ご連絡遅れ申し訳ありません。
教えていただいた方法でアカウント情報は新規作成、メールデータのみコピペで
無事クリーンアップできました。

やってみたところ期待通り、今までステータスバーがローディングになったり、
最適化ができなかったりなど不安定な挙動をしていた点がなくなたように思います。

アカウント情報を残してリセット、のような機能があると楽ですが
目標の達成方法がわかったので今後は運用で対処しようと思います。

ありがとうございました。

[quote="aka"]なお、ご質問いただいていた、Entryの初期化の意味は、存在しないAdds-onについてAbout:configのEntryを消去したい、という意図でした。[/quote]
前の投稿ではあのように書きましたが、ご要望を実行する上での現状が、
　（1）現在の Thunderbird 3.0 が何の問題もなく動いていて、
　（2）アンインストールしたアドオンの名称を覚えていて項目を適切に選択できる自信があり、
　（3）そのアンインストールしたアドオンのエントリー数が多くない、
という場合なら、Sakuraya さんがご説明くださった方法でもいいかな、と思い直しています。

一方、アドオンによっては、Thunderbird の初期設定に変更を加え、アンインストール時にそれを元に戻さないものもありますので、そのような設定値を含めて初期化したいとか、prefs.js 以外にアドオンが残していったファイル / フォルダを含めてプロファイル全体をリフレッシュしたい場合は、やはり新規プロファイルに移行するほうがよいと思います。

[quote="aka"]>新規プロファイルで prefs.js そのものを刷新し、メールや RSS 、アドレス帳、パスワードなどのデータを現行プロファイルから移行させ
とのご指摘ですがこちらは具体的にはどのようにすればできますでしょうか？[/quote]
前の投稿で挙げた（参考）先をまずご確認いただければと思います。
http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=Profile+guide

その上で、すでに Thunderbird 3.0 で運用されている現行プロファイルから、表題の目的で作成される新規プロファイルへ移行する、という観点で注意点を書きます。
[b]※“間違い”や“もっと簡単なやり方”があるかもしれません。他のみなさんから訂正・補足いただければありがたいです。[/b]

●アカウント（これは一から設定し直しになります）
　新規プロファイルを作成するときに必要なアカウント（POP3、IMAP、News、Feed など）を設定します。それらのアカウント情報が、新規プロファイル内の prefs.js に記述されます。
　それぞれのアカウントに対応したフォルダ（<xxxxxxxx.default >\Mail / <xxxxxxxx.default >\Mail￥Feed / <xxxxxxxx.default >\IMAP など）が作成されます。
　現行アカウントとそっくり同じ設定をすれば、Mail フォルダ等の基本部分は同じ構成になるはずです。
　この時点では、新規プロファイルにアドオンを入れていないはずなので、extensions フォルダ内は空です。prefs.js にはアドオンに関する情報は何もなく、Thunderbird の正常動作に必要な最小限の情報だけが書き込まれた状態です。

以下は、Thunderbird を終了させた状態で行います。

●メール / News / RSS などのメッセージデータ
　アカウント作成時に構成されたそれぞれのフォルダ内に、現行プロファイルにある対応するフォルダの中身をコピーすれば、各メッセージはそのまま移行できます。（要するに、アカウントをきちんと設定した上で、現行プロファイルと同じフォルダ構成を新規プロファイル内に再現してやれば、サブフォルダを含めてメッセージデータの移行は完了すると考えてください。）
　なお、メッセージフィルタの設定は、Mail フォルダ内にあるので同時に引き継げます。

●アドレス帳
　デフォルトの [個人用アドレス帳] と [記録用アドレス帳] の 2 つだけを使っていた場合、現行プロファイルにある、abook.mab と history.mab を、新規プロファイルにコピーすれば大丈夫です。
　もし、この 2 つ以外にアドレス帳を作っていた場合、その情報が prefs.js に記述されているので、単に対応する *.mab をコピーしただけではアドレス帳の画面で認識されません。
　prefs.js を手作業で編集する方法もありますが、現行プロファイルで起動した Thunderbird からそのアドレス帳をエクスポートし、新規プロファイルで起動した Thunderbird からそれをインポートする方法が安全だと思います。

●パスワード
　Thunderbird 3.0 で新規アカウント設定時にパスワードを入力できますが、省略もできます。その場合、次の手順で旧→新の移行ができます。
　現行プロファイルが、すでに Thunderbird 3.0 で起動され、正常にメールの送受信が行われているのであれば、次の 2 つのファイルを新規プロファイルにコピーすれば大丈夫なはずです。
　　signons.sqlite
　　key3.db
　なお、signons.sqlite と key3.db はペアで機能します。必ず 2 つをいっしょに現行プロファイルから新規プロファイルへ上書きコピーしてください。

●アドオン
　本当に使いたいアドオンだけ、改めてインストールします。（現状で、3.0 に正式対応しているアドオンは多くないと思いますが...。）
　prefs.js には、それらのアドオンを使う上で必要な情報だけが書き込まれます。

その他、このフォーラム内や Google などを検索すると、いろいろな事例が出てきます。それらを参考にされることをお勧めします。（ぼくの説明より分かりやすいもの、aka さんの実情に近い事例などがあるかと思いますので。）

現行のプロファイルを削除したり、変更を加えて壊したりしない限り、新規プロファイルへの移行は何度でも行えますので、あまり気負わず、しかし慎重に、作業をすすめていただければよろしいかと思います。

