルダ
・・・・
送信トレイ
ローカルフォルダ
送信トレイ（１） ← （１）が残る

となります。残った（１）にカーソルを当てると（１）は消えてしまいます。
想像ですが、この（１）の表示だけを消していないのではないでしょうか？

簡単に再現しますので、皆さんやってみてください :o

ちなみにローカルフォルダを展開していない状態でやったら（１）は残っていません。