どのようなご使用状況なのか具体的にわからないので、外していたらすみません。

[迷惑メールとマークされたメールを削除] は、何らかのメッセージが存在するフォルダを選択した状態で機能が有効になるはずだったと思います。メッセージが全然ないフォルダを選択した状態では、グレーアウトして実行することができません。
なので、迷惑メールとして振り分けられたメッセージが一通でも存在する [迷惑メール] フォルダを選択した状態では、グレーアウトすることは、通常は考えられません。

しかし、Thunderbird 3.0 では少し思い当たることがあります。
複数のアカウントがある条件下で、Thunderbird 3.0 から取り入れられた [スマートフォルダ] によって [迷惑メール] フォルダを表示していたら、ルートにあたる [迷惑メール] フォルダを選択した状態では [迷惑メールとマークされたメールを削除] がグレーアウトされているかもしれません。
これは、[スマートフォルダ] の表示が、一種のエイリアスだからだと思われます。

+ [迷惑メール]　← これを選択しても、[迷惑メールとマークされたメールを削除] はグレーアウト

もしこのようなケースだったら、次のようにするといいと思います。

- [迷惑メール]
　　　[アカウント1]　← 選択
　　　[アカウント2]　← 選択
　　　[アカウント3]　← 選択

のように展開し、実際に迷惑メールが入っているアカウントを選択すれば、[迷惑メールとマークされたメールを削除] が効くようになるはずです。

2.0 系と同じ [すべてのフォルダ] 表示ですと、実際に迷惑メールを移動させている先のフォルダを選択していれば、[迷惑メールとマークされたメールを削除] は普通に有効だと思います。

余談ですが、[迷惑メール] フォルダを選択して右クリックすると、[迷惑メールフォルダを空にする] が追加されています。
これは、[迷惑メール] フォルダ内のメッセージを [ごみ箱] に移さず一気に抹消します。
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Firefox 3.6b4 + 3.5.5 + 3.0.15 + others
Thunderbird 3.0 + 2.0.0.23 + others
on Windows XP Pro SP3

　
再現しません。

Thunderbird のセーフモードで起動して再現するか確認。
再現しないのならアドオンが怪しいです。
セーフモードについては以下を参照。

　「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 2.0.0.23 リリースノート - Mozilla Japan」
　http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.23/releasenotes/#troubleshooting
　注：Thunderbird 3.0 でも同じやり方です。
　

＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について をきちんと読みましょう。
＊環境として OS の種類ぐらいは書き添えましょう。
＊製品名は thunderbird ではなく Thunderbird です。
＊質問した後は結果や経過を必ず書くようにしましょう。
　

thunderbird3.0の迷惑メールフォルダーに振り分けられたメールを
ツールタブの迷惑メールとマークされたメールを削除の文字が
オフになっていて、一括削除できません
再起動もしてみたのですがなおりません