手動で「今すぐ実行」を選ぶと機能するが受信時には振り分けが機能しないということですね。
#具体的なフィルタ設定条件などが不明なのでこれ以上はわかりません。
もし Thunderbird 2.0 を使っていてバージョンアップで 3.0 系にされてから起きている現象だと
したらバージョンアップの際にプロファイルに不具合が起きている可能性があります。
以下の方法を試して改善されるか確認してみてください。
(1)Thunderbird のセーフモード起動
アドオンを入れていなくても残骸がある可能性があります。
[参照]
「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 3.0.3 リリースノート - Mozilla Japan」
http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.3/releasenotes/#troubleshooting
(2)msgFilterRules.dat をリセットする
メッセージフィルタのデータを保存しているファイルは msgFilterRules.dat です。
このファイルを一旦別の場所にバックアップ移動させて初期状態にしてみます。
msgFilterRules.dat のある場所は以下です。
[Windows XP]
C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\<profile folder>\Mail\アカウント別フォルダ\
#隠しファイルとフォルダを表示するようにしておいてください。
(3)Thunderbird を再インストールする
通常のアンインストールをおこなった後にインストールフォルダも削除して PC を
再起動させて再度インストールをおこないます。
#とりあえずプロファイルは削除せずにそのままで。
バージョンアップ時の問題ではなく、単にメッセージフィルタに問題が起きている現象なのかも
知れませんのでその場合でも上記の方法を試してみてください。
そして結果を教えてください。