[quote="ash"]受信したメールで一覧に表示されないものがあります。受信者や送信者で検索すると
みつかります。[/quote]
検索するとメッセージがあるにもかかわらず、

[quote="ash"]表示を「非スレッド」にすると問題のレスポンスが表示されたので、改めて「スレッド」にしたところ、
該当スレッドの最初のコレポンが想定していた発信人ではなく自分の re: から始まっており、
その元コレポンが存在していませんでした。

誤って自分で削除したのでしょう、きっと。[/quote]
削除していたとなると現象の辻褄が合わなくなります。
削除していたメッセージは検索でヒットするわけはないと思いますが・・・・。
どういうことでしょうか。


＃「コレポン」って何ですか？統計用語ですか？
　

ash です。
アドバイスありがとうございます。どうやら原因が判明しました。

>・たぶん、十分に点検されているとは思いますが、Thunderbird のメニューの [表示] のうち、[並べ替え順序] [絞り込み] [スレッド] といったスレッドペインへのアクションに関連する項目は確認済みですよね。

表示を「非スレッド」にすると問題のレスポンスが表示されたので、改めて「スレッド」にしたところ、
該当スレッドの最初のコレポンが想定していた発信人ではなく自分の re: から始まっており、
その元コレポンが存在していませんでした。

誤って自分で削除したのでしょう、きっと。

それで、スレッドが発信人から始まらずに自分から始まっていたため、見落としていたものと
思われます(自分で削除したという確証はありませんが)。

今回はどうもありがとうございました。またつまずいたらよろしくお願いします。
お元気で。
ash

　
偶然的通行人さんがアドバイスされた内容以外で手がかりになるかも知れない情報です。
偶然的通行人さんのアドバイス自体はしっかり確認してください。

[quote="ash"]受信したメールで一覧に表示されないものがあります。受信者や送信者で検索すると
みつかります。[/quote]
通常は要約ファイルに不整合が起きているか壊れていることが考えられるのですがすでに
「牽引を再構築」を実行されても改善されないことから推察すると以下の可能性が考えられ
ます。
一度試して確認してみてください。

（１）要約ファイルが壊れている、あるいは更新（上書き）できない。
　　　該当フォルダの要約ファイルを削除する。（拡張子が.msf のファイルです）

（２）スレッドペインやメッセージペイン表示情報が壊れている。
　　　プロファイル内の以下のファイルを一旦別の場所にバックアップ移動してみる。
　　　folderTree.json
　　　mailViews.dat
　　　session.json

（３）Thunderbird が要約ファイルを認識できない。
　　　一旦 Thunderbird をアンインストールしてインストールフォルダも削除する。
　　　その後 PC を再起動させてから再度 Thunderbird をインストールする。
　　　注：とりあえずプロファイルを削除せずにそのままでやってみる。
　
[参照]プロファイルの場所（標準の場合）
C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\<profile folder>
　

解決策というよりは、それを探るための確認なんですが...。

メッセージ本文は確かに存在するはずなのに、スレッドペイン（右上のメッセージ一覧）にそのメッセージ情報が表示されないといったケースでもっともよくあるのが、要約ファイル（*.msf）に不整合が起こっている場合で、これは「索引を再構築」で解決されることが多いです。
しかし、ash さんの場合は、
[quote="ash"]索引の再作成を実行しても症状の改善はありませんでした。[/quote]
とのことなので別に原因がありそうなんですが、ご質問の文面（主に起こっている現象の話）だけでは、にわかには問題点の見当がつき難いというのが正直なところです。
いまの時点で何らかの影響が考えられる角度から追加情報を求めるとしたら、次のようなことになりましょうか。

・メールの種類は、POP ですか、IMAP ですか。
・アカウント設定は、アカウント毎ですか、共通受信トレイ（ローカルフォルダ）ですか。
・Thunderbird の基本的な表示は、「すべてのフォルダ」表示ですか、「スマートフォルダ」表示ですか。
・「受信者や送信者で検索するとみつかります」は、どのような方法・手順で行っていますか。
・たぶん、十分に点検されているとは思いますが、Thunderbird のメニューの [表示] のうち、[並べ替え順序] [絞り込み] [スレッド] といったスレッドペインへのアクションに関連する項目は確認済みですよね。
・メッセージの自動振り分けやマーク付けなど、受信メッセージに何らかの付加・加工を行うアドオンを使っていませんか。

一度、Thunderbird をセーフモードで起動して、問題が再現されるかどうか確認してはどうでしょう。
何らかの手がかりが得られるかもしれません。

（参考）
http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.4/releasenotes/#troubleshooting

Windows XP pro. sp3 / Thunderbird 3.0.4 の環境です。

受信したメールで一覧に表示されないものがあります。受信者や送信者で検索すると
みつかります。

該当フォルダは少なくとも異なる二人からの複数メッセージによるスレッドが丸ごと
表示されない状態で、索引の再作成を実行しても症状の改善はありませんでした。

お心当たりの方いらっしゃいましたらアドバイスお願いします。
ash