GSC さんの希望は 3 ペインでメッセージを選択した時は既読までの経過時間
設定が有効のままでウィンドウとタブでメッセージを開いた時には同じ挙動とし
て即時既読になってほしいということですね。
　
[quote="GSC"]選択しただけで既読という状態ではなく、クリックして中身を開いた段階で既読（新しいウィンドウを開くのと同じ動作）にならないのかどうか、もしくはそれは仕様なのかどうかが知りたかったもので…。[/quote]
おそらく仕様だと思います。

既読までの経過時間の設定はスレッドペインでメッセージを選択した時とタブ
で開く場合に有効になります。
但し、ウィンドウで開く場合は既読までの時間設定に関係なく開いた時点で既
読になるようです。
ということでこの挙動の違いは仕様だと思います。

既読までの経過時間の設定に関係なく、タブで開く場合も即時既読になるよう
にするにはアドオンなどで可能にするものがあればそれを利用するか、バグと
して機能追加か変更で要望するしかないと思います。
　
検索フォルダの問題は今月中にリリース予定となっている Thunderbird 3.0.1
で改善されると思います。
　

[quote="kiki"]　
「新しいタブで開く」の場合は「メッセージを自動的に既読にする」にチェックを入れてある場合、
その下段にある設定項目で既読までの経過時間を利用されているのでしたらそのようになる
でしょう。（つまり経過時間の設定が反映される）
[オプション] > [詳細] > [既読と表示] > [既読] で「メッセージの表示直後に既読にする」や既
読になるまでの経過時間を 0 にしたらどうなりますか。
[/quote]

上記の設定にした場合は、新しいタブで開く前に、選択した時点で既読になってしまいますので、
申し訳ないのですが、自分が意図している動作とは、若干違いますね…。
選択しただけで既読という状態ではなく、クリックして中身を開いた段階で既読（新しいウィンドウを開くのと同じ動作）にならないのかどうか、もしくはそれは仕様なのかどうかが知りたかったもので…。
説明が足りず、すみません。

Ver.2.0の時は、メッセージペインが表示されている状態で、既読になるまでの経過時間を60秒にしていたのですが、新しいウィンドウで開く動作をしたら、その設定に関係なくすぐに既読になったのですが、Ver.3.0の新しいタブで開く動作で、同じようにその設定に関係なく、タブの内容を開いた時は、その時点ですぐに既読になればいいなと思ったもので…。
（タブの場合は、タブの内容をこの場合は60秒表示させていないと、閉じた後も既読にならないので、ウィンドウの時とは違い、これらは仕様なのでしょうか？）

[quote="kiki"]
検索対象はシングルフォルダですか、それとも複数フォルダでしょうか。
以下の過去トピックを参照してみてください。
"検索フォルダのメッセージを別ウインドウ(タブ)で表示できないケースがある。"
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9530
[/quote]

シングルフォルダでした。
上記のトピックを参考にし、とりあえずの対象方法の空のフォルダを選択し、複数フォルダに設定致しました所、改善されました。
ありがとうございます。

色々とご親切に説明して頂き、ありがとうございます。
分かる範囲内で、出来る限りの事をしてみようと思います。

　
[quote="GSC"]●未読メッセージにおいて、「メッセージを自動的に既読にする」のチェック設定がされた状態で、新しいウィンドウで開いた場合は即時で既読になるのですが、新しいタブで開いた場合は即時で既読にはなりません（設定時間が経過するまで待たないと無理のようです。）[/quote]
「新しいメッセージウィンドウで開く」の場合は既読までの経過時間の有無にかかわらず即時に
既読になるようですね。

「新しいタブで開く」の場合は「メッセージを自動的に既読にする」にチェックを入れてある場合、
その下段にある設定項目で既読までの経過時間を利用されているのでしたらそのようになる
でしょう。（つまり経過時間の設定が反映される）
[オプション] > [詳細] > [既読と表示] > [既読] で「メッセージの表示直後に既読にする」や既
読になるまでの経過時間を 0 にしたらどうなりますか。

