手動で「今すぐ実行」を選ぶと機能するが受信時には振り分けが機能しないということですね。
＃具体的なフィルタ設定条件などが不明なのでこれ以上はわかりません。

もし Thunderbird 2.0 を使っていてバージョンアップで 3.0 系にされてから起きている現象だと
したらバージョンアップの際にプロファイルに不具合が起きている可能性があります。
以下の方法を試して改善されるか確認してみてください。

（１）Thunderbird のセーフモード起動
　　アドオンを入れていなくても残骸がある可能性があります。
　　[参照]
　　「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 3.0.3 リリースノート - Mozilla Japan」
　　[url]http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.3/releasenotes/#troubleshooting[/url]

（２）msgFilterRules.dat をリセットする
　　メッセージフィルタのデータを保存しているファイルは msgFilterRules.dat です。
　　このファイルを一旦別の場所にバックアップ移動させて初期状態にしてみます。
　　msgFilterRules.dat のある場所は以下です。
　　　[Windows XP]
　　　C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\<profile folder>\Mail\アカウント別フォルダ\
　　　＃隠しファイルとフォルダを表示するようにしておいてください。

（３）Thunderbird を再インストールする
　　通常のアンインストールをおこなった後にインストールフォルダも削除して PC を
　　再起動させて再度インストールをおこないます。
　　＃とりあえずプロファイルは削除せずにそのままで。
　
バージョンアップ時の問題ではなく、単にメッセージフィルタに問題が起きている現象なのかも
知れませんのでその場合でも上記の方法を試してみてください。
そして結果を教えてください。　
　

[quote="ノモ"]その届いたメールを、不要なもののみフィルタリングで振り分けたいのですが
この機能がうまく働いてくれません。[/quote]確かに違和感があります。
2.0.X時代には無かったことです。
何か追加機能の影響でしょうか・・・違和感は分かりますが、原因が分かりません。

余談
Windows　XP　SP2 は後4ヶ月でサポートが切れます。
SP3にして問題が無いならUPする事を、お勧めします。

Thunderbird　3.0.3
Windows　XP　SP2
アドオンなどは特に入れず、セットアップ時の設定のまま使用しております。


仕事上メールアドレスを2つ使用（仮にメールアドレスA・メールアドレスB）し、どちらもまとめてメールを管理したいのでローカルフォルダ機能を使用して管理しております。
両方のアカウントのメールが全てローカルフォルダに受信される機能には満足しております。

その届いたメールを、不要なもののみフィルタリングで振り分けたいのですが
この機能がうまく働いてくれません。


具体的には、「ツール＞メッセージフィルタ」の中で、対象アカウントを「ローカルフォルダ」に設定し、
フィルタの条件などを指定して有効にチェックを入れているのですが、受信時に振り分け機能が作動していないようです。
もちろん適用タイミングは「メールチェック時と手動実行」にしております。

条件付けが間違っているのかと思いましたが、手動で「今すぐ実行」を選ぶときちんと振り分けを行ってくれます。

アカウントの指定がいけないのかと思い、対象アカウントの中に「メールアドレスA」「メールアドレスB」をそれぞれ作成し、同じ条件でフィルタを設定しましたが、それでも同じでした。


ローカルフォルダ機能の使用時は、メッセージフィルタがうまく働かないのでしょうか？
お分かりの方などおられましたら、よろしくお願いいたします。