[quote="ものぐさ父さん"]検索フォルダ自体の要約フォルダは捨てていません。検索フォルダがはいっているフォルダの要約ファイルを捨てただけです。影響は、直下の検索フォルダだけでなく、サブフォルダ内の検索フォルダにまで及んでしまいました。[/quote]
再現しません。
[環境：Windows XP SP3、Thunderbird 2.0.0.23 日本語版]

検索フォルダ以外の要約ファイルを削除しただけなのに検索フォルダの要約ファイル
も道連れに削除するとしたらどこかおかしいと思われます。

念のため、セーフモードや新規プロファイルにノーマルなメッセージデータだけを移行
して確認してみてください。

[quote="ものぐさ父さん"]いずれにしても仕様なんでしょうが、検索フォルダの機能は大変重宝しているのでもう少し強固にしてもらえるとありがたいです。あと、入れ子で検索フォルダの条件を掛け合わせる機能がついたらいいのになぁと思っています。[/quote]
[url=https://bugzilla.mozilla.org/]Bugzilla[/url] で
・バグを検索する
・バグとして登録されていなければ新規登録する
・バグがあれば修正・新規コードを書いて貢献する
・バグに投票（vote）する
・その他要望バグを登録する
を是非おこなってください。
　

コメントありがとうございます。ただ、どうも誤解を招く書き方をしてしまったようです。
検索フォルダ自体の要約フォルダは捨てていません。検索フォルダがはいっているフォルダの要約ファイルを捨てただけです。影響は、直下の検索フォルダだけでなく、サブフォルダ内の検索フォルダにまで及んでしまいました。

いずれにしても仕様なんでしょうが、検索フォルダの機能は大変重宝しているのでもう少し強固にしてもらえるとありがたいです。あと、入れ子で検索フォルダの条件を掛け合わせる機能がついたらいいのになぁと思っています。

　
おそらく仕様だと思います。

検索フォルダ以外の通常のフォルダはメッセージを元に要約ファイルが再生成さ
れます。
よって並び方などが初期化されます。

一方、検索フォルダはその名前のとおり検索結果をフォルダにしたものですので
メッセージ自体はそのフォルダ内にはありません。
あるのは要約ファイル（検索した結果データ）だけですのでそれを削除すればメッ
セージから要約ファイルを再生成できません。
よって検索フォルダ内ではメッセージを表示しなく（できなく）なります。

プロファイル内の検索フォルダのファイル構成を見ればわかるでしょう。
　

あるフォルダの要約ファイルを消去したら、そのフォルダ内およびサブフォルダ内の検索フォルダがすべて通常のフォルダになってしまいました。
もうどうにもならないとあきらめていますが、そういう仕様なのでしょうか？