[quote="GSC"]●検索フォルダで表示されているメッセージを新しいウィンドウで開いた際、上部のメニューバー・ツールバーと下部のステータスバー（『完了』と表示されている）しか表示されない状態で、肝心な本文の部分は空白状態になる事が多い。（きちんと正常に表示される場合もあるようだが、どういう条件下でそのような動作になるのか、具体的な理由は不明。）[/quote]
検索対象はシングルフォルダですか、それとも複数フォルダでしょうか。
以下の過去トピックを参照してみてください。
"検索フォルダのメッセージを別ウインドウ(タブ)で表示できないケースがある。"
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9530

[quote="GSC"]●上記の空白状態になるメッセージを新しいタブで開いた際、タブ作成時はタブタイトルが表示されているが、実際にタブを選択して本文を見る動作をすると、タブタイトルが消える。（本文は正常に表示されている。）[/quote]
以下のバグがファイルされています。
すでに修正となっています。
"Bug 533170 – No title for message tabs opened from a single folder saved search"
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=533170

Thunderbird 3.0.1 RC1 開発版では検索フォルダからメッセージを開いた時のタイトルやメッセ
ージ表示は改善されて正常になっているようです。
（シングルフォルダ対象でも複数フォルダ対象の検索結果の場合でも）

[quote="GSC"]メッセージをクリックして開けたら、即時に既読になるようにしたいのですが、タブの場合は不可能なのでしょうか？[/quote]
そのように設定したら可能かと思います。

[quote="GSC"]バグも含まれているとは思いますが、ご存知の方、もしくは改善して頂けるとありがたいです。[/quote]
検索フォルダからのメッセージ表示については上記のようにバグがあったようです。

タブでメッセージを開いた場合の既読タイミングについてはバグがあるのかどうかは不明ですが
以下が関連するかも知れません。

"Bug 502552 – messages fail to mark as read when opening a message in a new tab, then navigating to the next message without closing the tab"
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=502552
"Bug 520061 – Opening an email message in a new tab should mark the message as read"
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=520061

環境によるものかも知れませんので念のためセーフモード、新規プロファイルの適用でも再現す
るのか確認してみるのをお勧めします。

また改善要望はこのフォーラムでおこなっても開発者の皆さんは見ていません。
Bugzilla （https://bugzilla.mozilla.org/） でお願いします。
　

Thunderbird 3 を Windows VISTA で利用しています。

仕様なのかどうか、判断しかねる状況がありましたので、以下に報告したいと思います。

●未読メッセージにおいて、「メッセージを自動的に既読にする」のチェック設定がされた状態で、新しいウィンドウで開いた場合は即時で既読になるのですが、新しいタブで開いた場合は即時で既読にはなりません（設定時間が経過するまで待たないと無理のようです。）

●検索フォルダで表示されているメッセージを新しいウィンドウで開いた際、上部のメニューバー・ツールバーと下部のステータスバー（『完了』と表示されている）しか表示されない状態で、肝心な本文の部分は空白状態になる事が多い。（きちんと正常に表示される場合もあるようだが、どういう条件下でそのような動作になるのか、具体的な理由は不明。）

●上記の空白状態になるメッセージを新しいタブで開いた際、タブ作成時はタブタイトルが表示されているが、実際にタブを選択して本文を見る動作をすると、タブタイトルが消える。（本文は正常に表示されている。）

メッセージをクリックして開けたら、即時に既読になるようにしたいのですが、タブの場合は不可能なのでしょうか？

Ver.2.0の時は普通のフォルダでも検索フォルダでも、ウィンドウで開く形ですべて正常に表示されていたのですが、Ver.3.0だと、本文が正常に表示された場合は即時に既読になりますが、上記の空白状態のメッセージ（この動作自体が異常だと思いますが）だと既読にもなりません。

バグも含まれているとは思いますが、ご存知の方、もしくは改善して頂けるとありがたいです。