[quote="kdoi"]sonetのメールは、どちらで読み込んでも、一度受信したメールは重複しては受信しないのですが、niftyのメールは、XP側で受信したメールを、W7側でもまた受信してしまいます。（逆も同じです）[/quote]
私も Windows XP と Windows 7 RC とでデュアルブートにしています。
２つの OS 上でプロファイルを共用しているわけではないので確証はありませんが
もしかしたら受信記録のファイル（popstate.dat）が同期できていないのかも知れま
せんね。

[quote="kdoi"]そこで、Thunderbirdで重複して受信したメールだけを削除したいのですが、
手動で1件毎に削除するのでは無く、よい方法はありませんでしょうか？
重複メールの削除などを探してもなさそうですので、困っています。[/quote]
Thunderbird には重複して受信したメールを検出して削除する機能はありません。
ですのでなんらかの外部機能を利用するしかありません。
お勧めは以下のアドオンです。
[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/4654]Remove Duplicate Messages (Alternate) :: Add-ons for Thunderbird[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=8319][Thunderbird] Remove Duplicate Messages (Alternate) 日本語版[/url]
　　　
　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。
＊環境として Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後は結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]
　

１PCでWindowsXPとWindows7のDualBoot構成にしています。
Thunderbirdは、どちらからも同じフォルダーを参照するように設定しています。
どちらで見ても、メールに不足がおきないようにしているのですが、
（サーバー側の設定は受信メールを残すようにしています）
sonetのメールは、どちらで読み込んでも、一度受信したメールは重複しては受信しないのですが、niftyのメールは、XP側で受信したメールを、W7側でもまた受信してしまいます。（逆も同じです）
そこで、Thunderbirdで重複して受信したメールだけを削除したいのですが、
手動で1件毎に削除するのでは無く、よい方法はありませんでしょうか？
重複メールの削除などを探してもなさそうですので、困っています。