もう遅いかもしれませんが、
私の場合は設定変更ガイドより新ツールバーを使用することにより
解決いたしました。
旧ツールバーに戻すとやはり右端が切れてしまいます。
（OSはOPEN SUSEです。Windows７では画面の解像度が1600x1200あるので
そのようなことはありませんでした。）

[size=100][color=blue]※質問に際しては、[url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] 、とりわけ [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum#2]質問するときは[/url] に目を通すことをお勧めします。Let's Note CF-W5 との記述から標準搭載 OS の推測はつきますが、入れ替えたりしてると見当もつかないので、最低限の使用環境は明示するようにしてください。[/color][/size]

[quote="koba"]THB３版が画面サイズ：12.1型(WXGA)に設計されているからですか。[/quote]
そんなことはないと思います。まあ、起こっている現象の具体的な状況が見えないのですが...。
うちにも、Windows XP SP3 環境で XGA（1024×768）のノート PC がありますが、Thunderbird 3.0 / 3.0.1 は問題なく使えており、ご提示のような現象は発生していません。
ウィンドウの移動やサイズの変更などをやっても、お使いの PC のディスプレイ上で正常な位置と大きさで表示されないということでしょうか？

通常、旧→新のバージョンアップ時に問題が起こったら、
（1）セーフモードで起動して同一現象が起こるか確認。
　→再現しないなら、アドオンが原因である可能性が高い。→問題のアドオンを特定。
　→再現するなら、プロファイルのどこかがおかしくなっている可能性が高い。→（2）へ
（2）新規プロファイルを作り、それで起動して同様に確認。
　→再現しないなら、プロファイルに不具合が起こっている可能性が高い。→新規プロファイルへの引っ越し。
　→再現するなら、プログラム本体側で、更新に失敗している可能性が考えられる。→（3）へ
（3）クリーンインストールを実行してみる。
　→再現しないなら、プロファイルの引っ越し作業が残っているがいちおう解決。
　→再現するなら、Thunderbird が原因ではないかもしれない。OS その他のチェックを。

―こんな感じの流れでチェックして原因を絞り込み、問題解決を図ります。

【参考】
Thunderbird Help　プロファイルの管理
http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile
不具合診断チャート
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=chart

件名: THB3に変更したら、画面右側の一部が見えない
投稿時間: 2010年1月18日(月) 20:03

色々と試して見たのですが、結局Tthunderbird３で画面右側の一部（画面右側にあるスクロールバーが見えない中途半端なサイズ）が画面からはみ出て見えない現象は解決しませんでした。使い難いので、Thunderbird３→2.0.0.23にダウングレードしました。
ところが、今度はThunderbird2.0.0.23でメールの「転送」ボタンを押すと、『スクリプトエラーが発生し、転送メールの画面がポップアップした状態でThunderbirdがフリーズ』する異常現象が発生します。「返信、全員に返信」は正常に動作しており、何も問題はありません。この現象はThunderbirdをダウングレードした後から発生しております。ダウングレードした事が原因でしょうか。転送機能が使えず、困っております。解決方法を教えて頂けないでしょうか。

再度、Thunderbird３に更新すれば、このスクリプトエラー現象は発生しないのかも知れませんが、
今度は「画面右側の一部が見えない」現象で悩むことになります。どちらを選択しても、正常な状態で使えない状況でThunderbirdを使うのは辛いです。
何かよい解決方法を教えて頂きたく、宜しくお願い致します。

ＴＨＢ３版に更新したら、画面右側の一部（画面右側にあるスクロールバーが見えない中途半端なサイズ）が画面からはみ出て見えない現象が発生しました。THB２版ではこの様な現象を経験した事ありません。THB３版が画面サイズ：12.1型(WXGA)に設計されているからですか。画面サイズ12.1型(XGA)を使っているノートＰＣでも画面全体が見える様になりませんか。因みにノートＰＣはLet's NoteのCF-W5を使っています。