おそらく以下のバグが該当するものと思われます。

"Bug 534382 – TB stores new fetched e-mails in Local Folders-1 after upgrade from tb2 to tb3(deferred_to_account is deleted, and the account/server number is used by "Smart Folders" of Tb3. Somehow directory for "Smart Folders" becomes "Local Folders-1")"
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=534382
"Bug 538414 – Recover mail downloaded to Local Folders-1"
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=538414

上記のバグはいずれも修正されています。

Thunderbird 2.0.0.x から 3.0 にアップグレードする際に元からあった "Local Folders" が
うまく引き継がれずに 3.0 で新しく "Local Folders" を作成してしまうように見えます。
そして 2.0.0.x で使っていた "Local Folders" が "Local Folders-1" にリネームされてしま
うようです。
受信メッセージが消えたように見えるが実際にはその保管先（フォルダ）がうまく引き継が
れていない現象になるのではと思われます。
（アカウント設定の "メッセージの保存先" のフォルダを確認すればわかるかも・・・）
たく さんが紹介された方法で修正するのが問題の回避方法になろうかと思います。
　
これら以外にもバージョン 2.0 系から 3.0 にバージョンアップする際に不具合が起こると
いうバグが以下のようにファイルされています。
[url=https://bugzilla.mozilla.org/buglist.cgi?query_format=advanced&resolution=---&status_whiteboard=223%20Migration&status_whiteboard_type=allwordssubstr&title=Bug%20List]"223 Migration - Bug List [Thu Feb 11 2010 23:19:44 PST]"[/url]


現在バージョン 2.0.0.x を利用されていてこれからバージョン 3.0 にしようかと考えてい
る方は念のためプロファイルのバックアップを取った上で 3.0 はスキップして 3.0.1 にアッ
プグレードされたほうがよろしいかと思います。
　

私も遅ればせながらバージョン２から３にアップグレードしたのですが、popoさんと同じようにローカルフォルダのメールが消えました。

私もプロバイダからのメールのみをローカルフォルダーに保存するようにしていました。
ローカルフォルダー以外のメールはちゃんと表示されましたが、ローカルフォルダーのある日付け以降のメールが消えました。

popoさんの書き込みを参考にローカルフォルダーの保存先を調べてみました。
保存先は"Local Folders"となっており、そのフォルダーを見てみると、"Local Folders"と"Local Folders-1"というフォルダーが存在することが分かりました。

どうも日付けから考えて、"Local Folders-1"の方がバージョン２で使用していたフォルダーのように思えたので、"Local Folders-1"を"Local Folders"にリネームしました。（元の"Local Folders"は別の名前に変更した。）

こうしてthunderbirdを立ち上げると、アップデート前の構成が再現されました。


結局、バージョン２の時に何かの拍子で（？）"Local Folders-1"が作製されたにもかかわらず、その情報がアップデート時に引き継がれなかったための不具合と思われます。

回答ありがとうございます。
参考にさせて頂きます。

仰るとおりバージョン３は大きく変更されたので別物と考えて慎重になるべきでした。

改めてメールの保存場所を見ていたのですが、”Local Folders-1”というフォルダがあり、Inboxのファイルサイズが800kbくらいあったので、テキストエディタで開いてみると消えたメールのようでした。
”Local Folders-1”のInboxファイルを、メールが１通も無いアカウントのフォルダにコピー。
Thunderbirdを起動して設定をローカルフォルダからアカウントに変更してみると、消失したと思っていたメールが表示されました。


少し試してみたのですが、アカウント設定で新着メールを保存するフォルダを変更した後、フォルダの表示を一旦スマートフォルダなど別の表示に変更して戻すと表示されました。
再起動しても表示されましたが、今まで何度も起動しても受信しなかったのでバージョンアップしてから一度も設定を変えないときは表示されないままなのかも知れません。

保存するアカウントが表示されてない状態で受信すると消失するのだと思います。
メッセージフィルタを設定していたものは、振り分けて正常に受信されていたようです。

これから出来るだけ気をつけたいと思います。
ありがとうございました。

　
まず消失してしまったメッセージデータはサーバに残っていなかったら再度受信できない
のでほぼ取り戻すことはできないでしょう。


【余談として補足】　＊こっちの方が長くなってごめんなさい。
3.0 にバージョンアップする段階で様々な不具合、トラブルが報告されているようです。
特にアカウント関連に多いようで送受信に支障が起きたり、フォルダペインの表示まわり
にも影響が出ているように見受けます。
これはバージョン 3.0 の新しいアカウント設定機能やフォルダペインの仕様変更が影響
を及ぼしているのではと推測します。
[参照]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/features/]無料メールソフト Thunderbird – 機能概要[/url]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.0/releasenotes/#issues]Mozilla Thunderbird 3.0 リリースノート / 既知の問題[/url]

もうひとつはバージョン 1.0 からある仕様らしき問題です。
ローカルフォルダ（共通受信トレイ）とアカウント個別フォルダの構成はアカウント設定で
どちらかを選ぶようになっていますが、後からこの変更（切替）をする際には注意が必要
です。
それぞれフォルダに保管されているメッセージはあらかじめバックアップ保存するなどして
変更後に消失しないように移動またはコピー作業をしておくことが重要です。
（まったく新しいアカウントを作るのと同じくらいに考えておいた方が良さそうです。）
[参照]　
[url=http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/002632]Mozilla Japan - Thunderbird サポート - ナレッジベース - 共通受信トレイを使わず、アカウントごとにメールボックスを管理するには[/url]
[url=http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/002651]Mozilla Japan - Thunderbird サポート - ナレッジベース - 共通受信トレイ[/url]

上記のドキュメントの内容は少し古くなりますが知っておいて損はないと思います。
またバージョン 3 は別物だというぐらいに受け止めておいた方が現状では良いかも知れま
せん。
ということで大切なメッセージデータは日頃からバックアップを取るとか、バージョンアップの
前にはプロファイルごとバックアップを取ってからおこなうとかがお勧めかもです。

＊なんでもかんでもバックアップを取らないといけないような仕様なんて・・・・という愚痴とい
うか文句や苦情も聞こえてきそうですが・・・・(笑)
　

ＯＳ：Windows7　64bit
Thunderbird3.0

最近バージョン３に更新しました。

■バージョン２の時
・プロバイダのアカウントとヤフーメールをいくつか使用していました。
・プロバイダのメールはローカルフォルダに受信していました。

■バージョン３に更新後
・アカウントの情報がすべて自動的に引き継がれたようです。
・「すべてのフォルダ」表示でプロバイダのアカウントが表示されていませんでした。
・ですが、メールはプロバイダのアカウントのフォルダに受信する設定になっています。
・プロバイダのアカウントに受信したメールがすべて消えます。

■対応
・すべてのフォルダ表示からスマートフォルダに切り替えてもう一度すべてのフォルダ表示にするとプロバイダのアカウントが表示されたので、テストでメールを送ってみたら受信できました。
・アカウント設定でローカルフォルダに受信するように変更しました。
・ローカルフォルダに受信できました。


バージョン３に更新して最初に起動した時にスマートフォルダ機能をオフにしていました。
フォルダの表示と受信するフォルダの引継ぎがうまくいかないバグではないかと思います。

数日分の受信したメールが消えましたが、ファイルの保存フォルダを見ても容量がほとんど無いので完全に消えてしまっているように思えますが、消えたメールを取り出すことは出来るでしょうか？
サーバに残っていないので無理でしょうか？