皆様ありがとうございます。

大変勉強になりました。現状の困難さも把握いたしました。

>新規プロファイルで prefs.js そのものを刷新し、メールや RSS 、アドレス帳、パスワードなどのデータを現行プロファイルから移行させ
とのご指摘ですがこちらは具体的にはどのようにすればできますでしょうか？
Profileのコピペというのはよく見かけておりますが、コピペをしてしまうとabout:configの設定も引き継いでしまうと思います。これらの情報のみを移行させることができれば本質的な目的は達成出来そうと思っています。

なお、ご質問いただいていた、Entryの初期化の意味は、存在しないAdds-onについてAbout:configのEntryを消去したい、という意図でした。説明不足で申し訳ございません。

ここまでで多分警告は十分だと思いますので、一応方法も提示しておこうと思います。

まず結論だけ言うと、pref.jsとはabout:configでstatusがdefaultでない値を保存したものです。
ですから作業をする前にProfile内のpref.jsをバックアップしておけば、失敗した際にリカバリできると思います。
[quote="aka"]理想的なのはThunderbirdのadds-onに関するEntryは初期化してしまえる方法です。[/quote]
about:configを開きstatusでソートし、user setが上に来るようにします。
次にextensions.や既に削除した拡張の名前などでフィルタし、要らない設定を初期化します。
最後に一度Thunderbird(もちろんabout:configも)を終了し、Profile内のextensions.cacheとextensions.iniとextensions.rdfを削除し再起動します。

どれが要らない設定なのかはご自身で判断されるのが一番だと思います。
よく分からない場合は既に指摘されているようにProfileそのものを新しくする方が現実的な方法になるのではないでしょうか。

　
[quote="aka"]thunderbird 3へ移行したのをきっかけにabout:configから不要なものを
削除したいと思っています。[/quote]
私も同じです。
メジャーバージョンアップがあったときは必ず掃除の効果も狙ってプロファイルを
新たに作り直しています。
そして影響が少ないと思われるデータ類（メッセージ、アドレス帳、迷惑フィルタ学
習データ類）だけを移行コピーしています。

[quote="aka"]メールアカウント/データ・News・RSS・LDAP・電話帳・サブフォルダの情報
を残したままabout:configをクリーンアップすることはできますでしょうか？[/quote]
ご存知のように不要に残ってしまった prefs.js（about:config）内のエントリーを消
去するのはよほどその内容を熟知していないと難しいかと思います。
へたをすると起動しなくなることにもつながりますし、プロファイルを壊してしまうこ
とにもなりかねません。

これといって妙案なり優れた方法なりがあれば私も便利でいいなぁと思っている
クチですが現状では見当たりません。
もしあればぜひとも情報をください。

ということで地道にプロファイルを作り直すのが無難ではないでしょうか。
　

[quote="aka"]thunderbird 3へ移行したのをきっかけにabout:configから不要なものを
削除したいと思っています。[/quote]
残念ですが、本質的に無理なご要望だと思います。
about:config（設定エディタ）のウィンドウからは、設定値の変更はできても、削除はできません。
また、about:config は、開くときに出る警告を見てもわかるように、非常にデリケートなものです。
ご質問のような総合的な変更操作は、「掃除」のメリットより、リスクのほうがはるかに高いと思います。
　｜ 質問への回答で about:config の操作をアドバイスすることもありますが、
　｜ それは問題箇所が特定できていて、その項目の変更に失敗したとしても
　｜ Thunderbird の基本動作に致命的な影響を及ぼさない場合に限ってです。

[quote="aka"]理想的なのはThunderbirdのadds-onに関するEntryは初期化してしまえる方法です。[/quote]
現在使っているアドオンの設定値等を初期値に戻したい、という意味でしょうか？
ユーザーが任意に変更できる設定値を持っているアドオンの中には、about:config から設定を変更・初期化できるものはあると思いますが、アドオンの設定画面から見直すほうが安全だと思います。

そうではなく、アンインストールしたアドオンのエントリーが残ってしまっているので消去したい、といった意味でしょうか？
それなら、prefs.js を手作業で直接編集するという方法等があるにはありますが、about:config 以上にリスキーです。

about:config ＝ prefs.js ではありませんが、ご質問から類推できる範囲でいえば、「about:config の掃除」とおっしゃっているのは事実上「prefs.js の掃除」とほぼ同義だと考えていいと思います。
それなら、prefs.js のような重要ファイルをハイ・リスク覚悟で直接編集することに労力と神経を費やすよりは、アカウントなどいくつかの再設定の手間はかかるものの新規プロファイルで prefs.js そのものを刷新し、メールや RSS 、アドレス帳、パスワードなどのデータを現行プロファイルから移行させたほうが、所期の目的を果たせるのではないでしょうか。アドオンがプロファイル内に作る独自ファイルも一掃できますし、アドオン関係の掃除、あるいはプロファイルのリフレッシュという点ではより効果的だと思います。
　｜ 新規プロファイルといっても、旧プロファイルから引き継げるものはたくさんあります。
（参考）
http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=Profile+guide

ご希望にそう答えではないかもしれませんが、参考になればと思いコメントさせていただきました。

thunderbird 3へ移行したのをきっかけにabout:configから不要なものを
削除したいと思っています。メールアカウント/データ・News・RSS・LDAP・電話帳・サブフォルダの情報
を残したままabout:configをクリーンアップすることはできますでしょうか？

理想的なのはThunderbirdのadds-onに関するEntryは初期化してしまえる方法です。
about:configを一個一個resetしていけばできそうですがどれをリセットしてよいのか
の判断と手間に困っています。

よろしくお願いいたします。

環境 Windows XP, Thunderbird3(Thunderbird2からのアップデート)